李太后对陈太后的尊敬，为她赢得了广泛的赞誉。但是，对待自己的儿子万历皇帝，她却管教极严。儿子登基的头几年，她将国事托付给张居正，而让儿子以读书为主。

皇帝读书，叫出经筵。张居正亲自给万历皇帝挑选了六位讲臣。每逢在文华殿听讲归来，李太后便邀来陈太后，让儿子将听讲的内容复述一遍。小皇上讲完了，李太后就问陪皇上听讲的冯保，皇上讲的是否有错漏。如果全部都讲对，就给予褒奖；如果有错漏，就给予惩处。有好几次，小皇上因为逃学而被罚长跪。

由于管教极严，万历皇帝对李太后充满敬畏。万历六年（1578年），母子间曾发生过一次极为严重的冲突。其时，万历皇帝新婚不久，李太后便离开乾清宫，搬回慈宁宫居住。离开了母亲的监护，万历皇帝有一种如释重负的感觉，便在太监的唆使下，做一些往常不敢做的事情。一次夜游西城，贴身侍应太监孙海为其找来两位年轻貌美的宫女陪酒。喝得半醉时，万历皇帝要这两位宫女唱时令新曲。所谓时令新曲，类似于今天的流行歌曲，但明代坊间的曲子，语颇轻佻，与时下东北民间的二人转，庶几近之。两位宫女说不会唱，孙海在一旁怂恿，宫女仍坚持不唱，万历皇帝因此大怒，喝令推出斩首。经孙海提醒，万历皇帝这才醒悟杀人不是好玩的事情，于是改为削发代替斩首。

第二天，李太后知道了这件事情，找来那两位惊魂未定花容失色的宫女，问明事情原委，顿时大怒。她跑到奉先殿祭告亡夫，竟然作出撤销万历皇帝的九五至尊地位的决定，改让潞王继承皇位。

乍一听到这个消息，朱翊钧吓得三魂出窍，六魄离身。他跑到李太后面前长跪不起，乞求得到宽恕，并保证悔过自新。李太后在陈太后的一再劝说下，终于松了口气，但仍坚持说:“能不能留你，要看张先生的态度。”张居正在李太后的授意下，写了一道劝诫皇上“慎起居”的奏疏。《明史·李太后传》中说张居正“具疏切谏”，过几天，张居正又遵李太后的懿旨，替万历皇帝代草“罪己诏”颁示天下，此场风波才告平息。

这次事件，可看做是朱翊钧与张居正这一对君臣关系的转折点。此前，朱翊钧对张居正深为倚赖，信任有加；此后，他对张居正除了敬畏，更在内心中潜藏了一份不满。

引起君臣对立的原因有很多种，但李太后的介入也是其中重要的原因之一。

李太后与张居正的关系，在万历初年，始终是一个极为敏感的问题。因为李太后对张居正的欣赏几乎是不加掩饰，无论是国事上的谋划还是对皇帝的教育，可以说是言听计从。朱翊钧年满18岁后，张居正多次提出归政于皇上，均遭李太后拒绝。朱翊钧20岁时曾向母亲委婉提出想亲政处理国事，李太后亦明确回复:“30岁前不要提亲政的事，一切听张先生的安排。”母亲的这个态度，增强了朱翊钧对张居正的反感。

因为李太后的完全支持，张居正得以大刀阔斧地推行万历新政，使本已气息奄奄、病入膏肓的明王朝迅速恢复了生气。但是，万历十年（1582年）张居正一死，亲政的万历皇帝迅速对张居正进行无情的清算。导致在短短几年内，万历新政的改革成果丧失殆尽。

关于张居正的悲剧，大多数人归结于他的改革对势豪大户惩抑太过。我看另外还有一个原因，就是他与李太后的关系已引起万历皇帝的极度不满。

我一直不认为李太后与张居正两人之间有什么暧昧之处。须知明代宫禁甚严，李太后与张居正尽管互相倾慕，也绝没有勇气进行这种可能会给他们带来灭顶之灾的尝试。但是，改革的反对派们仍会捕风捉影，含蓄制造这两个人的“绯闻”。民间的戏本中，就攻击张居正“黑心宰相卧龙床”。我想，朱翊钧对张居正的清算之所以那么残酷，除了皇权与相权之争，大概也是受了“绯闻”的蛊惑，从维护皇室尊严的立场出发而施以雷霆手段。

自从张居正死后，李太后再也没有过问政治。她的儿子朱翊钧迅速变坏，乃至40年不上朝。奇怪的是，李太后也没有作出任何指责。她的态度为何有180度的大转弯呢？这里头大概有两重原因:第一是儿子大了，她再也无法管教；第二是张居正过早去世，她失去了可以信赖的后援而心情沮丧。

研究这段历史，似可得出这样的结论:李太后是最称职的母亲，而朱翊钧却是最不争气的儿子；张居正是非常合格的帝王师，而朱翊钧却是一位糟糕的皇帝。