武帝时儒学的地位大幅度提升，并取代黄老成为汉代的指导思想。不过，这时儒学的重心已转向五经，而诸子则降为五经的传记，儒学形态发生重大变化。武帝即位之初，即对汉初的文化政策进行调整，接受丞相卫绾之言，黜所举贤良中“治申、商、韩非、苏秦、张仪之言”者，使治法、术及纵横家之言者失去进入仕途的资格。五年，置五经博士，汉初已在民间开始的五经传授得立于学宫，得到官方的认可。六年，窦太后崩，黄老失去强有力的支持，丞相田蚡“绌黄老、刑名、百家之言，延文学儒者数百人”（《儒林列传》），黄老、刑名等诸子百家进一步被排除在政治之外。正是在这一背景下，董仲舒进天人三策，称“臣愚以为诸不在六艺之科，孔子之术者，皆绝其道，勿使并进。邪辟之说灭息，然后统纪可一而法度可明，民知所从矣”（《汉书·董仲舒传》）。对于董仲舒的“罢黜百家，独尊儒术”，学界存在着不同的理解，从当时情况看，“罢黜百家”或“皆绝其道”当如“绌黄老、刑名”一样，都是指使百家之学退出政治的主流，不再成为士人进身的阶梯；具体到学官制度上，便是罢黜汉初为诸子所设立的博士，只保留儒家的设置。由于这一对策提出于武帝“卓然表彰六经”及儒学形态发生转变之时，便不难理解，董氏之所以在“孔子之术”前特别强调“六艺之科”，乃表明自己所说的“孔子之术”主要指六艺或六经而言。这里的“六艺之科”与“孔子之术”乃是一种统一关系，并非在“六艺之科”之外另有一个“孔子之术”，或“孔子之术”之外另有一个“六艺之科”，这与董氏“孔子立新王之道”的主张也是一致的（《春秋繁露·玉杯》）。由此可见，董仲舒“独尊儒术”在经学思想史上还具有一重要意义，即突出、强调了六艺或六经在儒学中的地位，促使儒学由子学向经学的转化。而随着这一转化，以前曾被列于学官的《论语》、《孟子》及其它诸子博士可能不久即被罢黜，由此开启了经学一统的时代。

不过，董仲舒虽然推崇六经，但对《论语》的地位也有所肯定，在其《天人三策》及所著《春秋繁露》中，常常引用《论语》的言论阐发、申明六经的大义，表明在他看来，《论语》实具有辅助理解六经的作用。汉匡衡也说:“臣闻六经者，圣人所以统天地之心，著善恶之归，明吉凶之分，通人道之正，使不悖于其本性者也。故审六艺之指，则人天之理可得而和，草木昆虫可得而育，此永永不易之道也。及《论语》、《孝经》，圣人言行之要，宜究其意。”（《汉书·匡衡传》）六经是圣人孔子表达天地、善恶、吉凶的最高真理，而《论语》、《孝经》则是孔子平时“言行之要”，同样起着了解六经最高真理的作用，所以要“宜究其意”。正是由于这个缘故，在汉代以经学为核心的儒学体系中，《论语》等诸子著作往往被看作是六经的传记，具有辅翼六经的作用，这从《论语》常常被称作《传》、《记》、《语》中可以反映出来:《史记·封禅书》:“《传》曰:‘三年不为礼，礼必废；三年不为乐，乐必坏。’”（见《阳货》）《法言·至孝》:“吾闻诸《传》:‘老则戒之在得。’”（见《季氏》）《后汉书·赵咨传》:“《记》曰:‘丧，与其易也，宁戚。’”（见《八佾》）《后汉书·邳彤传》:“《语》曰:‘一言可以兴邦。’”（见《子路》）《传》、《记》、《语》是西汉儒家学者解经的著作形式，它们被用来称呼《论语》，颇能说明《论语》在当时的地位。同样的情况也发生在其它诸子著作中，《汉书·东方朔传》引著论云:“传曰:‘天不为人之恶寒而辍其冬，地不为人之恶险而辍其广，君子不为小人之匈匈而易其行。’‘天有常度，地有常形，君子有常形，君子道其常，小人计其功。’”东方朔所引述“传”的文字，见于《荀子·天论》和《荣辱》。刘向《孙卿书录》说，《荀子》“其书比于记传，可以为法”，这是明确地将《荀子》纳入传、记的范围。