马寅初陪同周恩来视察北大。

3月，在全国政协第二届第三次会议上，邵力子就计划生育问题做了长篇发言。他强调指出，现代人在生活、学习、工作等方面都可以有计划，在生育方面也必须有计划。他针对卫生部严格限制人工流产规定，提出“不造成以法令或权力限制人工流产”，建议修改婚姻法第四条“男20岁，女18岁，始及结婚”的规定，主张提高结婚年龄，宣传迟婚。他还主张大力向农村推行节育工作，不要对持久性避孕手术进行限制，等等。邵力子的发言，立即得到医学专家钟惠澜的支持。同时，也得到马寅初的大力赞同。但是，马寅初在计划生育采取什么方法的问题上却与邵力子有一点分歧。他们都主张避孕和推迟婚龄，但马寅初坚持反对人工流产。他认为有比人工流产更好的办法。这就是“最好是一对夫妇只生两个孩子，对只有两个孩子的父母加以奖励，而对超过两个孩子的父母要抽税”。

4月27日，马寅初在北京大学大饭厅发表人口问题的演讲，这是他1949年后第一次公开的学术演讲。在讲演中，马寅初讲述了几年来调查研究的结果。他怀着忧虑的心情说:“解放后，各方面的条件都好起来，人口的增长比过去也加快了。近几年人口增长率已达到30‰，可能还要高，照这样发展下去，50年后中国就是26亿人口，相当于现在世界总人口的总和。由于人多地少的矛盾，恐怕中国要侵略人家了。要和平共处，做到我不侵略人家，也不要人家侵略我，就非控制人口不可。”这句话，很快就传到了毛泽东的耳朵里，毛泽东见到马寅初时，严肃地对马寅初说:“不要再说这句话了。”马寅初也意识到自己说错了话，马上写了一张大字报，贴在北大校园里，公开做了自我批评。后来，他在撰写《新人口论》时，就确实没有再提出上述观点。6月，马寅初将《新人口论》作为一项提案，提交一届人大四次会议（全文发表于7月5日《人民日报》），这篇文章从10个方面论述了为什么要控制人口和控制人口的重要性与迫切性，以及如何控制人口等问题。

然而，这时一场由毛泽东亲自发动和组织领导的波澜壮阔的反右斗争，已经开始席卷全社会。马寅初当然也被波及，有人说他是借人口问题，搞政治阴谋，也有人说《新人口论》是配合右派向党进攻……，在这场扑面而来的急风暴雨中，马寅初弄不清这到底是怎么回事，为什么几个月前计划生育问题刚刚受到毛泽东的赞扬，而现在却又受到人们的批判……

实际上毛泽东对于人口多一些好还是少一些好，内心一直是矛盾的。直到“大跃进”开始，粮食卫星飞上天，毛泽东的思想才确定下来，毛泽东说:“现在看来，搞十几亿人口也不要紧。”

此时，马寅初并不清楚，他的理论已经面临着最高决策层的挑战。陈伯达在北京大学举办60年校庆的大会上，就指名道姓地说:“马老要为《新人口论》做检查。”刘少奇在中国共产党八届二次会议上作报告时，也不点名地批判了马寅初。

7月9日，毛泽东召见邵力子、陈叔通、黄炎培、章士钊、李济深、张治中等党外人士，听取他们对“大跃进”的意见。为遭到批判的马寅初而担忧的邵力子，并未因此而放弃自己的主张，他抓住时间向毛泽东进言，希望毛泽东支持节育，毛泽东坚持自己的观点说:“人口问题，目前还不严重，可以达到八亿时再讲人口过多。”但又应付了一句:“但对计划生育，仍应实施”。