“焚书”的直接起因是公元前313年，仆射周青臣与儒家人物博士淳于越就郡县制与分封制的优劣发生了争论，这本来是一件很普通的事情，但居心叵测的丞相李斯借机发难，提出他蓄谋已久的思想专制主张:

今陛下创大业，建万世之功，固非愚儒所知。且越言乃三代之事，何足法也。异时诸侯并事，厚招游学。今天下已定，法令出一。百姓当家，则力农工，士则学习法令辟禁。今诸生不师今而学古，以非当世，惑乱黔首。丞相臣斯昧死言:古者天下散乱，莫之能一，是以诸侯并作，语皆道古以害今，饰虚言以乱实。人善其所私学，以非上之所建立。今皇帝并有天下，别黑白而定一尊，私学而相与非法教人，闻令下，则各以其学议之。入则心非，出则巷议，夸主以为名，异取以为高，率群下以造谤。此弗禁，则主势降乎上，党与成乎下。禁之便。（《史记·秦始皇本纪》）

从这里可以看出，李斯之所以提出他的思想专制的主张，一方面出于政治统一必然要求思想统一的一元思维，另一方面是因为当时以儒者为主的诸生，对现实不满，作为平民代言人不断地批评现实，造成了思想混乱（以非当世，惑乱黔首）。一开始还不过“入则心非，出则巷议”，没有公开批判政府的新措施；现在其代表人物淳于越竟然在御前会议上当众批评新制度的不合理，提出了恢复旧制度的议案。按理说，是实行郡县制还是分封制，本是一种统治方式的选择，大有讨论的必要。淳于越等儒生希望恢复分封制，当然是从儒家的理想出发，宗旨仍在于谋求秦王朝的长治久安。但李斯似乎忍无可忍了，故意上纲上线，利用秦始皇以推行郡县制为不世之功的心理，危言耸听地大肆攻击以儒学为主的各类“私学”，提出了与大一统的政治局面相适应的思想文化专制的主张。秦始皇轻易地为李斯关于不取缔异端邪说，不实行文化专制即危及到统治的安危的说法所打动，毫不犹豫地采纳了李斯焚书的建议，“史官非秦纪皆烧之，非博士官所职。天下敢有藏诗书百家语者，悉诣守尉杂烧之。有敢偶语诗书，弃市。以古非今者，族。”幸免于火烫的，唯“医药、卜筮、种树之书”。儒者对秦政提出批评，要求借鉴殷周的王道，却遭到了致命性的打击，李斯建议焚烧以《诗》、《书》等为首的儒家书籍，并很快就讨诸了行动（时在公元前211年）。这是中国历史上第一次官方大规模的焚烧书籍的事件。

文化专制政策从表面上看或许有助于消除言人人殊的思想多元化现象，有助于政权的巩固与发展，但其后果实际上上是加重了思想异端的潜流和再生，使政权的威信下降，信用度减低，合作者越来越少，离心者越来越多，以至于后来演化成“坑儒”事件。“坑儒”事件的直接原因是方士侯生、卢生的私下议论和逃离，其实是秦始皇长期以来对儒生们难以为己所用，受己摆布的恼怒的总爆发。例如，在秦始皇在受命的第三年，他带着齐鲁儒生博士一大群，至泰山之麓准备进行封禅仪式。他与儒生商议，想要开条道路通到山巅，好让他的车子通过。这些儒生则不识时务，他们说“古者封禅为蒲车（车轮用蒲草包裹），恶伤山之土石草木；扫地而祭，席用葅秸稭。”意思是始皇没有必要大举开山通道，伤了鲁国的地脉龙神。始皇认为诸儒生之言“乖异，难施用”，于是把他们全都斥退，不要他们参加典礼。他自己还是一意孤行，开了车道，登上了山巅，还在上面刻石纪功，自颂圣德。因为秦始皇在上山的途中遇着一阵大风雨，后来儒生们听到了还加以讥讽。（《史记·封禅书》）司马迁后来记载说:

诸儒生疾秦焚《诗》《书》，诛戮文学，百姓怨其法，天下畔之，皆讹曰:“始皇上泰山，为暴风雨所击，不得封禅。”此岂所谓无其德而用事者耶？（同上）

“坑儒”是秦始皇采取的非人道的手段发泄对不合作的儒生方士的恼怒，许多儒者为了言论自由和人格尊严而付出了生命的代价。

在秦始皇的威胁利诱之下，许多儒者并没有忘记前辈的教诲，所谓“富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈。”（《孟子·藤文公下》）他们不再做什么博士官了，或则隐遁山林，白首皓经，如浮丘伯、伏生、田河等学者；或则怀抱大道，等待时机，如孔鲋及鲁国的诸儒；或则隐姓埋名，致力于反秦的政治活动，如张良（《史记·留侯世家》云:“良尝学《礼》淮阳。”）、陈余（《史记·张耳陈余列传》云:“陈余者，亦大梁人也，好儒术。”）、郦食其、陆贾等。正如司马迁在《史记·儒林列传》中所说的:“天下争于战国，儒术既绌焉，然齐鲁之间，学者独不废也。”“及高皇帝诛项籍，举兵围鲁，鲁中诸儒尚讲诵习礼乐，弦歌之音不绝，岂非圣人之遗化，好礼乐之国哉？”“夫齐儒之间于文学，自古以来，其天性也！”后来，儒生还直接参加了颠覆秦王朝的政治活动:“陈涉之王也，而鲁儒孔氏之礼器往归陈王。于是孔甲为陈涉博士，卒与涉俱死……缙绅先生之徒负孔子礼器往委质为臣者何也？以秦焚其业，积怨而发愤于陈王也。”(同上)至于叔孙通之辈，只是荀子所谓的“贱儒”，他们貌为“禹行而舜趋”，实则“无廉耻而嗜饮食”，“无礼义而唯权势之嗜者也。”

值得一提的是，秦王朝颇为流行的神仙之说，与秦的专制和儒生方士对秦的绝望显然有关。他们感受了巨大的压迫，又无力反抗，他们开始厌恶这个社会，然而普天之下，莫非王土，没有办法逃出现实社会，于是就演成了通过幻想表达对社会的不满，在幻想中追求自由的神仙之说。他们幻想在中国境外有这样一个自由的世界，那里的人民上不归上帝管，下不归天子和诸侯管，他们优游海外，不受任何权力的支配，过着非常自由、平等和幸福的生活。这就开了后来知识分子消极反抗王权专制的先河。

汉初由于统治者实行黄老思想清净无为的政策，社会文化环境相当宽松，出现了先秦诸子复兴的思潮。在这样的形势下，汉儒通过著书立说、上言进谏、对策陈政等途径，持续而不断深入的政治批判活动，这就是针对秦的暴政和速亡进行的批判反思。同时，他们积极宣扬和发展儒家学说，为汉政提供新的思想资源。