慈禧死后20年，即1928年7月4日至10日。军阀孙殿英盗掘了乾隆帝的裕陵和慈禧陵，毁棺抛尸，掠走了全部随葬珍宝。慈禧遗体被抛出棺外，嘴里的宝珠被抠走，上衣也被扒光了，下体仅剩一条内裤。

盗案发生后，溥仪派载泽、耆龄、宝熙等人到东陵对慈禧的遗体进行了重新安葬。载泽等人钻进地宫，见慈禧遗体趴在棺盖上，头朝北，脚朝南，左手反搭在后背上。在地宫里已暴尸40多天，遗体上出现了许多斑点，长满了白毛。

载泽等人见内棺尚完好，可以继续使用，于是命旗妇用一块黄绸子将慈禧遗体盖上，将一件黄缎褥铺在遗体一侧，然后慢慢翻转尸身，正好将遗体仰卧在黄缎褥上。只见慈禧面色灰白，两眼深陷无珠，颧骨高隆，嘴唇有伤痕。众人帮扶着，用如意板将慈禧遗体抬入棺内，如意板未撤出。遗体上盖上一件黄缎被，把从地宫里拾到的慈禧生前剪下的指甲和掉的牙用黄绸子包好，放在被上。载泽又将当年得到的慈禧遗物——一件黄缎袍、一件坎肩盖在被上，盖上棺盖，用漆封上棺口，重殓完毕。

第三次入棺:1984年文物局清理内棺搬出尸体

1979年2月17日，清东陵文物保管所对慈禧地宫进行了清理。因为要赶在五一节开放慈禧地宫和慈安陵地面建筑，保管所领导决定将慈禧内棺留到旅游淡季再清理。

1983年12月初，旅游已进入淡季。保管所领导决定清理慈禧内棺。12月6日，清理小组打开棺盖后，看到一件黄缎大被把棺内盖得严严实实，被上盖着两件衣服。很显然，这是1928年载泽等人重殓时的原状，55年来一直没人动过。为稳妥起见，保管所领导决定先盖上棺盖，封闭地宫，将此事向上级汇报。

1984年1月4日，国家文物局派来了几名专家，与清东陵文物保管所组成了一个清理慈禧内棺10人小组。

第二天，清理小组依次揭取了被上的两件衣服，发现了包着慈禧指甲和牙齿的小黄包。当将黄缎卷走后，慈禧的遗骸呈现在眼前，她的脸部及上身用黄绸包裹着，下身穿着裤子，裤子上绣满了“寿”字，一只脚上穿着袜子。遗体仰身直卧着，头微微左偏，右手放在腹部，左臂自然地垂于身体左侧，两眼深陷成洞，腰间扎着一条丝带。遗体仍是完整一体的，全长153厘米。

清理小组用她身底下的如意板将遗体从棺中抬出，放在地宫的地面上。在棺内喷洒了防腐消毒药液后，又将慈禧的遗体抬入棺内。这是她死后第三次被抬入这口棺中。然后将被、小黄包及两件衣服完全按原样、原位置放回。一切都恢复了原状后，又往棺内喷洒了一遍药液，盖上棺盖，封好棺盖口，木工们将残破的外椁修好后，套在了棺外。

如今，慈禧的遗体仍完整地躺在棺木内，保留着1928年第二次入殓时的原样。