物种形成的程序

由于不同物种之间必须具有生殖的隔离，所以在一个物种之内要形成新物种，就必须发展出隔离的机制（RIM）。一般说来，生殖隔离的机制，基本上只是遗传变异的副产品。隔离的方式虽然各有不同，但是形成物种的过程却都可以分成两个阶段。

第一期:在同一物种的族群之间发生了生殖隔离的遗传变异（见图四）。只有生殖的隔离才能阻止两群生物间的基因交换。这一阶段的特征有二:一﹒先发生受精后的隔离现象；二﹒这种现象可以遗传，不再受环境的影响。假如这种隔离不是永久性的遗传现象，这两个族群又会恢复基因交换，重新混合成一个物种（见图四之a, b）。

第二期:当两个族群间的隔离作用成为永久性现象的时候，不能再行交配，也就是不能再行混合。这时候，就已形成两个不同的物种。第二期的特征有二:一﹒生殖隔离已经形成受精前的方式；二﹒可能发生对环境的不同适应力而分散到不同的生态位（ecological niche）。

发生隔离变异的途径

在上述新物种形成的过程中，重要的关键仍然是可以遗传的变异。一旦生殖机制上发生了阻碍交配受精的变异，才有可能演变出新的物种。自然界中能够促使发生变异的原因可分为:外在的环境因素和内在的遗传因素。所以物种形成的具体途径也有下列两类:

一﹒地理型物种形成（geographical speciation）同一种生物，假若分布在不同的地区，当然要接受不同的环境条件，生物体就可能发生不同的变异方向。所以最易引发新物种形成的原因，就是地理环境的改变。

二﹒突发型物种形成（saltational speciation）

这种变异是由染色体数目上或结构上的突变所产生。其中包括了同质及异质的染色体倍加，或是染色体的断裂、倒置、漏失等现象。因为这种突变发生后，常能立即表现出生殖的隔离现象，所以也叫做快速物种形成（rapid speciation），或叫做量子物种形成（quantum speciation）。自然界的实例颇多，如小麦及蝗虫等。

新旧《物种起源》的比较

达尔文的《物种起源》建立在生物繁殖过多，生存竞争、优胜劣败及适者生存的理论上。就像台大第一任校长罗宗洛所译日本石川千代松所说:「达尔文学说的焦点，即生存竞争也」（12）。而阿亚拉的《物种起源》中，却没有任何生存竞争的痕迹，因为新物种的产生必须发生变异与隔离。新变异能否生存只看它能不能适应周遭的环境，并不需要其他物种的消失或失败为新物种生存的条件。当然环境中也有其他生物，并且会发生相互的影响。但是那都不是竞争，而是共存。任何生物，不管它是新物种或旧物种，只要它能和周遭的其他生物构成共存的生态平衡，它就能生存下去。阿亚拉书中也曾采用「天择」的词语，但是新的标准是以「共存」为条件，与达尔文的「优胜劣败」的观念完全不同。

自从达尔文发表《物种起源》一书起，反对的论调从未停止。据芝加哥大学科学史博士普罗温（W.B. Provine）「从世界各国所搜集的着名生物演化论者的粗略资料，显示在1882年达尔文去世的时候，相信生物演化另有其他机制的人，比相信天择说的人多出一倍以上（比数超过2:1）。」（13）近代学者反对的论文也不断发表。这里举出几个实例:

Bulter, S.（1951年）:小说家，觉悟的达尔文主义者；Manser, A. R.（1965年）:哲学家；Chain, E.（1970年）:诺贝尔医学得奖人（1945年）；Bethell, T.（1976年）:政论家；Hitching, F.（1982年）:科学记者；Hsu, K. J., 1986年:中央研究院1990年新当选院士，地质学家。