大凌河战后，众贝勒根据皇太极的旨意，公开议处莽古尔泰“御前拔刀”的罪名，最后一起认定应该革去莽古尔泰的大贝勒爵位，降为普通贝勒，夺去五个牛录、罚银一万两入宫。天聪五年年底，参政李伯龙提出莽古尔泰不应该再与罕王并坐受贺，皇太极虚晃一枪地说道:“以前都是并坐，现在忽然改了，让外面听说还以为出了什么乱子，何况外面也不知道他莽古尔泰的罪状。”众人当然知道皇太极这是故意而为，内心巴不得莽古尔泰快点下课才好，所以，代善首先提出来不愿意再像以往那样与新罕王并坐，情愿下来，众人也是一致同意，皇太极顺水推舟立刻同意，这样一来，自天命十一年九月以来的“三尊佛”现象开始土崩瓦解，皇太极初步完成南面独尊。

平心而论，莽古尔泰绝非良善之辈，他手刃生母以邀宠努尔哈赤，其人之恶毒暴露无遗，在构陷褚英、代善等活动中，莽古尔泰都以急先锋的面孔出现。但是，自皇太极即立以后，莽古尔泰非但没有什么“小动作”，反而相对比较尊崇皇太极，虽然不及代善的恭顺，可也大体上说得过去。至于他要回护属于自己正蓝旗的护军更是无可非议。有的清史研究者盲目地站在皇太极胜利者的立场上指责莽古尔泰，说莽古尔泰是“从本旗的利益出发”云云，这是以成败论英雄的缺陷。试问，皇太极调发莽古尔泰十个牛录的护军难道是从大局出发吗？明明知道正蓝旗损失很大却没有相应的补充，难道是从后金汗国的最高利益出发吗？皇太极故意打压莽古尔泰的做法让一直紧跟他的镶红旗贝勒岳托不以为然。他素来刚正、了无私心，在阿敏准备在朝鲜逗留的问题上，岳托为了国家的大局与之抗争，他明确指出，阿敏所带三万精锐对于后金汗国来说无异于空国而来，御前缺少足够的兵力阻挡蒙古或者明军的侵扰，如果边疆一旦遇警，很难预料胜负。他要求阿敏即刻和朝鲜方面议和，迅速班师。当阿敏不同意时，岳托又找到济尔哈朗，要他向他的兄长说明利害是非，他甚至强硬地对济尔哈朗说:“你要跟你的二哥(阿敏)去便去，我自己亲领两红旗班师，我相信两黄旗、两白旗也会跟我走。”阿敏鉴于岳托、济尔哈朗等人的反对，这才改变自己的主张。阿敏后来在永平丧师，岳托虽然参与了对阿敏的清洗，但在岳托看来，阿敏确有应得之罪，并非空穴来风。然而，这次处理莽古尔泰完全是皇太极以个人意志强加给集体，不但无理，而且手段毒辣。岳托撇开众贝勒独自为莽古尔泰辩解道:“三贝勒莽古尔泰坐在一边痛哭流涕，必有隐衷，他到底有什么明显的罪过？罕王和他之间到底有什么了不起的过节？”《清太宗实录》卷30，第25－26页。岳托为莽古尔泰鸣不平种下了他自己日后遭皇太极暗算的恶果。

天聪六年十二月，莽古尔泰愤懑而死，历史上记载他的死亡是“暴卒”，也就是突然死亡，死前“口不能言”，症状非常奇怪，莽古尔泰是努尔哈赤诸子中身体非常健康的一位，史料上也没有记载他曾经患过什么恶疾或者顽症，这样一个健硕如牛的人居然在遭到处罚之后的一年中愤懑而死，本身就很怪异，联系到三年后即天聪九年莽古尔泰的同母弟德格类也是这样的暴死、也是这样的“口不能言”，以及稍后正蓝旗家奴冷僧机的突然告发和正蓝旗遭到皇太极的全面吞并等，似乎都在一种既定的安排下有条不紊地进行的咄咄怪事，我们认为，莽古尔泰的暴死和皇太极有着直接的关系，很有可能是皇太极指使他人害死乃兄，当然，这种推论目前还没有足够的史料的支持，只作为一种意见提出。

