《协议》签订后，周总理时刻关注协议执行情况，从各个方面促进西藏进步，为实现统一的自治区创造条件。毛主席提出成立自治区筹备委员会，总理认为这是“在西藏树立一个希望的中心”，是向成立自治区过渡的好形式。他耐心细致地给各方做工作，营造友好协商实现统一的条件。在总理关怀和李维汉领导的筹备小组努力下，短时间内就草拟了成立自治区筹备委员会五个文件，即：1、筹委会的性质任务；2、筹委会的人员组成；3、筹委会下设机构；4、筹委会与国务院的隶属关系；5、筹委会的财政问题。
达赖、班禅在京参加人大会议，赴外地参观访问，取得巨大成功，决定干1955年3月12日离京返藏。周总理非常及时地于3月9日主持召开国务院第七次全体扩大会议，专门研究成立西藏自治区筹备委员会及西藏其他事项。经各方再次协商和总理的说服教育，会议通过《关于成立西藏自治区筹备委员会的决定》和国务院帮助西藏建设及交通运输问题的决定，同时批复了西藏地方政府和班禅堪布会议厅委员会之间关于历史悬案问题的谈判达成的协议，为成立统一的西藏自治区迈开了重要的一步。
“我们主张民族区域自治”
新中国实行民族区域自治政策，早在1949年9月，周恩来受党中央委派，起草人民政协共同纲领草案时，就把这一政策写入了建国临时大法，后来又载入历次宪法之中，成为党和
国家解决国内民族问题的一项基本政策和基本政治制度。
共同纲领和宪法规定的民族政策，集中体现了全国各族人民的意志和愿望。
总理在做《共同纲领》草案起草报告时说：“为防止帝国主义利用民族问题来挑拨离间中国的统一，我们主张民族区域自治。”“今天帝国主义又想分裂我们的西藏、台湾甚至新疆，在这样情况下，我们希望各民族不要听帝国主义者挑拨。为了这一点，我们国家的名称，叫中华人民共和国，而不叫联邦。”
和平解放西藏办法协议第三条，规定了“在中央人民政府统一领导下，西藏人民有实行民族区域自治的权利。”
但是，在封建农奴制度统治下的西藏，每做一件对人民有利的事(包括免费给群众治病、办学校)都要经过一场激烈的斗争才能办成，成立自治区更是如此。
