第一步，成立了“陆海军大元帅统帅办事处”，编练“模范军”，把军权亲自抓握到自己的手中。自袁世凯政府成立以来，军权一直集中在段祺瑞控制的陆军部。段祺瑞，字芝泉，安徽六安人。袁世凯创办新建陆军时，段就一直追随其左右，清末与王士珍、冯国璋一起并成为“北洋三杰”，是袁世凯创立自己事业过程中不可或缺的一根军事支柱。民国初年，内阁屡次更迭，陆军总长一席却总是非段莫属。在军事上，袁也完全信任和依靠段，重大措施差不多都要和段商量决定。总统府军事处仅仅是起袁世凯与各军事机关联络的作用。段对袁也感恩不已，愿受驱策，事事奉命唯谨。在对付南方民党与民间白朗起义时，段为袁出过死力。但自镇压二次革命以后，陆军部的势力大大膨胀，关于军官的提升或降黜，段往往擅自决定，而且所提拔的人又多是他的门生和部属，在陆军中隐然自成派系。这自然使一向重视军权的袁世凯感到不安，统帅办事处的成立就是为了扭转这种军权旁落的趋势。

第二步，为了进一步控制军队，袁世凯以北洋军暮气沉沉为理由，在统帅办事处另行编练模范团，由自己长子袁克定亲自掌握。企图通过这种方法，仿效新建陆军时期的思路，重新造就出一大批自己一手栽培起来的，绝对服从自己的军事人才。“当时袁世凯除成立模范团外，同时还设立讲武堂，任士官一期的蒋雁行为堂长，调集各省北洋六镇的亲信军官和各省拥袁军政大员推荐的青年军官，到北京参加训练。袁对这些军官‘恩惠有加’，使他们心悦诚服，训练以后放回本省提升任用。袁还准备与此相辅而行地再把模范团历届毕业的团员，除选拔精锐作为建军骨干外，拨一部分分发各省，着重提拔任用。一般毕业团兵初到省时，要求派任为本省主要军队里的连排长或教练官等。这样袁就可通过模范团的团兵和讲武堂的军官，一面深入了解各地的军事实情，一面贯彻他的意图了。”[18]

对于南方“不服从中央”的国民党势力，袁世凯决定用武力方式进行解决。1913年，直接影响中央与地方权力分配的最主要事件便是“宋案”的发生及“二次革命”。

国民党在1912年和1913年初的国会大选中，取得了参、众两院的392票的胜利，比共和党、民主党、统一党加起来的223席还多出169席。国民党对此踌躇满志，希望利用在国会的优势，组织真正的“政党内阁”的“内阁总理”，他同时想将袁世凯放到空头元首的位置上去。宋教仁以未来的国务总理自居，离开北京，遍游湖北、湖南、江西、安徽、江苏等省，到处发表演说，批评时政，阐述政见。其演说之词，均在各地报刊上发表，在社会上引起了极大反响。在这些演说中，他既涉及到了政治体制的诸多问题，特别是中央与地方的关系问题。

1913年3月9日，黄兴与宋教仁在上海召集国民党议员讨论未来政治方针，最后表决通过三条决议:（一）总统之选举，归之地方上级团体，即以各省省会及蒙古、西藏、青海议会为选举机关。（二）组织政府采议院政府制，即国务院总理由众议院自行选定，由大总统任命；各部总长，由国务总理推定，由大总统任命。（三）地方制略沿旧制，即存省制；列举中央地方之权限。

3月10日，宋教仁撰文阐述国民党之政见，要点如下:一、单一国制……二、责任内阁制……三、省行政长官由民选制，以进于委任制……四、省为自由团体，有列举立法权……五、国务总理由众议院推出……。其要旨是什么呢？宋教仁认为就是“使总统处于总统无责任之地位，以保其安全焉”。按照宋教仁的架构，中国实行单一制，省有立法权，省行政长官实行民主选举，再加上实行责任内阁制和众议院推选国务总理，大总统手中也就剩不下什么权力了。[19]