莽古尔泰死后，他的七个儿子，包括长子在内都没有承袭正蓝旗旗主的份儿，倒是同母弟德格类被皇太极选中，继为正蓝旗旗主。这样，皇太极当初的“五虎将”中除了萨哈廉之外，都已经得任旗主贝勒。

德格类本来和皇太极的关系非常密切，皇太极清洗莽古尔泰以后能够撇开莽古尔泰诸子直接选定德格类为旗主也说明了这一点。天聪五年三月，皇太极给大贝勒和议政贝勒以及八旗总管大臣们写去几封信，冠冕堂皇地要求他们对自己治国的得失提出匡正。德格类很快上疏给皇太极，对皇太极的五年统治加以肉麻的吹捧，他说:“要我看，自罕王即位以来，尊重兄长、友爱弟侄，恩养百姓、赏罚分明，没有什么过失可言。”皇太极很高兴，七月设立六部时，德格类任掌户部，皇太极曾经表扬岳托、多尔衮、德格类三人管理的兵部、吏部和户部“办事妥帖、不烦朕虑”。皇太极的本意是要德格类指挥的正蓝旗像济尔哈朗的镶蓝旗那样对他无命不从、无话不听。可是，既已得宠并在即立和控制正蓝旗等一系列问题上给予皇太极最大帮助的德格类却在这件事上和皇太极开始有了分歧。

努尔哈赤、皇太极时代，女真人的军事征服的主要副产品就是掠夺，他们通过掠夺积累物质财富，八旗各旗除正黄旗、镶黄旗地位特殊外，其他并无伯仲之分，可是在贫富上面却有很大的差别，这主要和各旗旗主的军政能力分不开。正蓝旗旗主原来是莽古尔泰，他以勇猛善战著称，正蓝旗在军事斗争中始终处于第一线，加之德格类谋勇兼备，所以，正蓝旗较之其他各旗相当富庶，相比之下，两黄旗也要为之逊色。清崇德六年，皇太极调查满、蒙十六旗的贫富状况，结果发现，镶黄旗下有十个牛录非常贫困，皇太极大怒，对镶黄旗固山额真、额驸达尔汉大加呵斥。可是，德格类尽管守着这么富庶的正蓝旗，却对皇太极没有更多的孝敬，反而在天聪九年还与皇太极唱了一出对台戏。后金汗国设有牧场，德格类就牧场的官员任免问题对皇太极提出:“牧场的官员任命要谨慎，现在担任这类官职的人不称职，因为这个牧场事关我们八家(指八旗旗主)，所以，要选用能干的人。”皇太极一听就火冒三丈:“什么叫‘我们八家’？你的意思是不是说因为事关你们诸贝勒的事情就要谨慎，事关汗国的事情就无所谓？”这次谈话是在天聪九年六月，当时皇太极已经逐渐有意全面加强罕王的集权制，而削夺“八王”的既得利益，德格类在这个当口还不能跟上形势，头脑中还残留着“八王共治”的痕迹，自然令皇太极大为不满。到了下半年，察哈尔的囊囊太后来归，皇太极让代善娶她，代善不愿意，阿济格、德格类等人就劝皇太极迎娶囊囊太后，德格类还说这是“上天所赐”。其实囊囊太后贫穷，也无姿色，皇太极当然不愿意背上这样的累赘，德格类原本是好意却被皇太极误会为逼婚，同时，德格类因为包庇同母姐姐莽古济，更致皇太极的怀疑，盛怒之下的皇太极甚至以辞位作为要挟，德格类因此被罚银500两。就在德格类被罚的第八天也就是后金天聪九年十月初二，德格类突然暴死家中，也是“口不能言”，德格类早不死、晚不死，偏偏死于和皇太极关系开始僵化之际，其死因不能排除政治谋杀的嫌疑。24天以后，莽古济属下的奴仆冷僧机告发莽古尔泰生前有谋反迹象，从而爆发了后金(清)历史上最大的一次政治杀戮即正蓝旗遭吞并事件。