10月24日，康生召集理论界和有关报刊负责人开会，部署对马寅初的全面批判。他得意地说:“马寅初送给《新建设》的文章，原来我担心他会把辫子藏起来，改变观点。现在看全部未变，他的观点暴露出来了，有辫子。对马寅初过去在《光明日报》上发表的文章进行批判，没有正规地搞，《人民日报》没有搞，还没有正规战，只是游击战。现在他挑战，应当应战。”

他还要《新建设》赶快把这篇文章登出来。一次全文发表，而且要快发表。为了掩盖他的鬼魅之心，他还布置对党外先不要讲“批判。”

11月初的《新建设》全文刊登了马寅初的文章，发表编者按。12月初就组织大批判。康生指使说:“批判他的文章不一定多，份量要重，可以和他过去的理论联系起来批判。马寅初是一个代表，要花点功夫把他的经济理论看看。不要说他胡说八道，资产阶级学者就是这个水平。”还指示，“北京市委、中央宣传部要考虑:马寅初还当不当得成北大校长？批判完了要准备换人。可以尽量揭露，不要给他戴错帽子，但是适当的帽子不可不戴。”

马寅初的文章发表后，报刊上就开始发表批判文章，北大也组织了“批马”座谈会。一天，康生亲临北大座谈会现场，听到发言者都不能击中要害。他越听越觉得有必要“定个调子”加以引导，于是他打断别人的发言说:“马寅初曾经说过，有人说他是马尔萨斯主义者，但他不同意。他说马尔萨斯是马家，马克思也是马家，而他是马克思的马家。我看这个问题，现在是该澄清的时候了。我认为马寅初的《新人口论》，毫无疑问是属于马尔萨斯的马家。”在康生的直接指挥下，北京大学掀起了围剿马寅初的高潮。铺天盖地的大字报布满了北大校园，连马寅初的住宅燕南园36号也贴满了大字报。全校的批判会连续不断，语言越来越粗暴，帽子越扣越大。对此，康生还不满意，12月23日，康生以个人名义给理论界和有关报刊负责人写了一封信，指使他们:“在批判《新人口论》的时候，要学习毛主席的六评白皮书，特别是《唯心历史观的破产》一文，要像批判美帝国主义分子艾奇逊那样来批判马寅初。”

面对来自全国上下的文攻谩骂和政治高压，马寅初胸怀坦荡，无所畏惧。他幽默地说:“有的文章，说过去批判我的人已经把我驳得‘体无完肤’了，既然是‘体无完肤’，目的已经达到，现在何必再驳呢？但在我看来，不但没有驳得‘体无完肤’，反而驳得‘心广体胖’了。”马寅初的幽默毕竟还带着一些苦涩，为什么一个学术问题带来的不是友好的讨论，而是敌意的谩骂。

在马寅初受到批判围攻时，就有人暗示他已不适宜再做北京大学的校长，劝他辞职。马寅初不愿受职务所累，于1960年1月3日到教育部提出口头辞职，翌日，向教育部写了书面辞职报告。很快国务院就批准了马寅初的辞职。随后，又罢免了他的全国人大常委的职务，只留下一个全国政协常委的名义。与此同时，也剥夺了马寅初发表文章的权利。马寅初也由此从政治舞台和学术论坛上消失了。