强调大学的研究性，不等于淡化其教学功能，更不等于淡化本科教育。事实上，本科教育对于一个人的眼界、品位、世界观等具有不可低估的作用。人在20岁前后的几年中，正是世界观定型、品位形成和知识积累的关键时期，人在这一时期最易受外界影响，此时外部环境最容易转化为内部资源，最容易决定人的发展潜力。很可能同样水平的高中毕业生，在不同水平的学校度过本科岁月之后就形成质的差异。不同层次院校的本科生之间总体水平的差异，在梯度上是非常明显的。因此，研究型大学强调研究生教育并不意味着淡化本科生教育，而是要求在本科生培养中贯彻相对的“小而精”的模式，保证其拔尖人才的出炉率。

与此相关的一个问题是，在办学主体方面，曾一度有论者强调办学主体的多元化。这一点自有其道理，亦有其必要性(如私立院校的成长有利于减轻国家财政负担)。民国时期，尽管1929年之后(尤其是清华崛起后)，一批国立名校的质量明显胜过其他学校，但非公立院校亦不可忽略。协和、燕京、金陵等教会学校和南开、厦大等私立学校都有相当高的水准，非公立院校取得成功确乎不无先例。在我国现阶段的国情下，非公立院校已经不太可能达到当年那样的高度，无论是师资、生源、经费、社会观念、市民社会、市场力量等方面的条件，都不足以支撑高水平的民办大学。近年来，随着高校扩招的推进，民办院校的空间明显有所回落。因此，毫无疑问，现今我们的重点仍然需要集中于公立院校。

在大学的扩建过程中，有两点需要慎行:一是院校合并，二是建制扩张。抗战时期的西南联大一直被公认为是校际联合的典范，其时，战时除西南联大之外，还有东南联大和西北联大，但后二者均未成功。然而，即便是在联合较好的西南联大，亦非全无问题。此时，清华与北大、南开相比明显强势，“论设备，论经费，论师生的人数，都是清华最多，依世俗的眼光看来，这一联，清华是划不来的，反面看来也可以说，清华在联大占了压倒的优势。”(72)长期傲为翘楚的北大，此时已明显感受到压抑。联大复员之际，有人不无怨言地说:“我们这些年与清华合作，清华得到安定，我们得到卑视”，“大家心中的心理是‘北大没有希望’。”(73)可见，不到迫不得已的时候，一般学校是不宜贸然合并的。目今在试行院校合并时，务必清醒于这点，以免产生后遗症。此外，不少学校为增强综合实力，往往追求大而全，但事实上很难真正达到理想。民国大学中，绝大部分都设有工学院，但真正建成高水平工学院的大学极少，只有清华、中大和浙大等极少数略有特色，但他们与交大、北洋等纯工科院校相比仍大有差距。故对一般大学来说，与其添设低水平的学院，不如办好几个既有的学院，否则可能得不偿失。

