从1965年开始，国民党空军改用美制RF-104。该机最大时速2300公里／小时，实用升限1.8万米。这是歼-6无法望其项背的。为保险起见，国民党空军一般还指派F-104战斗机伴随侦察。歼-6的难题来了:在最大飞行速度小于对方的负速度差条件下，如何作战?这是一个连苏联人也没有遇到过的世界难题。

相当长的时间内，RF-104如入无人之境。从1965年-966年底，连续11次侦察大陆，无一遇险。在一次次失败的截击中，中国空军终于找到了RF-104的死穴。

1967年1月13口13时，一架RF-104在4架F-104战斗机的掩护下，进入漳州上空，高度1.1万米，时速2000公里/小时。空军航空兵第24师立即起飞两批8架歼-6迎战。空8军指挥所引导第一批歼-6以小于对方600公里的时速，大角度接敌。3号机飞行员胡寿根采取斜对头拦阻射击，连发48弹，击落1架F-104。这次战斗不仅让RF-104心有余悸，也让国民党空军方面黔驴技穷。

如果说1964年中国的核试验成功因为打破两个超级大国的核垄断，让蒋介石灰心泄气的话，在这一年横窄出世的歼-6则让他向来倚重的空中优势也不复存在。反攻大陆已成为永远的梦想。小规模的空中侦察成为危险而没有意义的行动。不仅如此，打了一辈子仗的老蒋还隐约地意识到，在空中——最后的军事优势失去后，大陆可能重新拾起因为朝鲜战争搁浅了的解放台湾的计划。

1968年以后，国民党空军对大陆的昼间侦察全面停止，不久，夜间侦察也偃旗息鼓。这是台湾军事战略自此开始进行重大调整的标志，由反攻大陆改为固守反攻。两岸从此进入冷战时期，双方军队隔海对峙，虽然彼此都严阵以待，但始终再未兵戈相见。

和国民党的侦察机比起来，对歼-6真正构成技术挑战的是美国无人驾驶高空侦察机。

1964年8月初，美国向越南北方发动大规模空袭。中国西南边境也一下子紧张起来。有过抗美援朝经历的中国，不能不做战火蔓延到自己国土和领空的准备。8月5日，中国人民解放军总参谋部下令有关军区和军兵种进入战备状态。当时，中国空军在中南、西南边境地区只有南宁、遂溪、蒙自、昆明等几个机场，驻有2个歼击航空兵师部和3个歼击航空兵团，在 昆明设有1个军级指挥机构(昆指)，防空力量十分薄弱。

接到加强战备的命令后，空军除命令昆指和广州军区空军等指挥机关立即进入战备外，还将驻广东兴宁的空军第7军军部调往南宁，担任广西和雷州半岛地区的作战指挥将驻浙江衙州的歼击航空兵第12师，驻福建漳州的高炮第2师调至南宁，驻昆明的歼击航空兵第7师师率51团进驻蒙自，该师49团从唐山转至昆明；歼击航空兵第26师(遂溪)、9师(广州)就地做战战斗准备。另指定8个航空兵师又一个团为第二梯队。

同时对雷达情报、通信导航、工程机务、后勤保障也作了相应准备，并在广西、云南、贵州等地新建和扩建一批机场及配套设施。这次部署调整行动迅速、1个师接到行动命令后，一般只用3-5天时间即到达指定地点，反映出那个年代中国军队的优良素质。

歼击航空兵部队，一边转进，一边结合战备任务换装歼-6,准备迎战当年的老对手-今天仍然是世界最强大的美国空军。