马英九把他的两岸关系分成三个阶段，第一个是两岸经贸的往来阶段，关于这个部分的问题，他觉得希望两个月之后就可以开放两岸包机直航，而所有的直航全面正常化。他希望一年内就可完成。大陆观光客他也希望两到三个月之内就可以全面开放。开放中国大陆的资金来台湾购买房地产，或者是做各项的投资，很快的他一上台一两个月之内，大概他所主导的政府"陆委会"会作出开放的政策。那么这是第一个部分，关于经贸的部分。

第二个他刚才所谈的，很多记者问到他，关于两岸的政治谈判，他特别提到了和平协定。就是他讲的CBM，那么他讲的和平协定的部分，他的调子相当的硬。他说中国大陆要先撤除掉对台湾的飞弹。在选前马英九这么讲大家不吃惊，选后马英九仍然还坚持这一点。这表示马英九准备在经济的议题里头，和大陆展开软调子，但是在政治的议题里头，他会采取硬调子来作为他在台湾权力基础，最清楚的一个立场。

另外第三个部分呢，他也提到，未来两岸的共同市场跟其他的协议，马英九在当选之后，对于他两岸政策的三部曲的之间的规划，他并且明白了的表示，他就任之前，因为一般人认为当时他还并不具备所谓台湾“总统”的身份，所以他是可以到大陆在就任之前去访问，因此问他有没有相关的计划机他说他不会去大陆，他的第一站准备到华府去访问。他目前没有任何计划要访问中国大陆，换句话说，他在当选之后仍然对于相关的大陆政策，在政治的部分，采取非常谨慎跟保守的一个立场。