1969年3月中苏珍宝岛较大规模的武装冲突发生后，毛泽东开始考虑用这件事情做文章。4月1日中共第九次代表大会在北京召开，由林彪在经同毛泽东讨论确定的政治报告中宣称:毛主席指出:“一个反对美帝、苏修的历史新时期已经开始。”中国同美帝、苏修划清了界限。号召:所有受到美帝、苏修侵略、控制、干涉和欺负的国家和人民联合起来，结成最广泛的统一战线，打倒我们共同的敌人！强调:决不可以忽视美帝、苏修发动大规模侵略战争的危险性。要做好充分准备，但是，人不犯我，我不犯人，人若犯我，我必犯人。以此将中苏珍宝岛冲突的文章做大，既使美国彻底明白中苏关系已进入战争的边缘，又向他发出信息:苏联和美国对中国构成了同等威胁，而事实上苏联已被视为更主要的敌人；中国不会主动在印支战场上挑起对美国的战争。与此同时，在全国范围内掀起了针对苏联的战备高潮。

苏联则一方面加强对中国实施核威胁，一方面对中国实施报复，苏军8月在新疆裕民县铁列克提地区袭击了中国边防巡逻队。面对这种局面，中国做出了两种反应:一是毛泽东估计中苏之间有可能爆发大规模的战争，中国的战备工作开始进一步超出常备规模，从政治、军事上进入了突击性临战阶段。二是希望降低边界一线军事紧张形势的危险程度，对苏联这时提出的两国总理举行会晤的建议做出回应。9月11日，周恩来与柯西金在北京机场进行会谈。10月，中苏第二次边界谈判开始。毛泽东着手调整中国的对外战略，改对美苏两面作战为联合美国集中力量对抗苏联，做出了打开中美关系僵局的重大决策。

对于1969年中苏边界冲突发生后中苏关系的走向，中情局1969年8月12日的报告在对局势进行讨论时提出:1969年乌苏里江事件发生后，已经紧张和敌对的两国关系进入了一个关键阶段。几乎可以肯定，在两到三年内，紧张局势不会得到显著的缓解。国家利益冲突、对国际共运领导权的争夺，以及对各自意图名副其实的忌惮，妨碍了缓和。边界问题不可能得到解决，双方可能愿意达成一些临时性协议，但又都不会对各自的基本立场做出让步。报告根据中苏双方语词激烈的舆论宣传声势，根据两个国家现在都认为对方是自己最直接的敌人，每一方都指责另一方是帝国主义，要包围并消灭自己的情况提出:在这种氛围下面，另一方的任何行动都受到猜疑，任何军事准备都显示出威胁性。因此我们有理由询问，在以后的二三年内中苏战争是否会爆发。

报告分别评判了中苏双方可能做出的反应。对于中国的反应，报告认为，“中国方面无故对苏联边境发动进攻不大可能。这种判断是基于中国的军事力量处于劣势的主要原因，他们对在东北边界地区进行大规模的战争缺乏基本的准备”。“中国方面没有相应的兵力集结。中国人只在新疆、内蒙和满洲里的黑龙江-吉林边境地区有9个师的地面部队。尽管在他们背后中方在沈阳-北京-兰州军区有50多个师的兵力，但是他们在火力和装备移动方面是无法与苏联的军事力量相抗衡的”。“自从朝鲜战争以来，中国一直避免与两个大国发生军事对抗。此外也很难看到中国能从进攻中获得什么好处”。关于苏联威胁的舆论宣传可能还有一种设计，即促进实现国内的团结局面，以利重建被文革削弱的权力机构。而一场现实的战争将危及任何已经取得的成果。“目前中国人可能有两个目标:一是威慑住苏联的进攻，他们认为这种进攻随着苏联军事集结的加强变得更加有可能了；一是动员全民准备应付这种威胁。北京显然选择了通过在中苏边界地区法律地位比较确定的中国领土上实施小规模军事对抗的策略来表示其坚定强硬的态度”。

关于苏联的反应，报告认为，苏方有理由在现在，或是不久的将来，考虑发动针对中国的进攻行动。因为苏联人看到了中国人可能部署一个携带核武器的导弹部队的危险性，在苏联领导人看来，即便是少量的中国导弹也将改变战略形势。苏联人似乎希望通过使用他们的空中优势，击毁中国的核弹设施来阻止这种情况的发展，同时阻止中国人使用其战区力量在地面上进行报复性攻击。报告并指出，苏联领导人可能还看到这种军事行动所带来的其他重要的利益，如击败中国的军队将向全世界显示苏军的威力，并且有助于提高苏联领导人在国内的威望等等。报告估计说:苏联人可能甚至希望毛—林政权倒台，或者是，如果这个政权继续维持着，那么新疆、内蒙古和满洲能从中国分离出去。事实上，在新疆和内蒙古地区保护少数民族反对中国压制，有可能成为发动战争的理由。

考量上述评判，其对中国反应的估计是比较合乎实际的，并且注意到了中国将边界冲突升级的另一个重要意图，这就是解决国内问题。毕竟边界、领土问题最容易动员起民族情绪，以此达到团结一致共御外侮的效果，稳定国内因派性斗争造成的动乱局面。而报告所说的中国选择有利地点反击苏联的评判也很准确，1969年3月中国把对苏联实施打击的地点选择在珍宝岛，其实就是考虑到，一方面，该岛在1964年的中苏边界谈判中已被划归中国，估计苏方不会为此岛屿做出过分强烈的反应；一方面，该岛又是苏军自1947年以来控制了二十多年的岛屿，在这里进行反击比其他岛屿造成的影响要大。总之是，既要引起反响，造成某种紧张局势，又要有一定的安全系数。所以地点的选择，珍宝岛最为有利。

不过，报告对中国此时在中苏边境地区军事部署情况的估计，其准确性如何尚无具体材料可以证实。60年代中期，根据毛泽东的指示，主持军委工作的林彪要求全国设防重点转到北面，全军要调2/3的工程建筑团到北部设防。此后，中国明显加快了以“三北”地区为战略重点的军事部署调整的步伐，开始在北部地区大规模构筑防卫工事；在“三北”方向组建了若干担任坚守防御任务的守备（独立）师；充实和加强了担任边防勤务和一线防御作战任务的边防（独立）团。到60年代末，“三北”地区已取代华东和华南成为中国最主要的战略防御方向，对苏防卫作战也成为中国军事战略的重中之重。