马英九当选之后，除了台湾的整个政治新局可以说重新改写，另外一个重大的事情是对两岸新局的影响。凤凰卫视论员陈文茜有自己的分析。

陈文茜：马英九在经济里头，他希望和中国大陆全面的交流，可见在经济的调子里头，他是非常开放、非常软的。在政治的调子里头马英九非常谨慎的看待台湾高达85%省级为主的本地人口。在政治里头他采取相当硬，非常强硬的一个对中国大陆的一个态度。

我们把它作一个整理，大概也可以看出来，马英九未来它的两岸政策。先来看马英九一当选，他的志气，就发现志字里头你可以看得出来，马英九从不是真正很好硬的人。看起来他前头有宋楚瑜，有连战。他们的失败给了蓝营支持者空前的危机感。这次全台湾的投票率76%，比2004年略降4个百分点，一般的判断没有投票的都是原来民主进步党的支持者。

而马英九的支持者从全世界每一个地方飞回来，就是要投马英九一票。从这个角度来讲他命好，但是另外一个角度来看，马英九因为承受了民众太高、太高期待，他和民众之间没有蜜月期。大家对他的期待很高，只要他的人事布局不够好，或是哪件事情做的不好，他很快的会失去老百姓对他全面性的期待的跟信赖。

马英九说两个月之后就要开始兑现他的政见。在他当选以后还举行了一场国际记者招待会，这场记者招待会所有的焦点都在两岸关系，其中马英九谈到了可爱的四川熊猫，也提到了撤飞弹的非常敏感的问题。