四、更令幕府不安的是，教会和洋商还悄悄为各藩及其武士提供洋枪洋炮，增强其军事实力，导致武装反抗幕府统治的事件与日俱增，严重威胁到幕府的政权稳定和全国的社会安宁。【洪秀全拜上帝会的发展，与此相似。】

为遏制外来侵害，1613年底，幕府宣布天主教为邪教，下令在全国禁止传教，并驱逐教会神甫，摧毁教堂，强迫教徒停止信教。1633年以后，幕府先后颁布了5次“锁国令”。

1633年的锁国令规定:对偷渡出海者处以死刑；旅居海外的日本人限定在5年内回国；告发耶稣教会信徒者赏；将传教的“南蛮人”（主要指取道东南亚登陆日本的西班牙人和葡萄牙人）入狱。在1634年重申禁令之后，1635年又颁布禁令，废止一切特许，严禁任何日本人和船只出海，不准旅居海外的日本人回国。1636年规定将葡萄牙人迁至长崎港内的一小块人造岛上居住，以隔离其与日本人的往来。

教会组织了激烈的反抗行动，在1614年到1635年，就有28万天主信徒为之丧命。1637年10月，长崎县岛原半岛的肥前岛原天主教徒煽动社会中下层民众爆发大起义。第二年正月，幕府在荷兰海军的联合攻击下，才得以完全镇压。

1639年，幕府发表了最后一道锁国令，允许日本人通过长崎港与中国、荷兰和朝鲜三国做有限的国际贸易，完全禁止同葡萄牙、西班牙等欧美国家贸易和交往。1780年、1820年，俄国、英国等分别要求通商，都未能实现。也就是说，实际上，锁国政策竟然为德川幕府时代“各得其所，各安其分”的日本社会赢得超过200年的太平安宁。【1.日本的锁国令比所谓的清朝“闭关锁国”政策激进、强悍、持久得多！2.锁国政策竟然为日本维系了200多年的安宁。这一点为史学界所严重忽视，值得深刻研究。】%%%开国

到1842年，慑于清朝在中英战争中失败，日本不得不向列强妥协，允许外国轮船在日本个别港口加煤上水。

直接迫使幕府敞开国门的，则是1853年7月抵达日本的美国东印度舰队司令佩里海军准将率领的舰队。

佩里舰队到底有多大规模，众说纷纭(有的资料说是3艘，有的说是4艘，有的说是10艘，还有的说是全美国舰队的四分之一)，但可以肯定的是，这是美国联邦政府针对日本乃至整个东方世界策划的一次重大战略行动。

佩里舰队的“黑船”，从大西洋绕好望角经上海驶入日本江户湾浦贺港，要求幕府派官阶相当的代表来接受美国总统的国书。佩里拒绝幕府代表让其转往长崎登陆的要求，派出三四千名水兵强行上岸，将国书强行塞给不知所措的日方代表。

佩里宣称，美国总统要求日本政府改变锁国政策，与美国缔结友好通商条约，他第二年将来听取回音。这就是日本近代史上著名的“黑船事件”。

佩里舰队离开后不久，8月21日，海军中将叶夫菲密率领的舰队驶抵长崎，要求日本划定千岛和库页岛为日俄边界，以及对前往勘察加和美国的俄国人提供方便。这两个要求都被幕府拒绝了。

美国人很快得知此事，为抢在俄国人之前登陆日本，第二年2月11日，佩里匆匆率领更多的军舰再次来到浦贺港，并深入神奈川河口停泊。在美国炮舰威慑下，幕府只好签订了《日美亲善条约》（又称《神奈川条约》）:日本开放下田和函馆两个港口，供美舰补给用；美国在日本设立领事馆，享受最惠国待遇。英、俄、法、荷等国也纷纷援引美国先例，先后与日本签定类似条约。成功施行了200多年的锁国政策，由此被打破。