在主战的背后，身为军机大臣的翁同龢，于中日交战之际，不顾国家安危，挟嫌报复，以私害公。对此，《中国近代史上的关键人物》一书为其立传时论道:“他因与李鸿章之间久怀宿怨屡谋报复，李鸿章不欲战而迫其战，在他看来正是挫抑之而困顿之的良好机会，又岂能放过？至于万一试而不效，淮军挫败，私怨虽报而国事已坏，则就不是翁同龢所着急的问题了。”可翁同龢为什么要整治李鸿章？

在电视纪录片《走向共和》中，光绪皇帝对翁同龢说:“朕知道当年因李鸿章弹劾令兄翁同书一事，你们结下宿怨。但你们都是朝廷的股肱之臣，总要和衷共济才好，千万不可因私而废公。”大臣之间有私人恩怨非常平常，但是要皇帝亲自开口点明劝和，可见矛盾之深。那么他们之间为什么会有这么深的矛盾呢？

通过翻阅史料，我们发现是由于太平天国战争中的一桩恩怨，他们二人才结下了梁子——翁同龢与李鸿章有父死兄徙的大仇。

当年围剿长毛时，翁同龢的哥哥翁同书任安徽巡抚，于定远之役临阵脱逃，弃城溜走。后来，李鸿章责令其戴罪立功。

咸丰十年（1860年），寿州（今安徽寿县）遭到太平军英王陈玉成攻击，由于当地团练竭力抵御，寿州城才未被攻破。但城内团练首领孙家泰、蒙时中、徐立壮等与城外的团练首领苗沛霖互相仇杀，苗因此叛变，纠众围攻寿州，纵兵四扰。清政府认为苗沛霖的部队向来彪悍，真要反叛了，危害比太平军还要大，因此密令翁同书摆平这件事。

翁同书知道前任安徽按察使张学醇和苗沛霖很熟悉，于是就让他前去劝降。苗表面上答应，并提出两点建议:一是清政府应当饶恕自己的罪行；二是杀孙家泰、蒙时中，并把首级交付他祭灵以雪耻。翁同书答应照办。孙家泰听后自杀，蒙时中则被翁同书抓来杀了。两人的首级一起交给了苗沛霖。却不料这都是苗借刀杀人的借口，他并无投降的心思，得到孙、蒙二人的首级后，叛逆如初。

曾国藩本来就对翁同书在定远之役时弃城逃走极为愤慨，现在翁同书又对苗沛霖的处置失当，以致酿成大变，这让曾国藩忍无可忍，终于决定上书弹劾翁同书。曾国藩文采一般，想写却难于措辞。何况，翁同书又是大学士翁心存之子，翁心存是帝师，究竟如何措辞，才能使皇上破除情面，依法严惩，实在很费踌躇。

曾国藩便让李鸿章帮着写，结果拿来一看，连呼精彩。李鸿章代写的奏章不但文意极为周密，其中更有一段锋芒内敛、暗藏杀机的文字，说:“臣职分所在，例应纠参，不敢因翁同书门第鼎盛，瞻顾迁就。”这段话的立场如此方刚严正，使皇上不好意思包庇了。无奈，咸丰帝只好判了翁同书个“斩监候”，也就是死缓。翁父听到后，一口气没缓过来，蹬腿西去。咸丰帝借着翁父翘了辫子的机会，顺水推舟以眷念师傅的名义，将翁同书的斩刑改判充军新疆。父死兄徙，对于翁同龢来说，一个好好的家却因李鸿章的手笔而弄得如此凄凉，此仇怎能不报？李鸿章也许没有想到以后自己的不幸遭遇与它紧密相关。果然，甲午一战，翁同龢借机构陷，终使这位老臣败走麦城，签下了耻辱的《马关条约》，戴上了卖国贼的帽子。

甲午战败，李鸿章签订《马关条约》，人人恨之，“七十老翁，蒙汉奸之恶名，几有求生不得，求死不能之势”。刚开始，李鸿章还有太后的保护伞，而此时，翁同龢却带领一伙人不断进攻。此时的李鸿章官无翁大，面对翁同龢的排挤和非难，只能硬挺着。由此可见翁同龢的心胸狭隘，睚眦必报。

吴勇的《庚子西狩丛谈》一书中，载有翁李仇隙的掌故:李鸿章因为庚子事件又一次背上卖国贼的骂名而赋闲在家时，翁同龢派袁世凯试图说服他撂挑子不干，从而空下大学士的位子给自己，袁当即被李鸿章骂了出去，并且李还表示只要自己一息尚存，翁同龢就不要指望当上真正的宰相。这算是李给翁的一个小小的报复吧？由此可见翁与李之间的仇隙之深。