莽古济、额必伦、爱巴礼、屯布禄、昂阿喇等人都被处决，莽古尔泰的另外六个儿子以及德格类的儿子邓什库都被废为庶人，削去宗籍，其中光衮在二年以后还是遭到杀害，而光衮的兄弟萨哈联、阿克达也险些被杀。因为皇太极的粗暴凶狠，受到来自正蓝旗的激烈抗争，莽古尔泰生前对正蓝旗属下比较宽厚，深得众心，就在他死后的一周年之际，正蓝旗固山额真色勒还带领蓝旗的一些大臣去莽古尔泰墓前祭扫。所以，皇太极在吞并正蓝旗过程中绝非一帆风顺，他所遭受的抵抗是没有预料到的，可是，皇太极一旦决定要吞并正蓝旗，那么也就准备大开杀戒了。根据当时逃到明朝方面的后金知情人给明朝宣府巡抚陈新甲的报告说:“四王子(皇太极)将大王子莽古尔泰三个儿子俱杀死，还杀了当紧夷人一千多人。”明兵部题《宣府巡抚陈新甲塘报》，载《明清史料》甲编，第九册，第853页。这次大屠杀中，济尔哈朗、豪格等人都是急先锋，他们的出色表现让皇太极特别满意，其中豪格为了表达他对乃父的效忠，还把自己的妻子也就是莽古济的女儿杀掉。但是，这场血腥的吞并并不见载于清朝的任何官修史书，清朝遗老遗少编撰的《清史稿》更是只字不提。屠刀上的鲜血未干，皇太极就命正蓝旗正式并入两黄旗，由“杀妻”的豪格统领。自此，皇太极自领正黄旗、镶黄旗、正蓝旗，在八旗中占有绝对优势，努尔哈赤生前的“八王共治”至此被打了个稀巴烂。

莽古尔泰、德格类虽然已经死了，可皇太极还不放过他们，他命令削夺莽古尔泰、德格类的宗籍，平毁他们的坟墓，把他们的尸骨从坟墓中挖出来扔掉。德格类这位生前给皇太极竭力奔走储位的功臣居然落得如此下场，可见，“兔死狗烹”在哪一朝、哪一代都不罕见。

5.打压代善父子

死人皇太极尚且不肯放过，何况活着的两红旗的贝勒，怎么可能躲过皇太极的算计呢？莽古尔泰、阿敏、德格类既死，皇太极矛头直接对准当年拥立他上台的代善、岳托、萨哈廉父子。

对于代善，因为他有拥立的大功，而且又是长兄、一度的储君，所以，皇太极即立之初，对两红旗极尽拉拢之能事。又是封官、又是许愿，对代善的恭敬程度可谓内外皆知。天聪二年，代善身体偶有不适，皇太极马上带着众贝勒到府上去看望。天聪五年，明降官祖大寿拜见皇太极，在宴会中，皇太极请代善先行饮酒，然后自己再饮。天聪六年新年，贝勒大臣们进宫给皇太极祝贺，皇太极见礼以后又跑到代善的府上专门给代善行兄弟之礼。天聪八年，皇太极听说代善因病在汤泉疗养，因为他自己此时正在“避痘”(躲避天花的感染)，不能亲自前往，他就派其他贝勒、大臣带着鲜羊、鲜鱼等物品专门看望代善。秉性宽厚的代善被他老弟的这些表面文章所迷惑，真的以为眼前的罕王兄弟看重手足之情，所以，他对“罕王老弟”的事业无不积极追随、格外卖力。天聪五年，在大凌河“御前拔刀事件”发生以后，皇太极诡称他不能直接过问此案，代善就承担起责任来，把皇太极要说的话都说了出来，而且事后代善第一个主动提出不再和新罕王一起端坐受礼，从而给皇太极“南面独尊”的确立奠定了先机。天聪末年，皇太极已经决定彻底推翻“八王共治”的体制，将代善、莽古尔泰等人踩倒在地，所以，借题发挥地利用家务纠纷开始向代善父子发难。

