这样，巫宁坤赶快打起行囊，先到天津拜见了老岳母和李怡楷的哥哥姐姐们，然后直奔合肥。1962年暑假期间，李怡楷知道安徽大学英语专业急需高级教师，便鼓起勇气向外语系李主任兼党总支书记提出让巫宁坤重登讲台。

不久，系里就通知巫宁坤从九月份起当临时工，每月工资60元。这虽然不及他当教授时工资的三分之一，但他感到很满足。1964年7月4日，他又被“摘掉极右分子的帽子，解除劳动教养”。李主任表示：很快就可以让他转正，大幅度提高工资。

8月初，系领导决定新学年开始，分配怡楷教公共英语。因为她的爱人巫宁坤已摘掉了“右派”帽子。至于巫宁坤恢复公职一事，因学校人事处的刁难毫无结果，只给临时工的工资待遇由60元涨到70元。

1965年，一些著名的影片，如《早春二月》和《抓壮丁》在报刊上被定性为“毒草”。年底，全国的报纸大张旗鼓地批判历史剧《海瑞罢官》。“文化大革命”开始了，安徽大学文科楼上也贴满了大字报。有的大字报把他画成“笑面虎”的漫画，说他是“死老虎没死”。接着他就被学生们揪斗。还有他班上的一群学生在夜间冲进了他的家，叫嚷“打倒极右分子巫宁坤！”“打倒美帝国主义！”把他拉下床，拖到楼下门口与外语系几位直挺挺跪在门前小道上的教授一起，被“革命学生”一路吆喝，连推带搡，押解到人山人海的水泥篮球场。从此，作为“牛鬼”被关押在“牛棚”，离他“回到人民的队伍”还不到两年。他的七十多岁久患糖尿病的老继母也被诬称为“地主婆”，被轰回扬州老家，不久就离开了人世。他的“临时工”工资也由70元减为30元。解放军“毛泽东思想宣传队”和工人“毛泽东思想宣传队”先后进驻学校，对“牛棚”里的“牛鬼蛇神”的斗争和严管更加升级，并强迫他们从事重劳动。同时，还逼着他们写出了这样的“认罪书”——

最最敬爱的伟大领袖毛主席，我们心中的红太阳！我们是十恶不赦的反革命分子，我们狗胆包天，竟敢反对伟大领袖，反对战无不胜的毛泽东思想，反对毛主席的光辉革命路线，真是死有余辜。感谢您的英明伟大，您亲自发动、亲自指挥的这场史无前例的无产阶级文化大革命已经触动了我们的灵魂。我们庄严地宣誓：我们一定用毛泽东思想的显微镜深入检查个人的罪恶历史和反动思想，尽一切努力弃旧图新，尽快回到您的光辉路线上来。伟大领袖毛主席万岁！中国人民的大救星万岁！

1968年11月，安徽大学师生员工三千人，包括老弱病残和“牛鬼”在内，徒步前往三百多里外的和县乌江公社接受贫下中农再教育，大家一连走了好几天，每晚途中宿营时，“牛棚”的人还得组织学习“四个伟大”或进行批斗。吃饭时，人人都得向挂在墙上的毛主席像鞠躬“请示”，背一条毛主席语录。吃完饭后再到毛主席像前“汇报”和高呼“毛主席万岁”。