《汉书·景十三王传》:“（河间）献王所得书皆古文先秦旧书，《周官》、《尚书》、《礼》、《礼记》、《孟子》、《老子》之属，皆经、传、说、记，七十子之徒所论。”这里《周官》、《尚书》、《礼》属于经，而《礼记》、《孟子》等则显然属于传、说、记。此外，赵岐称文帝时设立的《论语》、《孟子》博士为传记博士，也说明《孟子》等诸子著作确实被当作六经的传记看待，只不过所谓传记博士可能是后起的概念，文帝设立时未必已有这样的称呼。王葆玹说:“西汉人用‘传’字来指称先秦诸子，是由于武昭宣元时期诸子书都被看作是五经的辅翼，归入了经传说记的系统。”所以在汉人的心目中，儒学同样包含了六艺之学和社会人生之学的双重结构，只不过较之先秦时期，二者地位发生变化，前者升为经，后者则降为经的传记，出现经学之儒与子学之儒的分流而已。以后刘向父子编《别录》、《七略》，班固编《汉书·艺文志》，均延续了这一观念，故于《诸子略》之上特设《六艺略》，记叙六经的传授，而在《诸子略》中又有儒家类，列《孟子》、《荀子》等诸子著作，反映了汉人对儒学的一般理解。有学者可能会认为，将儒学分为经学和子学，可能是相对于先秦和汉代两个不同时期而言，汉代以后重六艺，故这一时期只有经学而无子学。其实，《汉书·艺文志》儒家类记录的汉代著作就有《陆贾》二十三篇、《贾谊》五十八篇、《董仲舒》百二十三篇、《儒家言》十八篇等多种，这即是汉儒的子学著作，与先秦诸子一样，它们也具有辅佐六经的作用。王充《论衡·超奇篇》说:“孔子之《春秋》，素王之业也；诸子之传（音zhun）书，素相之事也。”而《定贤篇》又说:“孔子不王，素王之世，在于《春秋》。然则桓君山（桓谭）素丞相之迹，存于《新论》者也。”桓谭所著的《新论》同样可归于解释六经的“传书”。

在汉代经学、子学的分类中，《论语》一书的地位便显得尤为突出。从身份上看，孔子为“诸子之中最卓者也”（《论衡·本性篇》），故记述孔子言行的《论语》应是一部子书，可归于六经传记之类。但《论语》的地位显然又高于一般诸子，所以当时有“传莫大于《论语》”的说法（《汉书·扬雄传》），认为《论语》是诸子传记中“最大”者。故在汉代的几种目录书中，均将《论语》附于《六艺略》之后，而不列于《诸子略》，这种分类若用当时的语言说，便是《论语》对六经的辅佐要高于一般诸子传记，具有六经“通论”的地位。学术界有一种看法，认为先秦、两汉多数涉及“子曰”的文献也可看作《论语》，称为《论语》类文献。这显然与事实不符，在学理上也实难成立。根据《汉书·艺文志》，汉代的《论语》类文献主要有《论语》、《孔子家语》、《孔子三朝》、《孔子徒人图法》等，其中，《孔子家语》为孔子后人记录孔子的言论，其地位仅次于弟子所记的《论语》，故附于《论语》之后。《孔子三朝》为对鲁哀公语，“三朝见公，故曰三朝”（颜师古注）。沈钦韩《汉书疏证》说:“今《大戴礼》有《千乘》、《四代》、《虞戴德》、《诰志》、《小辨》、《周兵》、《少闲》七篇。刘向《别录》曰:‘孔子三见哀公，作《三朝记》七篇。’今在《大戴记》是也。”则《孔子三朝》又曾收于《大戴礼记》。《孔子徒人图法》，沈钦韩说:“《史记·仲尼弟子传赞》云:弟子籍出孔氏古文近是。《文翁石室图》，七十二弟子旧有图法，皆出壁中者矣。”可见是出于孔壁中记录孔门弟子籍贯、活动的图谱。其余便是各种解释《论语》的《说》以及石渠《奏议》等，这便是汉代学者所理解的《论语》类文献。它显然是有具体所指，而并非可以无限夸大。如子思的《淄衣》、《表记》等，均以“子曰”的形式出现，但它在《艺文志》中属于儒家类的《子思子》，而不是属于《论语》。又如《艺文志》儒家类有《儒家者言》十八篇，注:“不知作者。”这部不知作者而可肯定是“儒家者言”的著作，自然会有不少称引孔子的言论，但它同样不属于《论语》。以上看法之所以有误，主要是忽视了在汉代儒学的体系结构中，《论语》或《论语》类文献实具有特殊含义，它是一个专用名词而不是一种泛称，并非所有称引“子曰”的著作都可以称为《论语》。

