朝廷改派曾纪泽赴俄重议。更改已签条约本身就是难题，但内有左宗棠战备不懈，外有曾纪泽尊俎折冲，终于改订新约，将霍尔果斯河以东的伊犁辖区原状收回，免遭肢解。为了要收复伊犁，当时清朝政府首先派了一个谈判代表，叫崇厚，签订了一个《里瓦吉亚条约》，等于是没有打仗就割地赔款，后来又派了曾纪泽去改订条约。外交斗争必须要有武力为后盾，所以当时左宗棠做了充分准备，分兵三路，准备去收复伊犁。这时的左宗棠已经快70高龄了，身体不好，在营帐里面还吐血，于是他也为自己的后事做了准备，舆榇出关，也就是抬着棺材出了嘉峪关，准备和敌人决一死战，准备战死疆场。在左宗棠这样一种军事备战的支持下，曾纪泽通过外交斗争，终于修改了条约，争回来了一些权益。1890年，美国人史密斯出版了《中国人的气质》，在这本书里头，他高度评价了左宗棠收复新疆，说左宗棠的农垦大军彻底完成了他的使命，其伟绩在任何现代国家的史册上，都是最卓越的。

新疆建省:1883年年底，清军在收复新疆的进程中每克一城就设置善后局，办理善后事宜。这些临时性的地方行政机构，对医治战争创伤、监管地方民政、司法、赋税等重要工作方面成绩十分显著，为新疆建省打下了良好基础。1884年11月新疆建省，省会为迪化[乌鲁木齐]。新疆建省，统一了新疆与内地的行政制度，有利于人民的交往，促进了新疆社会经济的发展，加强了祖国的西北边防。

清政府统一新疆后，实行军府制统治，与1762年设伊犁将军于惠远城，为统治新疆全境的最高长官。伊犁、塔城、喀什噶尔各设参赞大臣，统辖当地军政；乌鲁木齐设都统，辖北疆各地及吐鲁番；喀什噶尔的参赞大臣辖喀什、英吉沙、叶尔羌、和阗、乌什、阿克苏、库车、焉耆八城的办事、领队大臣。伊犁将军及各地大臣皆不理民政，民政事务均由各民族头目自理，但他们的任免、承袭，悉由各地大臣办理，有的还要奏报朝廷。

清政府对新疆各族的统治，因传统制度不同而采用不同的办法:维吾尔族聚居地实行伯克制度；蒙古族聚居地实行札萨克制度；回、汉族移民聚居地[巴里坤、乌苏]按照内地行政建制，设镇迪道，下辖各府、州、县。清政府还从东北、内蒙等地迁移锡伯族、索伦族、厄鲁特、察哈尔四营官兵携家眷驻防伊犁，加强西北边防。自乾隆统一新疆后较长一段时间里，因上述举措得宜，新疆社会基本上是政治稳安定、经济发展的。

新疆建省是历史发展的必然趋势。他统一了西陲边疆与内地的行政建制，取消了对人民迁徙的限制，密切了内地与新疆各方面的联系，促进了新疆经济、文化的发展，增强了抵抗俄、英等帝国列强的力量。然而，新疆统治中心过早的自伊犁东移到乌鲁木齐，也是沙俄割占我国50余万平方公里领土所造成的恶果。

帕米尔问题:帕米尔古称葱岭，自公元前60年汉设西域都护府起，即为中国的领土，到清朝，中央政府对此仍然进行着有效的统治。曾设置大小卡伦20余处。沙俄从1876—1890年，先后派遣10多批“考察队”，潜入我国帕米尔地区。1891年7月，甚至派上校约诺夫率马、步、炮兵300多人侵入帕米尔，劫走了乾隆帝写的记叙平定回部大小和卓木叛乱经过的苏满塔什纪功碑。1892年，约诺夫率领侵略军1500多人，两次侵入帕米尔地区，公然违反1884年《中俄续勘喀噶尔界约》的规定，强行侵占了萨雷阔勒岭以西郎库里、阿克塔什平川和阿尔楚尔等中国2万多平方公里的领土。

清政府为此多次向沙俄政府提出抗议，并要求沙俄撤走侵略军。沙俄企图通过谈判使其侵占“合法”化，便要求中俄举行划界谈判。喀西尼在会谈中提出以萨雷阔勒岭为中俄边界。中国驻俄公使许景澄据理驳斥了沙俄的无理要求，沙俄竟然拒绝与许谈判。1893年4月16日，清政府派汉驻法参赞常庆与俄外交大臣吉尔斯谈判。常庆力主按喀约划界，据理力争，使吉尔斯理屈词穷。由于沙俄并无诚意，致使趁中国在中日甲午战争中战败之机，背着中国政府与法国达成瓜分萨雷阔勒岭以西的中国帕米尔领土的协议。

1876年以后，英俄对中亚的控制、争夺加剧，双方开始把争夺的目光转向中国的帕米尔地区。经过激烈的争吵，英俄背着清政府与1895年3月11日秘密签订了关于划分帕米尔势力范围的《英俄协议》，规定俩国在帕米尔地区的分界线，并与1895年7月9日树立了界桩，私分了我国的帕米尔。当清政府从外国报刊上获知英俄私分帕米尔后，对英俄提出强烈抗议。发表声明表示:“此后日必重申前说”，表明中国对帕米尔享有主权的严正立场。1894年4月，清政府被迫与俄方互换照会，同意在帕米尔地区维持现状，互不进兵，同时重申中俄帕米边界问题并未解决，中国并未放弃对帕米尔领土的权利。

清政府同意在中、俄关于帕米尔问题未得到最终解决以前，双方保持各自的位置，“并不意味着放弃中国对于目前由中国军队所占领土以外的帕米尔领土所原有的权利”。此后的历届中国政府从来没有承认过沙俄违约侵占上述地区的合法性。十月革命后新成立的苏联政府也承认苏、中在帕米尔地区存在着边界问题。1926年3月25日，中国政府向苏联政府提出:“帕米尔地方本系中国领域，于1892年被前帝俄政府以借境为言派兵强占，迄今成为悬案。”同年4月14日，苏联政府复照中国政府；“至从前未划界之处，亦应另定新界。”即同意在适当时机举行苏、中关于帕米尔地区边界问题的谈判，以处理历史上遗留下来的问题。但时至今日，这个问题仍未解决。

中亚居民国属变化:

18世纪后半期，由于清朝消灭了准噶尔汗国，中亚获得相对的和平与安定，大批逃难者迁到费尔干纳定居，该地区即有大量乌兹别克人，还有阿拉伯人、土耳其人、柯尔克孜人等种族集团。吉尔吉斯人以汉代坚昆，唐代黠戛斯为渊源，即今柯尔克孜民族的前身。哈萨克人的渊源为塞人、乌孙人、匈奴人、康居人、阿兰人、可萨、咄陆、突骑施、葛逻禄、克烈、乃蛮、钦察、弘吉刺惕、札刺亦儿等古代民族和部族。

清代新疆民族结构发生重大变化，大体分为伊斯兰文化诸族和非伊斯兰诸族。