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民盟中央有一个“科学规划问题”小组，其成员有5人，即曾昭抡、千家驹、华罗庚、童第周、钱伟长，他们曾在《光明日报》发表了《对于有关我国科学体制问题的几点意见》。当时还有一个所谓“六教授”(即曾昭抡、钱伟长、费孝通、陶大镛、吴景超、黄药眠)，也有类似主张。反右时他们都受到了猛烈批判。但科学院的数学家华罗庚、生物学家童第周只做了检查，并未被打成右派——那是科学院领导张劲夫、杜润生等保护的结果。
此前“五教授”意见书中曾有一句“外行不能领导内行”，这如果是指科学院，可以被认为是针对张劲夫等中共派来的领导，不过，张劲夫却没有借此发难。据说他曾亲自向毛泽东建议：科学家是国宝，在反右运动中应给科学院以特殊的政策。毛泽东吃惊于张劲夫竟敢提出这样的要求。(邢小群《天才需要什么样的土壤——〈束星北档案〉随想》一文中说：“1957年，张劲夫冒险进谏，使中科院一批海外归来的自然科学家没有被打成右派。”)
当时张劲夫不仅要了政策，还拟出具体的保护名单，直接保护了一批人。
曾积极反映科学家“鸣放”意见的中宣部科学处处长于光远，在反右运动中有人认为他是右派的传声筒，也应该被划为右派，但周扬却在大会总结发言时用巧妙和策略的语言，没有给予他过多的具体指责，于是“高高举起，轻轻放下” ——过了关。
说到自然科学家，整个反右运动中最让人难以猜测的是化学家傅鹰，他是最应该成为右派的人，却有幸没有入“籍”。
傅鹰是北大化学系教授、院士，也是一位爱国的科学家，当年他激动于人民解放军毅然还击英国军舰的挑衅而从美国回来。他是一位性格鲜明、语言率真的人，看到、听到了什么不合理的事情就要说出来，甚至是“我抗议”。早在1955年9月，他在《化学通报》发表了《高等学校的化学研究—— 一个三部曲》，文末他说：“我以公民的资格请求你们听一听一个化学工作者的意见，哪怕有许多偏见，消除一些不合理的状况，创造一些有利的条件，使从事于研究的人省去一些开会、填表、写订单、为经费着急、应付外行人指摘等的时间，而将其用在实验室中来培养我们的下一代。”结果，这被认为是对共产党有不满的情绪，受到了批评。然而他的这些言论被毛泽东看到了，毛对傅鹰的这些尖锐意见作了两次评价，于是傅鹰得以奇迹般地与右派擦肩而过。
毛泽东的两次表态，一是1957年5月16日为中共中央起草《关于对待当前党外人士批评的指示》(收入《建国以来毛泽东文稿》)，其中有：“……党外人士对我们的批评，不管如何尖锐，包括北京大学傅鹰化学教授在内，基本上是诚恳的，正确的。”另一次是毛泽东在此前一天所写的《事情正在起变化》，文中说：“多数人的批评合理，或者基本上合理，包括北京大学傅鹰教授那种尖锐的没有在报纸上发表的批评在内。这些人的批评目的，就是希望改善相互关系，他们的批评是善意的。”傅鹰说过哪些“尖锐的”“批评”？时为中宣部文艺处干部的黎之后来回忆说：“我当时想，如果能把这个发言公开印发，会少划好多右派。”
原来那是傅鹰在1957年4月北大化学系召开的两次座谈会上的发言，的确“惊世骇俗”——几个小标题有“党对知识分子的脾气还没摸对”、“党和知识分子关系紧张是党员瞎汇报的”等。他还说：“(‘三反’等)运动中偏差的大小与离北京的距离成正比”，“现在所谓‘改造’，就是要人在什么场合，慷慨激昂说一通时髦话，引经据典，马、恩、列、斯”，“现在是长字辈吃得开”，“石油学院的老干部有一条公式：我是老党员，你是群众，所以你是错的”……当时甚至有人认为，傅鹰若不是右派，北大或者全国也就没有右派了。
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