犯人的代号由数码组成。数码分为两个部分，前面的数字标志该人的入狱年份，以公元纪年表示。后面的数字表示该年份入狱的序号。如“6901”，前两位数代表1969年，后两位数代表收监的顺序是该年度的第一人。

犯人按“级别”不同有单独和集体囚禁两种。这种“级别”划分一般是根据犯人在入狱前的官职，有时则根据这名犯人在某一事件的涉及程度。

犯人每月的主食定量为16公斤，一日三餐(周日和节假日只有两餐)由管理员统一送到各监室门前。不过，在伙食标准上，又根据犯人的年龄、入狱前的地位，或是案情的不同进展程度等，分为高低两种。

高级囚犯20世纪70年代每月的伙食费为60元，到90年代随着物价的上涨，有所提高。高级囚犯伙食待遇较好，一般对那里的伙食比较满意。低级囚犯正餐为“一菜一汤”。主食一般是米、面、杂粮搭配，菜是最廉价的蔬菜，少有油水；早饭是玉米面窝窝头和一块拇指大的咸菜。

在高级监区，狱方备有统一的饭盒，不使用窗口，而是打开牢门将饭菜送入。菜有两素一荤，有“真正的汤”。每周一次配送牛奶、水果；特殊犯人或即将出狱的高级犯人则有更好的待遇。低级监区的犯人需自己保管餐具，开饭时，食物通过一个离地面约一尺高的送饭窗口递入。

秦城监狱与普通监狱不同，实行单独放风制度，犯人初到秦城时并不能立即享受放风待遇。每次放风时间20分钟至1个小时不等，时间依当时狱中犯人的数目而定。放风地点为一块用砖墙围起的放风圈，一道高墙又将这个放风圈一分为二。两个放风圈可同时使用，看守站在高高的中墙上，可一览无遗地观察两边格子中的情况。犯人一个一个地被单独放出来，一人一格，隔着高高的墙，谁也看不到其他犯人。

平时，除国民党战犯接触过相对较重的体力劳动外，犯人在秦城监狱多只有轻微的劳动，如做火柴盒，用麦秸编织草帽，这类劳动一般在囚室内进行。