毛泽东估计，如果受外国指挥的反革命分子一定要通过反叛和战争破坏17条协议，把西藏打烂，那就有可能激起劳动人民起来推翻封建制度。在他看来，西藏上层反动派的倒行逆施只能是自取灭亡，使民主、光明的西藏早日出现

西藏一小撮反动分子的分裂活动，早就引起了党中央、中央军委的高度重视。1956年12月，毛泽东要求西藏工委要有应付发生叛乱的准备。中央军委和总参谋部也根据叛乱区域性特点，于1956年在西南地区分别成立了3个作战指挥部:以成都军区司令员黄新廷为首的指挥部，以陆军第五十四军军长丁盛为首的指挥部，以驻藏的4个师和独立团，以及后来入藏的解放军联合组成了“西藏军区指挥部”。总参谋部负责协调和指挥各指挥部协同作战、空军支援及后勤保障等重大事务，由副总参谋长王尚荣具体分管。

1958年3月，西藏上层反动集团伙同帝国主义分子，唆使甘肃、青海境内一部分藏族贵族、反动宗教分子和部落头人，掀起了反对共产党、反对人民政府、反对社会主义的大规模武装叛乱，先后参加叛乱的人员达到13万余人，叛乱地域达42万平方公里。中共青海省委在6月18日给中央、军委及军区的报告说，从各方面获得的材料证明，青海地区的反革命武装叛乱与西藏拉萨方面的反动集团在帝国主义唆使下的阴谋分裂祖国的活动密切相连，是帝国主义和拉萨反动集团策动的。

6月24日，毛泽东在这份报告上写下如下批语:“青海反动派叛乱，极好，劳动人民解放的机会就到来了。青海省委的方针是完全正确的。西藏要准备对付那里的可能的全局叛乱。乱子越大越好。只要西藏反动派敢于发动全局叛乱，那里的劳动人民就可以早日获得解放，毫无疑义。”

10月11日，中共中央致电西藏工委，指出西藏地区有由局部性叛乱发展成全面性叛乱的可能，要求西藏地区党政军各部门“必须在政治和军事各方面作充分的准备，以便在局部性叛乱发展成为全面性的叛乱时，坚决平息叛乱，彻底解放西藏的劳动人民”。

为了对付西藏可能的全局性叛乱，除驻藏部队抓紧练兵，屯积粮弹，施惠于民外，中央还决定动员内地有志青年入藏屯垦，以加强在将来平叛中的群众基础和物质基础。1959年1月24日，中共中央给四川省委并西藏工委正式下发了关于动员2000名青壮年入藏屯垦生产的指示稿。毛泽东在指示稿中写道:“在西藏地区，现在及今后几年内，是敌我双方争夺群众和锻炼武装能力的时间。几年之后，例如三四年，五六年，或者七八年之后，总要来一次总决战，才能彻底解决问题。西藏统治者原有兵力很弱，现在他们有了一支斗志较强的万人叛乱武装，这是我们的严重敌人。但这并没有什么不好，反而是一件好事，因为有可能最后用战争解决问题。但是(一)必须在几年中将基本群众争取过来，孤立反动派；(二)把我军锻炼得很能打。这两件事，都要在我军同叛乱武装的斗争中予以完成。”