1945年4月初，蒋介石突然电召杜聿明去重庆。蒋与杜一见面，就问:“你来的时候看到什么人没有？”杜答:“谁也没有看见。”蒋高兴地连声称好，接着说:目前准备对日本侵略军进行总反攻，必须先安定后方，统一云南的军事政治，保障抗日战争的最后胜利。现在拟调龙云到中央任军事参议院院长，恐其不服从中央命令，你要在军事上作彻底解决龙云的准备，先将昆明附近的国防-正事全部控制，然后在我明令到达的同时，即以武力解除龙云的全部武装，限龙云于3日内到重庆。并问杜有何意见。他一口就承担了这个任务。蒋介石昕了很高兴，要杜即刻回昆明作准备。可是，何应钦(当时驻在昆明的中国战区陆军总司令)认为，劝龙云自动辞职是可能的，龙不会顽固恋栈，这样解决可免于动武。杜聿明也表明同意。于是，何和杜从多方劝龙云自动辞职，历经三个月之久，龙云却毫无退意。

是年8月9日，蒋介石再次电召杜聿明到重庆，面授机宜。蒋指示说:“你这次回去做解决龙云的准备工作，除军事准备外，还要对云南的通讯、交通及各机场作周密的布置，防止龙云逃跑。”

8月11日，杜聿明飞回昆明，立即进行解决龙云的准备工作。在军事方面，杜假借到沦陷区大城市解除日本武装作准各为掩护，对排长以上军官亲自教授沙盘模拟演习，对龙云在昆明的兵力、驻地作了调查研究，拟定了对策，以期在短时间内将龙云的武装彻底解决。昆明通全省的电话、电报、公路、铁路及飞机场，也制定了严密控制办法，使龙云与外界隔绝，无法逃走，只留五华山弹丸之地和一营卫队，让龙云自己决定去从。对于如何投送蒋介石命令，说服龙云就范也作了准备。这些工作秘密进行了一个月之久，才告完成。

9月27日，蒋介石派王叔铭秘密到昆明，送亲笔信给杜聿明，告知他日内就要颁布免除龙云在云南军事政治本兼各职的命令，调龙云为军事委员会军事参议院院长，并指示杜将飞机、大炮、坦克一齐准备好，万一龙云不服从命令，就集中火力轰击五华山，要杜“绝对保证龙云的生命安全”。

当时杜聿明考虑到，在政治上自己和龙云是不能并立的，可是在私人感情方面，二人相处很好，对于龙云加以危害的事绝不能做，而且，万一龙云在事件中死去，社会舆论必然加罪于己。于是，杜连夜复蒋一封信，大意是:龙云只有一个五华山弹丸之地，不足为患，轰击五华山，会波及云南大学、西南联大的安全，引起学潮，在政治上造成极端不良影响。蒋最怕闹学潮，只得复信同意杜的意见，不使用大炮轰击及飞机轰炸。

9月29日晚，杜聿明即赴昆明市北郊岗头村准备好的指挥所内，召集团长以上干部及新任云南省民政厅厅长、代理省主席李宗黄等开会，下达行动命令，并将解决龙云的命令送交美军一份，将中央任免龙云本兼各职的命令送交龙云。

以上各项命令及措施下达后，已至午夜。各将领纷纷报告时间来不及，杜提醒说:“一切详细部署具体办法，就是你们在沙盘上演习过的，你们参照去执行，不会来不及的。”各部队长至此才恍然大悟，便分头执行去了。

30日凌晨5时，杜部都到达进攻位置，并将军委会命令送给龙云各部队。事出龙云各部队意外，都猝不及防。仅五十多分钟，就结束了战斗，仅剩下一座五华山。

龙云拂晓听到东门枪声时，即从住宅后门奔上五华山，随即发出“勘乱”的电报。这时，龙云还不知道其保家部队早已完蛋。由于龙的通讯机构皆被监视或破坏，“勘乱文电”俱未发出。云南省的保安部队有近十万人，龙云自恃这支力量可以与中央军较量一番，决心在五华山固守待援，负隅顽抗。杜几次派人上山与龙见面商谈，拟定了几条宽大方案，开放了市区的一部分电话，便于龙云同地方上取得联系。龙感到大势已去，不得不表示自己是服从命令的。10月3日，宋子文飞昆明，上五华山与龙长谈，龙愿随宋于10月4日离昆明去重庆。起飞前，杜和龙的亲属都到机场送行，杜向龙道歉说:“对不起院长。”龙说:“你是奉命行事，不怪你。”

龙云离开昆明后，杜就照蒋的指示着手改编龙云的军队，将龙的旧部集中起来编为一个师、一个宪兵团。杜还下令，昆明市过去的所有文武官员的私有武器，要限期办理登记，不得私藏军火。

10月14日，杜忽然接到蒋的命令，要他到重庆去。杜15日飞抵重庆。这次蒋氏接见，与过去大不相同，对杜优礼有加，还很有兴趣地询问了解决龙云的经过。继而，蒋吞吞吐吐地对杜说:“你解决龙云对国家立了功，可是得罪了龙云。你应该为国家背过，任劳任怨。我表面上先公布将你撤职查办的命令，以后再任你别的职务。”杜很了解蒋的心理，就慷慨地说:“只要于国家有利，个人不计较任何名利地位。”蒋听了很高兴。16日，蒋果然发表命令:“杜聿明在云南处理失当，着即撤职查办。调任关麟征为云南警备总司令。”

国共战争

1945年10月18日-杜聿明被撤销昆明防守总司令及第五集团军总司令之职后，离开昆明回到重庆。同一天，就发表了任命杜为东北保安司令长官的命令。

杜上任后第四天，蒋介石对杜当面指示，要与苏联接洽，接收东北领土主权。杜经过近十天与苏军联络，发现苏军已宣布自东北撤军，营口苏军已经离去，被东北民主联军接收。为此，杜便向蒋建议:要接收东北非用武力不能解决。11月5日，杜急飞重庆向蒋报告，请求迅速抽调兵力，由美舰掩护从葫芦岛或营口强行登陆。

11月8日，杜聿明到达秦皇岛，率先向东北解放区挑衅，指挥第十三军、第五十二军向榆锦进攻。14日，杜下达向山海关进攻的命令，决心在东北民主联军主力部队未到达之前，夺取要点，分兵两路继续向绥中追击前进，之后，占领兴城、锦西、葫芦岛三个要点。

杜到锦西后，按原定方针，命令部队向锦州攻击。由于东北民主联军有计划地撤退，26日杜率部进入锦州，同日还占领了山海关。

是年12月16日，国民党政府迫于国内、国际和平建国的舆论，与中共举行和谈。蒋介石一面谈判，一面下令国民党军队向解放区积极进攻。杜接到蒋的指示后，于12月23日命令第五十二军冒雪进占北镇、黑山，然后又分兵两路，分别向阜新、营口进攻，占领了北票、朝阳、黑水等城。1946年1月10日，杜又按照蒋的密电，赶在停战令即下前，抢占了平泉等重要城市。