后金天聪九年，皇太极消灭了蒙古察哈尔部林丹汗的全部势力，林丹汗的女眷就成了女真人瓜分的对象。皇太极指明要代善迎娶林丹汗的大妃囊囊太后，代善一方面由于囊囊太后身份贵重，由他来迎娶明显不合适，另外一方面也觉得囊囊太后的嫁妆不很可观，所以就婉拒了，代善希望皇太极能把囊囊太后的妹妹苏泰太后指婚给他。可是，皇太极根本不同意，因为苏泰太后不但富有，而且容貌也比囊囊太后好一些，更为主要的是，这个苏泰太后已经经由皇太极做主许给了他的头号亲信济尔哈朗做新福晋(满语福晋就是妻子的意思)，怎么可能再给代善呢？代善见皇太极不同意，也没有强求。阿巴泰、德格类等人则力主皇太极迎娶囊囊太后，因为身份相当，也体现了皇太极征服蒙古察哈尔部的姿态。德格类说这是天意，并非虚妄。皇太极一看这个又丑又穷的包袱要给他自己背上，当然不乐意，他就以他已经有了一个福晋，不宜再娶新的为由加以拒绝，这不过是皇太极的托辞罢了。可众贝勒并不明白，只是一再力请，皇太极无法，只好自己吞下这杯苦酒，心中自然悻恼，他认为代善在这里面没有起好作用，似乎是和他作对。一波未平、一波又起，皇太极的长子豪格要求迎娶林丹汗的另外一位妻子为福晋，皇太极当然答应。哪知道这就引起豪格的岳母也就是莽古尔泰的妹妹莽古济的不满，莽古济质问皇太极，为什么明知道豪格已经有了正室还把蒙古女人指给他？言语之间多有冲突，其实这可以理解，作为母亲的莽古济当然不愿意看到女儿身边又多了一个与之争宠的对象。莽古济气愤而去，偏巧遇上代善，代善可能出于好意，邀请莽古济一起吃饭，还送了一些财物给莽古济，代善在邀请莽古济之前还不知道皇太极和莽古济的冲突，所以，他的邀请并非有意和皇太极作对，但却被皇太极紧紧抓住，成为打击代善的借口。

皇太极首先呵斥代善和萨哈廉说:“你代善邀请怨恨我的莽古济一起吃饭还赠送礼品，这是什么用心？还有你萨哈廉，执掌礼部，居然不进行劝阻，眼中还有没有我这个罕王？”萨哈廉此人素来尊崇皇太极，对于皇太极的权威更是无条件的维护，如果皇太极所说是事实的话，即萨哈廉也没有劝阻代善邀请莽古济入宴，那就更加说明代善无意扩大矛盾，很有可能是无意识的，因为代善和莽古济不仅是兄妹，而且还是亲家，莽古济的女儿就嫁给了岳托，这种亲上加亲的关系，在一起吃顿饭赠送点礼物有什么值得大惊小怪的？乃至上升到眼睛里面有无他皇太极这个新罕王的政治高度呢？究其内里，无非是皇太极借故泄愤、借题发挥、借刀杀人罢了。天聪九年九月二十五日，皇太极正式向代善发难，他此前故意把事情做绝，摆出一副受了天大的委屈的模样，关起门来不理朝政，还告诉诸贝勒说:“我将杜门谢客，你们对我如此不敬，看来你们心中已经自有主张了，那你们就另外选立一人做新罕王好了。”皇太极这是故伎重演，当年莽古尔泰事件时，皇太极就是如此嘴脸，如今继续以退为进，实则要狠狠打击代善。诸贝勒见皇太极如此光火，实在有些丈二金刚摸不着头脑，他们也实在不理解皇太极为什么会因为这件小事如此动怒，也委实想不出来一向守法自谨、谦虚回避的代善有什么了不得的罪名。皇太极看到火候差不多了，也是准备要给诸贝勒提醒一下，于是就牵强附会地拉出几条罪状强加给代善，诸如代善以前在进军明朝腹心之地时和他意见相左、代善带领正红旗的人马狩猎实际把马匹搞得瘦弱不堪，不利于战阵。代善不迎娶囊囊太后还挑肥拣瘦这是对罕王权威的藐视等等，诸贝勒惧怕皇太极打击报复，自然迎合皇太极的意图，生编了四条罪状作为处罚代善的依据，处罚决定是革去代善的大贝勒、削去和硕贝勒、罚去十牛录和万两白银，萨哈廉也受到了牵连。皇太极因为这时准备集中对付正蓝旗，还不准备和两红旗撕破脸，所以，故意装出一副开恩的姿态，免革代善的大贝勒、和硕贝勒，仅仅罚银罚马了事。