另一方面，康有为“尊孔保教”说在理论上充满了内在矛盾，在某种程度上也导致了它在实践中的失败。康有为“尊孔保教”虽说是在基督教的影响下产生的，但是他奉献给中国人的孔子儒学却不是宗教，而只是一种政治伦理学说。1902年梁启超著《保教非所以尊孔论》来批判乃师《尊孔保教》说。他认为康氏没有弄清宗教之界说。西方所谓宗教，是一种对超越世俗的终极价值的信仰；而孔子儒学“专在世界国家之事，伦理道德之原。”所以“质而言之，孔子者，哲学家、经世家、教育家、而非宗教家也。”所以他认为“尊孔保教”说不能成立，在实践中也行不通。把孔子儒学宗教化并非始自康有力。早在西汉，董仲舒已进行过这种尝试，并使之为国家政权所保护，即汉武帝所实行的“罢黜百家，独尊儒学”的政策，从而开始了中国封建国家政教合一的体制。但是在东汉末年，宗教化的儒学已发生危机，面临着来自本土的道家思想和外来的佛教教义的挑战。可见作为政治伦理学的孔子儒学，并不能满足人们内心对宗教的渴求。它不具备宗教性质，也无法发挥宗教的各种功能。

康有为“尊孔保教”说虽然有历史社会条件的限制，不得不然耳。但是探寻康有为及其追随者的深层思想原因，可以看到正是中国士大夫传统思维模式对基督教加以抵制。日本人大隈重重信，论及中国古代宗教状况说:“在中国古代下层的民间存在着无数的迷信。但主要就上层阶级来判断，看来显显的倾向尽量不谈‘怪力乱神’尽可能采取理智的合理的态度，极力避免迷信。简单地说，毋宁认为合理的单纯、淡泊的情趣乃是中国宗教的特征。”他还说:“中国民族在宗教上的特征并不是丰富或深刻。一般认为，中国宗教并不像西方的宗教那样深入到来世或超越的世界，其特色始终是实际地现实地发展。”

这里所谓宗教并非是严格界定下的含义，而是比较广义的，“有关整个宇宙和人生的信仰，态度，都不妨称之为宗教。”

康有为虽然被其弟子称为“宗教家”，但如果按严格的宗教界说，他正像孔子一样，可称为哲学家、教育家、圣贤、改革家、但却不是货真价实的宗教家。他所倡导的“尊孔保教”，始终出于人文心态，而不是宗教心态。

他在倡导宗教改革的同时，仍出于那种中国士大夫的“理智”、“合理”的态度。梁启超在《评非宗教同盟》中说:“宗教是各个人信仰的对象。”并这样描述信仰的特征:“第一、信仰是情感的产物，不是理性的产物。第二、信仰是目的，不是手段，只有为信仰牺牲别的，断不肯为别的牺牲信仰。”他还说:“宗教是神圣”，“信仰是神圣，信仰对一个人来说是一个人的元气，在一个社会里则成为一个社会的元气”。但是按此衡量变法时期康有为、梁启超、谭嗣同等人的宗教信仰，似乎并不具备一种对神圣的终极存在的信仰与关怀，他们理性地把宗教信仰看作是一种历史现象，“盖怪力乱神者，皆乱世之事，至太平之世，则不独怪力乱神无，即神亦不神也。”

他们的宗教思想不是把信仰看作是终极目的，而是只着重宗教信仰的社会功用，亦即把信仰看作手段。因此，他们个人虽然都信仰佛教，但是认为佛教不适合中国变法维新的需要，而选择孔教为国教。所以康有为“尊孔保教”并不出于信仰，既缺少热烈的情感又缺少神圣的目的，只是出于政治理性的一种冷静选择。康有为所要维护的宗教，并不是宗教家的信仰而是政治家的手段而已。其“尊孔保教”始终未超过中国传统的“神道设教”范畴，他认为:“神者在若有若无之间，而不可无者也，不明鬼神则陋民不悟，故先圣以神道设教，美饰其庙宇，厚费其牧醴香火，率百姓万民拳跪以事之，而不肯稍惜其费，稍吝其恭焉。佛、耶、回诸教主，皆托于上帝以览民，而民德以修，岂无故哉！盖明则有政治，幽则有鬼神，鬼神者以无用为用，而亦为大用者也。”

正因为他着眼点在于宗教的政治功用，以一种人文主义的理性心态选择孔子为教主是毫不奇怪的。他认为耶、佛、回诸教皆言神，为神道教，唯孔子之教为人道教，而人道教是忧于神道教的，“惟吾国自孔子明人伦以正人道，前此旧俗，乃为丕变。……推孔子为神明圣王，以为四通八辟，本未精粗，无所不备，道不远人，与时变通，为人道所不能外，故能成其教也。”

他还说:“太古草昧尚鬼，则神教为尊，近世文明重人，则人道为重，故人道之教，实从神道而更进焉。”

可见，康有为“尊孔保教”说充满内在矛盾，他看到基督教对西方文明所提供的价值意义，而“艳羡”之，“摹仿”之，但是其固有的思维模式又抵制之，否定之，使其所谓宗教改革在原地打转，未见革新气象，在实践中亦难免与洋务派“中学为体、西学为用”之说相混淆。

维新派所体现的中国士大夫传统的“理智”、“合理”的人文心态，在康有为表现为神道设教，在梁启超则表现为基督教启示神学的抵制，则思辨理性很强的佛学则更适合其趣味。梁启超说:“吾畴昔论学最不喜宗教，以其偏于迷信而为真理障也。”又说:“泰西教义虽甚浅薄，然以末日审判天国在迩等论日日相聒，犹能使一社会中中下之人物各有所慑，而不取决破旧篱。（若上智则自能直受高义，不至有流弊。）虽然，此等教旨与格致学理不相容，殆不可以久立”