幕府对剥夺其全部权利的做法极为不满，1868年1月，日本爆发了戊辰内战。英、美、法、普、意、荷6国响应倒幕派的要求宣布“中立”。倒幕派组织的征东军，在江户一代的教民和市民起义军配合下，用从英国购得的武器，迫使幕府于5月缴械投降。此后一年内逐渐镇压了本州北部和北海道的幕府残余势力。

明治维新

在倒幕运动前后，新政府多次组织重量级人物组团前往美国、欧洲各国考察，学习“兰学”。【日本近代史上的“兰学”，即中国近代史上的“西学”。】

其中，1871年11月7日，明治政府决定派遣由右大臣岩仓具视为特命全权大使，参议木户孝允、大藏卿大久保利通、工部大辅伊藤博文、外务少辅山口尚芳为特命全权副使的48人使团，随行的还有59名华族、士族出身的留学生。这个考察团用一年零九个月的时间考察了12个国家。

日本考察团受到各国——尤其是美国的礼遇，时任总统的格兰特本人还专门接待了日本使团——虽然美国方面以该使团没有国书和全权委任状为由，拒绝与其谈判修约事宜。

在“兰学”的大力推动下，明治新政府大刀阔斧地推出了一系列政治经济变革举措，史称明治维新:

1868年4月，明治天皇发出“御笔信”、《五条誓文》、《五榜揭示》和《政体书》，宣布建立一个以天皇为中心的中央集权国家，其中包括甲午战争根源的“开拓万里之波涛，宣布国威于四方”之说。6月，日本建立“七官二局”的太政官制度。“天下权力一切出自太政官……则无政令出自二途之患……太政官之权力分立法、行政、司法三权，则无偏重之患……立法官不得兼司法官，司法官不得兼立法官。”

1869年，“奉还版籍”。要求各藩大名将领地和户籍交还给天皇；大名则成为各藩知事，按中央政府的政策要求管理地方行政。【此举实际上是为发展资本主义而废除封建领地制度，将大名变成特殊公务员。】

1870年2月，发布大学诏书，全面普及大中小学西式教育。10月，统一兵制，分别效仿英法建立海军和陆军。

1871年6月，制定新货币条例。8月“废藩置县”，取消大名对藩的统治权；将全国划分为3府72县（后改为43县），由中央直接派员管理。【此举实质是废除大名对藩已经非常有限的直接管理权，彻底切除藩制尾巴，为资本主义在整个日本岛的发展进一步扫清障碍。】10月，废除秽多、非人称呼，规定士、农、工、商“四民平等”。

1872年3月，进行第一次全国人口普查（3311万），承认土地私有权， 废除土地买卖禁令。12月，废除阴历，采用西方历法；制定国立银行条例；颁布全国征兵诏书。

1873年2月，撤销对基督的禁令；7月，将实物地租改为货币地租。

内忧外患·《中日修好条约》·“国防方针”

在倒幕运动时期，明治政府许诺减轻民众赋税，维新举措只是改变了交税方式，税负程度却有增无减，还损害了不少大名和武士的利益；被称为“血税”的兵役制度更引起民众不满。民谣称:天朝（指明治君臣）的宗旨是骗人的鬼把戏，许给高天原（天国）说得天花乱坠，其实不干正经事，人们需要彻底维新。

从1868年以来，日本各地起义不断。其中，仅官方记载，1873年爆发起义约35起，规模大的一次甚至有几十万农民参加。