中共得知马歇尔就要回来的消息，采取了积极的配合态度。4月20日，毛泽东便给周恩来发来指示电：考虑到马歇尔刚刚回来，“周应和他维持过去那样的良好关系，以期争取东北停战，并解决一切国内大问题”。在与马歇尔交涉时，“应避免用激烈态度与抗议形式。周、马之间仍应尽可能保持友好关系，使国民党无隙可乘”。
根据毛泽东的指示，周恩来就东北问题，与马歇尔谈了很长的时间。周恩来告诉马歇尔，蒋介石之所以进攻东北，就是因为他始终不承认中共领导的东北部队，还在诽谤他们为“土匪”，还要“讨伐”。“在这种情形下，他们进攻，我们便要抵抗，于是战争一直在继续。尽管如此，我们仍然愿意停战的，我们希望停了以后来谈一切，我们也愿意承认国民党军队的地位。这是我们和他们不同之点。”
马歇尔静心地听着，觉得周恩来所说是在情理之中。与周恩来共事以来，马歇尔早已被其温文尔雅的风度所折服。马歇尔曾对民主同盟的张君劢、罗隆基说：“周恩来是我未遇过的外交对手。”
东北战云密布，中原又起硝烟。蒋介石调集11个正规军26个师，约30万人，向中原军区驻地宣化店进逼。周恩来心情焦灼，向马歇尔提出：东北问题解决的同时，一定要撤去对中原地区的包围，并让他们安全转移。周恩来为中原军区部队的安危，多次与马歇尔和国民党交谈，签订了一些协定，其中一个重要成果，是可以将2000余伤病员和非战斗人员等，安全地遣送到河南安阳。这样，后来的中原突围才得以轻装上阵。
蒋介石的胃口越来越大，单方面提出一个整军方案，要中共部队退出察哈尔、热河、烟台、威海卫、苏北和东北大部。周恩来接到这个方案，极为愤慨地对马歇尔说：“这是不能考虑的。”由于美国错误的对华政策，马歇尔已失去初来时的公允。周恩来在致中共中央电文中说：马歇尔“在第一时期对停战、政协、交通、复员、整军的意见和办法是公正的。第二时期对东北问题就偏了，只要我们让，不要国民党让，而且让了还不停战”。
6月26日，国民党军队大举进攻中原解放区，并扬言在四十八小时内消灭中原解放军。面对危局，周恩来和马歇尔会谈，他认真地说：“能让的我都让了，不知政府是破裂呢？还是一面打一面谈？我们愿意和平，但不能接受蒋的这一套。”
就是在这种情况下，周恩来也没有关闭调停的大门，而是客观分析马歇尔调停的全过程，批评美国对华政策的两面性。他在会见美国哥伦比亚大学教授裴斐时，针对他所提出中共和苏联的关系指出：“中国不会置身于一个国家的影响之下，以致成为一国的工具，而应起把同盟国综合起来的作用，至少要成为美苏合作的桥梁。如果国民政府改组成为联合政府，就可与一切盟国都保持友好关系，反过来影响国际间的合作。中国是有理想的，中国要富强起来。中共对美国是既要合作，又要批评其政策中的不对之处。”
