1933年12月，达赖病故，中央派黄慕松入藏致祭，追加册封。次年中央在拉萨设立了行政院驻拉萨办事处，任命活佛热振代行达赖职权。此后中央与西藏地方关系不断加强。1940年，民国政府颁布命令，任命拉木登珠为十四世达赖，蒙藏委员会委员长吴忠信前往西藏主持继任典礼，并颁发册封金印等。达赖继任后，西藏内部亲英势力渐聚集在他周围，先是迫使热振活佛辞职，继而与英勾结，再次倡言“独立”。在英策划下，1942年7月西藏成立“外交局”；次年派出非法的“西藏商务代表团”前往美、英等国活动。此时美国也积极插手西藏事务，企图利用西藏在苏联腹部钉入一个楔子。与此同时，西藏地方大肆扩充藏军，并得到英印武器支持。

1949年7月，少数上层分裂势力再次制造了“驱汉事件”，借口中央驻藏人员中有共产党，宣布所有与中央政府有关的人员（包括官员、职员、技术人员、医务人员、教师等）限期离开西藏。8月6日，民国政府发表声明，希望西藏当局改正错误，不要受人愚弄。8月10日，民国政府派蒙藏委员会委员长关吉玉在西宁塔尔寺主持十世班禅坐床典礼，仍坚持对西藏的主权。

（五）中印边界问题

在西姆拉会议期间，1914年1月5日至13日，在英的唆使下，西藏代表背着中央与英就西藏与英印的边界进行了会谈。3月24、25日，英代表麦克马洪与西藏地方代表以秘密换文的方式，划定了一条中印边界线，即所谓的麦克马洪线。《西姆拉会议》期间从来没有讨论过中印边界问题，中国政府也从未接到或被转告有这样一项非法换文。英印在隔了10多年之后仍对换文和麦克马洪线保密。中国方面及西藏地方政府也一直按传统习惯线管理和控制中印分界。即使西藏地方的少数分裂分子也认为麦克马洪线割占了西藏土地。1936年，他们在对英声明中声称:他们把麦克马洪线视为一揽子交易的一部分，在这场交易中，西藏割让领土给英国，作为交换，英则要帮助西藏取得一条为他们所满意的同中国的“边界”，并从中国取得很大程度的独立。既然英国对这种补偿不能兑现，他们对麦克马洪线的同意也就不再算数。

（六）“东突厥斯坦”分裂政权

民国初年，境外“泛伊斯兰主义”、“泛突厥主义” （以下简称“双泛”）渗透新疆。在20年左右的时间内，形成了以“双泛”为旗帜的分裂势力。他们比照“双泛”思潮中反对欧洲殖民者、争取国家独立和穆斯林联合、突厥民族联合的言辞，把中央政府和新疆当局的统治视为殖民统治，声称要反对中国殖民统治，争取民族独立，妄图将新疆从祖国怀抱中分裂出去。

1931年，新疆爆发反抗军阀金树仁统治的暴动，一些“双泛”组织利用战乱，篡夺了南疆地区暴动领导权，将暴动导向了分裂运动；进而于1933年11月12日在喀什建立了“东突厥斯坦伊斯兰共和国”分裂政权，随后公布了《组织纲领》、《施政纲领》，及所谓“宪法”和“政府成员名单”。分裂不得人心。“东突厥斯坦伊斯兰共和国”在境内受到抵制，境外也没有一个国家敢于公开承认。1934年2月，只存在了3个月的短命分裂政权就垮台了。

1944年8月，伊犁巩哈县爆发了反抗军阀盛世才统治的暴动，11月7日，伊宁爆发起义，继而形成三区革命运动。由于艾力汗·吐烈为首的封建宗教上层势力把持了起义的领导权，致使当地出现了一个寄生于三区革命运动之上的“东突厥斯坦共和国”分裂政权。次年1月5日，“东突厥斯坦共和国”通过了政府宣言，其中第一条是:“在东突厥斯坦领土上、彻底根除中国的专制统治。”在三区革命运动内部，以阿合买提江、阿巴索夫为首的革命派与分裂势力展开了斗争，并最终夺得三区革命的领导权，将革命引向正途。1946年6月27日三区政府委员会324号决议将“东突厥斯坦共和国”政府委员会改组为新疆省伊犁专区参议会，使三区革命汇入中国革命的洪流，成为“中国民主主义革命的一部分”。

民国时期，军阀混战、继而日寇侵华，方方面面的因素使中国无暇在边界、边疆问题上投入精力和力量，失去了一些解决历史上遗留的边界、边疆问题的机遇。第二次世界大战胜利后，民国政府利用战胜国的地位，在解决历史遗留的边界、边疆问题，维护国家领土主权方面做了一些努力，但这种努力又受到战后美苏大国主宰世界和远东战后安排的制约，受到蒋介石发动内战、消灭共产党国内战略的牵制，受到英国维护其在远东殖民利益阴谋的破坏，其成果是很有限的。