时间走到1976年，沈志华莫名其妙地被抓进监狱蹲了几个月，罪名是“传播分裂党中央的重大谣言”。当时社会上纷纷传言张春桥要当总理，沈志华跟着说了这事儿，就被人举报了。四人帮倒台后，沈志华去找公安局给他平反，公安局找不到他的档案，便不承认抓过他，说:“没有档案，没法给你平反。”所以，1977年他没有资格参加全国高考。

突然的转机出在“北京市公安局长刘传新自杀”一事上。刘传新是江青四人帮线上的人，在他的私人档案柜里发现了“沈志华卷宗”，是张春桥亲自批示的“逮捕沈志华”，而且还被内定为当时全国16个重点案件之一。据说张春桥们当时的谋略是:因为沈志华的母亲跟叶剑英的秘书很熟，所以他们想顺着这条线整叶帅，就拿沈志华当突破口。

1978年，中央机关及直属单位公开招考，沈志华同时考上了新华社和中国社会科学院，《北京日报》把他当作自学成才的典型，在头版进行了报道。父亲说:“志华，新华社你就别去了，还是去社科院老老实实做点儿学问吧。”

过了几个月，他又考上了社科院的研究生，但不发录取通知书给他，原来是因为他写了一篇《社会主义社会的科学概论及其他》被到处转载，文章提出:中国当时搞的不是社会主义。马克思主义讲的社会主义是一个理论上的概念，它指一定的历史发展阶段，中国还没有发展到这个阶段。但是中国在制定政策的时候使用的是社会主义的理论，所以建国这么多年来的政策一贯左倾。

当时的副院长邓力群在会上说:我看这个沈志华就是个持不同政见者，我们社会科学院培养的是马克思主义者，不是持不同政见者。沈志华急了，直接上门去找他，邓力群说:“我倒要问你了，我们辛辛苦苦地搞了四十多年，不是搞的社会主义，那我们搞的什么呢？按照你这个结论，那中国要不是社会主义，朝鲜、越南、古巴就全都不是啦？这对国际共产主义运动影响有多恶劣啊，你知道吗？”

聊着聊着，聊到了沈志华的家庭背景，邓力群脸色一下子缓和下来:“自家的娃嘛。”第二天，研究生录取通知书就到了沈志华手里。

读研究生期间，沈志华先后在《社会科学战线》、《世界历史》、《世界史研究动态》发表了七八篇论文，都是关于现代史和苏联新经济政策的，《人民日报》也转载过他的文章。就在《人民日报》转载了沈志华的文章后不久，当时的财政部长看中了他，准备把他调到自己的秘书班子里去。沈志华觉得这是个难得的机会，可是父亲和导师都一致反对他从政。

1982年初，沈志华完成了硕士学位论文《新经济政策与苏维埃俄国向社会主义过渡》。离研究生论文答辩还有16天的时候，一拨儿警察突然涌进家门，把他给铐走了。等到审讯时他才明白自己犯了啥罪，罪名悚人听闻——美国中央情报局特务！

原来，1981年底里根当选美国总统后，对中国采取强硬政策，在纽约逮捕了一名中国人，说是窃取美国机密文件。为了外交斗争，中国也要尽快抓到一名美国间谍。沈志华交往过几次的一个在中国外语学院教书的美国博士生被认定是美国中央情报局的人，就抓了7、8个跟他有交往的中国人。后来弄清楚这个美国人不是特务，被限令48小时离境，沈志华他们照说也该被放出来了。不想，美国当局抓住此事不放，攻击中国政府恶意破坏中美关系，中国自然不会让步。

因为向美国学者提供了十几本社科院农业经济研究所办的不公开发行的学术刊物，沈志华被审讯了整整10个月，最后确定的罪名是“泄露国家重大机密”，判刑两年。宣判后，法官对沈志华说的一句话道出了实情:“为了国家的利益，你就牺牲一下吧！”

这时候，沈志华的儿子沈渊4岁，他跟着母亲一块儿生活，沈志华的父亲心疼他，对孙子十分溺爱。4年以后，沈志华和第一个妻子离婚了。

在狱中的时候，沈志华写完了《新经济政策与苏维埃俄国向社会主义过渡》，出狱之后，因为蹲过监狱而连图书馆都不能进去，只能找朋友帮忙去核实引用材料。找到一家出版社，即将要出版的时候，责任编辑带着他的稿子回家去编，她的家人无意中看到了，问:“这是公安部大院里的沈志华吗？他坐过牢的，你还是别惹麻烦了。”这本书直到1994年才出版。出狱之后，沈志华受邀到一家报社工作，没多久又因蹲过监狱这一“不光彩”的历史而失业，被介绍投奔禹作敏，协助他开发生态农场，又因禹作敏出事而以失败告终。他在大街上卖过水果，拉不下面子，听说深圳刚开放，去那儿的什么人都有，就直奔深圳赚钱去了。

从南方回来，沈志华发现儿子成绩差，也不愿意读书，便遂了他的心愿，送他去五台山写武侠小说。沈渊待了8个月，天天在那儿采访老和尚，写了几十万字的武侠小说，回北京被出版社看中并出版了，一时间小有名气，更得全家人的宠溺了，他也再也不想上学了。