红军离开遵义后，改向川南方向前进。在土城一仗中，红军失利，中央决定陈云负责安置伤员和处理军委纵队的笨重物资。陈云彻夜未眠，仅用10个小时便完成了所有任务。

为了进一步摆脱敌军的围追堵截，中央红军决定北渡金沙江，转入川西。陈云和刘伯承分别被任命为渡河指挥部的政治委员和司令员，与毛泽东、朱德、周恩来共同组织部队过江。1935年6月上旬，红军主力渡过金沙江之后不久，长征队伍中突然不见了陈云，连与陈云最亲近的人也不知道陈云到哪里去了。

原来，遵义会议后，中央认为有必要将长征和遵义会议的有关情况及时通报共产国际，同时也必须恢复白区党的组织，以配合红军主力的作战。于是，中央经过再三考虑，决定派陈云和潘汉年到上海完成这一使命。

这一决定是中央的核心机密，只有少数核心领导人知道。二渡赤水后，潘汉年即奉命先行离开长征队伍，准备到上海后与陈云会合。

遵义会议后，陈云并没有马上离开。红军主力渡过金沙江到达四川的天全县后，陈云才离开长征队伍，赶赴上海。（朱广美）