1945年初，卫立煌陪同蒋介石检阅胜利班师的远征军将士

但也就是在这段时间，父亲与蒋介石之间已渐渐有了裂痕。因为父亲与八路军合作得比较好，向蒋介石告父亲“通共、容共”的密报也从未中断过。蒋介石一直认为，一战区中共势力发展太快，对父亲不满;国民党嫡系部队朱怀冰一个军被彭德怀消灭在父亲防区里，蒋认为父亲应该负责。蒋介石还曾派参谋总长何应钦前往第一战区调查父亲“通共、容共”之事。最终不了了之。

这段时间又发生了一件不愉快的事，更加重了父亲与蒋介石之间的矛盾。

1942年除夕，蒋介石邀请诸将领到黄山官邸吃饭;当晚正好宋庆龄探望宋蔼龄，孔祥熙也邀请父亲到孔府参加宴会。父亲致电侍从室，推说有感冒，当晚去了孔府。但侍从室秘书长贺耀祖忘了告诉蒋，饭桌上，蒋见父亲不出现，便问:“俊如怎么不来？”后来知道父亲实际上是去了宋庆龄处，更是大为恼火。蒋介石迷信13是不祥之数，父亲不来正好是13人，最后拉来一位秘书，充上14人。

后来蒋介石找了个借口，不让父亲兼任河南省主席，随后国民党内部一些人更攻击父亲袒护八路军，蒋介石将父亲的司令长官职务与西安办公室主任蒋鼎文对调。我们还在洛阳，第二天就知道了蒋介石不高兴的事。我虽然很小，但也知道父亲被明升暗降之事。一个月后，父亲乘车离开洛阳长官司令部前往火车站，途经市区，突然发现沿街许多群众自发设置香案来给他送行。父亲十分感动，连忙下车步行，一直走到车站。据说在洛阳市，70年前一位前清道台离任时才有过这样动人的场面。

远征滇缅

1942年，中国远征军赴缅甸遭受重大挫折。其中第5军第200师师长戴安澜以身殉国，一个万人甲种师，撤退回国不足3000人;第6军、第66军被彻底打垮，各师撤退回国时，损失八成。孙立人曾建议杜聿明率部撤退至印度，而杜聿明则听从蒋介石命令，准备突围回国，中途遭日军猛烈攻击，部队被拦腰切断，闯入了惨绝人寰的野人山。在原始森林中转了3个月，最终还是退到印度的孙立人派部队把奄奄一息的杜聿明救了出来。2万人剩余不足2000人。

在别无选择的情况下，父亲又被再度起用。1943年11月，蒋介石任命他为中国远征军司令长官，赴云南接替生病的陈诚，全权指挥由第11集团军、第20集团军两支野战部队及相关支持部队共20万人组成的中国远征军。

此前，中国远征军的指挥官杜聿明、陈诚都与美国盟军总指挥史迪威将军关系不好。父亲则很注意处理与史迪威的关系。他从印度调来大批有经验的美军教官，按照实战需要指导部队开展大规模的战前训练，父亲还恳请美军为中国军队培训了500多名军医，为每一个作战师都配备了野战医院，并请了大批美国军医随军服务。此外，父亲还命令部队反复进行战前的渡江演练，以至远征军在后来强渡水流湍急的怒江过程中，只有一名士兵不慎落水身亡。史迪威在其回忆录里称父亲是国民党军队中最能干的将领。