1958年，胡适在“国民大会”上请蒋介石致词

1957年，胡适当选中华民国最高研究机构中央研究院院长，并于隔年4月回到台湾定居就任。自此，胡适多时往返台、美两地。期间因为经济关系，1958年他还将胡适文选及四十自述等所有著作，以买断方式（一说为廿年）卖与国内某家出版公司。

1958年后，大陆发起大规模清算胡适思想的运动，胡适响应说，“我觉得世界上二、三百年来有一种公开的趋向，朝科学民主这个方向上走，朝新的科学方法走，那时候我朋友陈独秀在《新青年》上发表文章拥护‘德’先生和‘赛’先生，我表示过这样的话，把这个抽象名词人格化，把它看作人，最容易错误的，容易人格化，容易人格化，也就容易偶像化，偶像化了，便会盲目崇拜......当时我朋友陈独秀只认得两个名词，不知道科学是一个方法，民主是一种生活习惯，是一种生活方式。”

1959年金门构工部队，于旧金城东炸山采石，意外发现“皇明监国鲁王圹志”八字及全文石碑后交由胡适博士研考。

1960年雷震与台、港党外人士共同连署反对蒋中正违背中华民国宪法三连任总统，胡适为连署人之一。之后，雷震筹备组党事宜，胡适虽未参与，但多所鼓励。1960年9月，雷震因“共谍”案被捕，史称雷震事件，而此事件，一般认为是蒋中正为阻止雷震筹组新党而策划。当时仍为中央研究院院长的胡适虽未受到此案株连，也参与营救雷震，不过并没有成功。对此胡适曾留下三千字的日记说明始末。

1961年2月胡适参加台大校长钱思亮的宴会，刚抵达就感到身体不适，送至医院脉搏跳至135次，痰中带血。医生诊断为冠状动脉栓塞症加狭心症。此次住院2月，后回家自养，但身体已日渐衰弱。11月病情恶化，至台大医院疗养，隔年1月出院。

胡适墓志铭

1962年2月24日，于台北参与中央研究院第五届院士欢迎酒会的胡适，于会议中突发心脏病去世。之后，中华民国政府将胡适于台北的公配居所改建为胡适纪念馆。另外，台北南港当地仕绅李福人，也捐出一片面积达两公顷，位于研究院附近的个人私地辟建为胡适公园，作为胡适的墓地。（后来许多中研院院士或著名学人也安葬于此）

胡适墓志铭由知名学者毛子水撰文，金石名家王壮为先生书写，其内容为

“ 这是胡适先生的墓，生于中华民国纪元前二十一年，卒于中华民国五十一年。这个为学术和文化的进步，为思想和言论的自由，为民族的尊荣，为人类的幸福而苦心焦思，敝精劳神以致身死的人，现在在这里安息了！我们相信形骸终要化灭，陵谷也会变易，但现在墓中这位哲人所给予世界的光明，将永远存在。”

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