国民党退台之初，蒋介石政权对“台独”分子的活动均援引上述条款，以“叛乱罪”或“涉嫌台独”等罪名予以严厉打击，毫不手软。林熊祥、许丙之流追随日本侵略分子从事“台独”活动被破获并被判刑。此后，岛内“台独”分子的活动主要表现为借“台独”来反抗国民党的白色恐怖统治。国民党当局毫不手软，至60年代末，在岛内破获多起“台独”案件，被捕者多达数千人，其要者为：

其一，“台湾再解放联盟台湾支部案”。

台湾“农复会”英语翻译黄纪南接受廖文毅的“台独”理念，于1949年3月与廖文毅侄子廖史豪秘密成立了“台湾再解放联盟台湾支部”。因其“台独”活动被警方注意，翌年5月下旬该支部7名成员先后被捕，均以“参加叛乱组织或集会”被军法处起诉并判刑。

其二，高雄“台湾共和党”案。

高雄黄阳辉受廖文毅指令，于1958-1959年秘密组建“台湾共和党”。该党计划短期内在台湾制造小规模骚乱，为兵变做准备，10年内发动兵变，夺取政权。至1959年底，黄阳辉等30多人被捕，并被处以重刑。

其三，廖启川事件。

1961年9月17日，廖启川、孙秋源因涉嫌反国民党和主张“台独”，分别在台北家中被台湾“警备总部”逮捕。

廖启川生于1911年，毕业于日本东京帝国大学法律系，早年从事教育，后因竞选南投县长失利而辞教经商。1960年初至1961年春，廖启川先后结识经商的蔡金铿、青年党人李万居的秘书及《自治杂志》经营人孙秋源等人，在主张“台湾独立”与“以暴力推翻国民党统治”问题上取得共识。1961年7月上旬，廖启川召集孙秋源、蔡金铿等人召开秘密会议，商讨决定由孙秋源负责文宣，蔡金铿负责筹募经费，陈东川负责敢死队，曾负责在军队中发展力量。7月下旬，云林县议员苏启东到台北，孙秋源前往拜访，谈到“台湾独立”问题二人不谋而合。8月上旬，苏、孙、廖3人就“台独”问题取得一致意见后，商定苏启东在南部举事，廖启川在北部呼应，孙秋源居中联络，具体日期为联合国大会召开之时。就在举事之前，台湾情报部门侦知此事，1961年9月15日至17日，廖启川、苏启东等人相继被捕。1962年6月，廖启川等人被台湾“军法处”检察官依《惩治叛乱条例》第2条第32款“阴谋以非法之方式颠覆政府”罪提起公诉，廖启川、孙秋源均被判刑12年，蔡金铿被判刑8年。苏东启本属此案，但因具体在南部发动兵变案被另案处理。

其四，苏东启事件。

1961年9月19日，云林县“议员”苏东启夫妇以“涉嫌叛乱”罪被逮捕。苏东启为云林县“议员”，曾参加云林“县长”选举。落选后，与省“议员”李万居一起参加“中国民主党”筹组工作。因当时云林县人詹益仁，林东铿密议组织反对国民党的组织，图谋“台湾独立”，故拉有声望的苏东启加入，并担任领导，以扩大影响力。1961年1月，张茂钟在云林县詹益仁处商议成立武装行动队，草拟了行动计划。3月9日，武装行动队欲乘国民党第1047部队换防之机，袭击兵营，夺取武器。但因消息泄露，台湾“警务司令部”以“涉嫌叛乱”罪，于19日凌晨逮捕了苏东启夫妇，并沿线追踪，陆续逮捕300余人。1962年5月17日，台湾“警务司令部”以“阴谋叛乱、推翻政府罪”，将苏东启、张茂钟等人判处死刑；判处詹益仁等47人15、12年不等的有期徒刑。后因云林县各方人士关注，云林县“议员”全体联名提出抗议，台湾军事当局不得不在1962年7月23日发表声明，承认“原判事实欠明”、“量刑失当”，决定重审。1963年9月25日，台湾“警务司令部”公布复审结果，苏东启4人改判无期徒刑。苏东启于1976年9月18日获释出狱。

其五，“台湾独立联盟”事件。

1962年7月，施明德等30余名青年学生被台湾“警务司令部”以“叛乱”罪逮捕。

施明德，1941年出生在台湾高雄。1962年他是国民党炮兵学校候补军官班13期学生，他与其他学生互相串联，探讨台湾前途，主张走“台湾独立”道路。并成立“台湾独立联盟”

。其宗旨是“推翻国民党，建立台湾民主共和国”。约定在台中、高雄等地发展力量。事情败露后，均被国民党逮捕入狱。该案牵连200余人。施明德被判无期徒刑，1977年获赦出狱，1978年11月担任台湾党外刊物人士助选团总联络处执行秘书兼发言人，负责助选团的全部事务。1979年8月出任党外刊物《美丽岛》杂志社总经理，因同年底高雄事件被台湾当局通缉，逃亡26天后被捕。1980年1月被判无期徒刑。1990年5月由李登辉特赦出狱，随即加入民进党并任顾问，还当选新成立的“台湾人权促进会”会长。1990年10月与许信良争夺民进党第五届党主席失利后，创建“新台湾重建委员会”。1993年2月任“立法院”民进党党团召集人，11月代理党主席。1994年5月，当选民进党第六届党主席。1992年、1995年、1998年连续当选台湾“立法委员”，1995年11月任亚洲自由政党联盟主席。1996年3月因“总统”选举失利辞去民进党第六届党主席职务，转任顾问。2000年11月，因感觉民进党现行路线与理念渐行渐远宣布退出民进党。