其五，大学的改革，在微观方面要落实到院系设置。在此方面，民国大学已经为我们提供了正反两方面的经验。其反面经验是，民国大学过于强调实用学科而忽视看似“无用”的基础学科，这为其日后原创力的日渐缺乏埋下了伏笔。基础学科之所以称其为基础学科，就是因为其在整个知识体系中具有“基础性”地位，也就是说，没有此基础，整个的学科体系就无从建立。罗家伦长清华之初，乃称:“我们的发展应先以文理为中心，再把文理的成就，滋长其他的部门。文理两学院，本应当是大学的中心，文哲是人类心灵能发挥得最机动最弥漫的部分”。(74)他感叹:大家“不知纯粹科学是应用科学之基础。注重应用科学而不注重纯粹科学便是饮无源之水”。(75)基础学科属于“道”(本体)的范畴，实用学科属于“技/术”(操作、运用)的范畴。显然，前者更具有决定性的意义。人文和艺术几乎就是伴随着人类社会的产生而产生，其积淀极为丰厚(而我国现代意义上的实用科学，则是晚清才开始引进，二十世纪三十年代才初步成型的，尤其是法科曾在1952年被一度取消，其历史积淀远不如基础学科)。没有足够人文艺术修养的人，不可能成为见识高远的拔尖创新人才，人文和艺术在对人的人格的陶冶、识见的开拓和性情的影响方面具有不可忽视的意义。在不少欧美名校中，其最核心的是史理学院，而工、商、医等都处于外围。而这一“核心”地位，绝非虚誉，而是实实在在地体现在经费分配、人事安排、课程设置等诸多方面。(76)在社会心理方面，欧美一般上层民众也重视基础学科，包括文艺，认为这是“享受人类的文明”，而实用学科更多的是出于生计之需(即“谋食”)而用的手段。在我国现今的大学运作中，尤其需要重振基础学科的核心地位。这不仅是夯实整个学科体系、增强学术原创力的需要，也是缓解目前功利学风与社会风气的需要。对大学而言，没有高水平的人文社会科学，就不成其为高水平的大学。需要注意的是，基础学科尤其是人文学是积淀极深的老牌学科，其学科性质决定了其学术创新需要较长周期的积累。故在考核方面，需要考虑到学科的特殊性，尤其要避免以实用科学(尤其是工科)的量化考核方法来对待这类学科。这客观上也要求办学者转变办学理念，调动一切积极因素创建高水平大学。因此，强调基础研究的意义，第一是由其本身在学科体系中基础地位决定的，从长远说来，基础学科的水准决定了整个知识(含实用学科)创新体系的原创力；第二是缓冲功利化风气的需要；第三是尊重、传承和善待人类文明财产的需要。民国大学史表明，基础学科的成才率一直远远高于实用学科，当时大批学子过于功利，一窝蜂地挤向工程、经济等“热门”专业，但实际上成才者极寡，“人才死亡率”、“学术死亡率”奇高，这导致严重的人才浪费。(77)

为强化基础学科的核心地位，我们需要一系列制度创新，包括尝试新的系科构建，比如建立“学术特区”，实现大学科的培养模式。知识本身是相互联系的，人们为了掌握知识的方便才人为地做了学科划分，但是有眼光的治学者绝不会以学科自缚。在现代社会，知识的交叉化与专门化同样明显，百科全书式的“全才”已经日益罕见，因此在教研实践中较可行的门径之一，乃是尝试大学科体制，即实行大文科和大理科的培养方式。这一工作具有试点性质，因此在短期内只可能在小范围内尝试。所谓“小范围”，一是指限于个别有条件的一流大学，二是指保持较小的人群规模(比如每届一二十人)。可供参考的思路之一是:大学利用自主招生的方式从中学毕业生中选取拔尖人才，分为大文科和大理科班级；入校后实行本硕博连读的培养模式(8—10年学制)，要求掌握两门外语(老清华的研究生一直是如此要求的，不少本科生亦是如此)；大文科同时主修文史哲(或外加一门艺术)，大理科同时主修数理化；在前四年配备准导师，主要以基础训练为主，后四年则以研究为主，有条件者可尽早进入科研，并配备国内国外两个导师联合指导，确保学生有一年以上的时间在国外游学。在博士论文的完成过程中，应尽可能提供较大的资助力度，帮助其在世界各地考察、调研，开拓思路和眼界(欧美名校多是如此，故其学子往往能以高质量的博士论文一举成名)。如果比较理想的话，此类人才的成才率不会低于半数。退而言之，即便日后学子转行，有了这一高水平的训练，也同样有可能在全新的领域中取得显著成就。目前某些学校的国学院或准国学院的机构，如果能够实现相应的办学思路和考核标准的话，是有可能得到进一步发展的。(78)另外值得注意的一点是，在目前我国的博士生培养中，导师大都处于中年，家庭和教研的负担使其多无足够富裕的时间与精力与博士生之间进行相互交流。因此，我们可以考虑返聘年岁略长的资深学者担任学术特区的导师，这些老学人往往有较多的时间、经验和合适的距离以欣赏年轻人，这对后者的成长和人格的陶冶是有重要意义的。这种举措既有现代导师制的风格，也有传统书院制的特色(注重师生互动、“从游”和人情味)。