经过马歇尔的斡旋，1月10日，国共双方的代表张群和周恩来终于签署了《关于停止国内军事冲突、恢复交通的命令和声明》与《关于停止国内军事冲突的协议》。同日，国共双方的最高统帅向各自的军队下达停战令。在此基础上，政治协商会议开幕，周恩来出席会议，并向会议呈送中共代表团的《和平建国纲领草案》，正式提出军队国家化和政治民主化的要求。
政协会议于31日闭幕，也就是这一天，国民党改派张治中为代表，与周恩来、马歇尔组成最高军事三人小组会议，研究军队整编统编问题。据张治中回忆，在马歇尔向蒋介石提出的最初整军草案中，“准予中共陆军和国民党陆军成一与二之比。而海、空军是中共当时所没有的，中共向未提过这种要求，现在突然取得百分之三十的兵力。当然为国民党方面始料未及的。这份草案当然让蒋感到非常诧异，马上请马歇尔来谈话，结果由马再加修正提出，陆军比例改成一比五，其余海、空军两点就没提了。”
2月25日，周恩来、张治中和马歇尔签署《关于军队整编及统编中共部队为国军之基本方案》。在签字仪式上，周恩来对马歇尔卓有成效的工作，给予了充分的肯定。他说：“这次的成功，正如停止军事冲突协定之成功一样，应感谢马歇尔将军之协助与努力。我个人也很光荣，能与一个世界战略家共同工作，完成此计划。”
马歇尔也作了简短致词，他说：“此协定为中国之希望。吾相信其将不为少数顽固分子所污损，盖此少数顽固分子，自私自利，即摧毁中国大多数人民所渴望之和平及繁荣生存权利而不顾也。”据张治中说，这番刺激性话语是有所指的，“他所称的‘少数顽固分子’是指国民党方面的，大概他当时已经从情报方面得到若干的报道了”。
三人委员会的初期工作虽然时有争执，但是，总归排除了干扰，签订了一些书面性的文件，这自然要归功于马歇尔的努力。
周恩来回延安汇报情况后，又回到重庆，在参加政协闭幕式后，就直接去拜访马歇尔，特意转达毛泽东的谢意，感谢他为促进停止内战所做的努力，希望他再促使东北停战，认为他的态度和方法是公正的，表示中共愿意在这个基础上和美国合作。马歇尔很高兴，当即表示将努力说服蒋介石，解除对中共动机的疑惧。马歇尔还建议国共双方军队混编。
中共军队主要驻在华北，一部分可驻在东北、华南。周恩来知道，马歇尔作为一个美国人，他的思维方式与时下的局势是多么的格格不入，蒋介石就是要将中共的军队从华北、东北、中原和华南排挤出去，怎么可能会答应中共军队常驻呢？再说要将两支性质截然不同的军队混编，多少有些异想天开，是万万难以实现的。马歇尔既然说了，那也就姑妄言之，姑妄听之了。
