然而，这些都还不是让十万人客死他乡的真正凶手，更可怕的事实还在伊万里湾的海底。2005年，九州·冲绳水下考古学协会再次组织了伊万里湾调查。这一次，林田宪三找到了一块刻有汉字的漆片，从残片上能够辨认出“元年殿司修检视讫官”的字样。

“殿司”是宋朝官署“殿前都指挥使司”的简称，南宋末期的殿司管辖了国家水军的主力，范文虎正是以殿前副都指挥使的身份带领南宋残余的水师投降蒙古人的。林田找到的这块漆片表明忽必烈大汗的舰队中有南宋投降过来的舰船，而这些船大部分都是河船，相较于远洋船只，河船平底且没有龙骨，吃水较浅，不能够抵御大的风浪，并不是能够跨海作战的远洋舰队。林田宪三重新检视了打捞上来的数千块舰船残骸，结果表明它们没有一块属于有龙骨的远洋船只。

再回头考之于史料，或许可以得到解释:当忽必烈在1279年下令泉州等地建造战船备战后，他仍然希望日本能够和平地臣服于自己，而不至于再度劳师动众，因此准许范文虎在八月再次派人跟随日本僧侣去日本，“期以来年四月还报，待其从否，始宜进兵”。

然而，1280年2月，日本处死国使杜世忠等人的消息就传回国内，断绝了忽必烈想让日本和平臣服的念头；8月，战争机器就开始加速运转起来，帝国各地的粮草开始向东南汇聚，沿海港口船坞的灯火彻夜通明。

准备一支庞大的舰队显然需要时间，然而，仅仅过了五个月，忽必烈就等不及了。至元十八年正月，忽必烈召集阿剌罕、范文虎等到大都商议征讨日本，江南军的准备也加快了步伐。

然而，当忽必烈在1279年发出建造军舰的敕令逾两年时，福建省左丞蒲寿庚向大汗报告说:“诏造海船二百艘，今成者五十，民实艰苦。”由此可见，要在一年时间内组建一支三千五百艘军舰的庞大舰队，实在是好高骛远。于是，在忽必烈大汗的再三催促下，船坞里的材料在匆忙中准备、严格的工序被精简；范文虎四处召集张世杰的旧部从军，并“简阅旧战船以充用”，终于拼凑出了一支庞大的舰队。只不过这些舰船绝大多数都是没有龙骨、无法抵抗风浪的内陆河船而已。

林田宪三终于解开了忽必烈大汗的舰队覆灭的谜底:这支貌似强大的舰队，从入海那一刻起就是脆弱的，它的命运早已在江南的造船厂里被注定，台风只不过施加了最后一击。