由于《论语》的特殊地位，武帝以后继续受到人们的重视，而且其传授也主要集中在这一时期。景帝末，鲁恭王坏孔子宅，得《论语》二十一篇，皆古字，此即所谓的古文《论语》。《古论》发现后，孔安国曾经“为之训解”，但流传的范围有限（见何晏《论语集解叙》），至昭帝、宣帝时，“尚称书难晓”，“后更隶写以传诵”（《论衡·正说》）。《古论》之外，还有《鲁论》和《齐论》，刘向说“鲁人所学谓之《鲁论》，齐人所学谓之《齐论》”（皇侃《论语疏叙》引《别录》），说明当是分别流传于鲁、齐一带的本子。《齐论》、《鲁论》何时出现，史无明确记载，但其传授则在武帝以后。据《艺文志》，汉代传《齐论》的有昌邑中尉王吉、少府宋畸、御史大夫贡禹、尚书令五鹿充宗和胶东庸生，而只有王吉“名家”。传《鲁论》的有常山都尉龚奋、长信少府夏侯胜、丞相韦贤、鲁扶卿、前将军萧望之和安昌侯张禹，“皆名家”，因张禹之说出现最晚而流行于世。可见，王吉、张禹乃《齐论》、《鲁论》传授中的关键人物。而王吉昭帝时举贤良为昌邑中尉，“以《诗》、《论语》教授，好梁丘贺说易”，并授其子骏（《汉书·王吉传》）。《艺文志·论语》类有“《齐说》二十九篇”，可能即是其作品；张禹元帝时为太子太傅，奉诏“授太子论语”，其编定《张侯论》也当在此时（《汉书·张禹传》）。除王、张之外，其余之人也大都活动于昭、宣乃至元、成之时。巧合的是，定县竹简《论语》的入葬时间也是在宣帝时（五凤三年），那么，其主人研读《论语》也当在武帝以后。这一时期之所以掀起一股“《论语》热”，一定程度上显然是与《论语》在汉代儒学结构中的特殊地位密切相关的。

武帝以后，《论语》传授的另一个特点是《古论》、《齐论》、《鲁论》的融合。从版本上看，《古论》、《齐论》、《鲁论》存在着一些差别，如《鲁论》二十篇，《古论》二十一篇，《齐论》则二十二篇，但仔细分析便可发现，这种差别只是形式上的，其整体仍存在着一致性，如《古论》虽较《鲁论》多出一篇，有两个《子张》，但据何晏、如淳所说，这不过是由于《古论》将《尧曰》篇自“子张问何如可以从政”以下又分为一篇，而《鲁论》则将其看作一篇，这显然只是章节的分合问题，而与内容关系不大。稍显特殊的是《齐论》，多《问王》、《知道》两篇，但这两篇之外，其余内容仍是基本相同的。此外，据桓谭《新论》说:“《古论语》与《齐》、《鲁》文异六百四十余字。”但这在古籍的抄写中也属于正常现象，如定县竹简《论语》与今本“文异”之处就十分之多，“其中有的是抄写者脱漏、抄错或随意简写的字，有的则是按底本上写的字”。至于底本上的不同，如《述而》“……以学，亦可以无大过矣”，同于《鲁论》而别于《古论》，只是个别情况，更多的则是假借和错讹。这些情况都说明，《论语》一书应形成较早，并有了稳定的形态，在以后的传抄中虽然会形成不同的传本，但由于有共同的源头，所以并不影响其整体的一致性。正是由于这个缘故，《论语》虽然有今、古文之分，齐、鲁学对峙，但并不是互为壁垒，而是相互融合、参考、借鉴。如王吉传《齐论》，但其子王骏所传则为《鲁论》，《艺文志》有《鲁王骏说》二十篇，即是其作品；孔安国传《古论》于鲁人扶卿（《论衡·正说》），而据《艺文志》，扶卿又传《鲁论》；至于张禹也先后受学于传《齐论》的王吉和胶东庸生，“采获所安”，然后才有《张侯论》问世。正是在这一融合的局面下，“郑玄就《鲁论》篇章考之齐、古为之注”，这才有后世不朽之经典《论语》的定本出现。