这一切都激怒了袁世凯。3月20日他派人在上海暗杀了宋教仁。“宋案”发生后，在政治舞台上，立即引起一场轩然大波。在孙中山的导引下，国民党人发起以武力讨袁为中心的“二次革命”。“二次革命”的导火索是“宋案”，其深层次根源却是中央与地方的权力再分配。地方上一直有两股反袁力量:一是不满于袁之中央集权要求的地方独立主义者；另一个是国民党地方实力派。不少省份就因为税收和官员任用等问题与袁的中央政府发生了激烈的冲突。

这年5月下旬，在做好对付南方地方实力派的准备后，袁世凯对旧官僚岑春煊派来的调停中央与地方矛盾的使者讲:“今日并非调和南北问题，乃系地方不服从中央，中央宜如何统一问题。宋案自有法院，借款案自有议会，我与岑君等皆不能说话。”[20]5月17日，袁世凯下令褫夺黄兴陆军上将军衔。5月24日，他在《时报》上发表文章:“现在看透孙、黄，除捣乱外无本领。左又是捣乱，右又是捣乱。我受四万万人民付托之重，不能以四万万人之财产生命，听人捣乱！自信政治军事经验、外交信用不下于人，若彼等能力能代我，我亦未尝不愿，然今日诚未敢多让。彼等若敢另行组织政府，我即敢举兵征伐之！国民党诚非尽是莠人，然其莠者，吾力未尝不能平之。”[21]6月，袁世凯以李烈钧、胡汉民、柏文蔚曾于5月5日通电反对“善后大借款”、不服从中央为理由，下令撤了他们的职。

袁世凯弓张弦满，国民党被迫应战。孙中山命李烈钧到江西起兵。李烈钧于7月8日抵湖口，组织讨袁军。12日，李烈钧宣布江西独立讨袁，并占领湖口，“二次革命”正式开始。13日，江西省议会经过激烈辩论，发表赞同讨袁宣言决议。15日，黄兴在南京誓师讨袁，并任江苏讨袁军总司令，同时，他发表宣言，告外国不再承认袁政府。接着，江苏都督府宣布独立，淮军安徽第二旅旅长龚振鹏于正阳关、芜湖等防区举兵伐袁。17日，安庆胡万泰宣布独立；同日，松江钮永建宣布独立。18日，上海陈其美宣布讨袁，被孙中山任命为讨袁军总司令。是日晚，广东陈炯明在孙中山的电文督责下宣告独立。19日福建第十四师师长许崇智自任福建讨袁军总司令，与闽都督孙道仁联名通电，宣布独立。这样，有七、八个省的都督宣布独立。7月22日孙中山在东南各省纷纷起兵反袁的情况下发表《告全体国民促令袁氏辞职宣言》，指出:“何图袁氏专为私谋，倒行不已，以致东南人民荷戈而逐，旬日之内相连并发。大势如此，国家安危，人民生死，胥系于袁氏一人之去留。为公仆者，不以国利民福为怀，反欲牺牲国家与人民，以争一己之位置，中华民国岂容开此先例。愿全体国民一致主张，令袁氏辞职，以息战祸。庶可以挽国危而慰民望。”[22]孙借用东南人民的民主名义反对袁的中央集权，实在是一条妙计。的确，在当时的反袁运动中存在两股力量源泉。它们是地方主义者对袁世凯要求中央集权不满；国民党当权者在南方各省的组织网。孙中山就是想利用这样两股力量实现倒袁的目的。但是，孙中山也太小看袁世凯的集权决心了。二次革命发生后，袁世凯立刻进军湖口、徐州，将矛头直指地方势力较强的江西、江苏。段芝贵、李纯率军进逼江西，冯国璋、张勋领兵攻打南京。袁世凯对中央集权有强烈的决心，在1913年7月开战不久，他宣称，那些被辛亥革命留下来管理民事和军事的自封都督，“威令本自不行，功过安从责课？厥后亟筹分治，民政别置长官，而乃简令朝颁，拒电夕告。”首先需要办的事，是“规复政令之纪纲，建行国家之威信”。正如英国公使朱尔典当时所言:“袁已下定决心不惜一切代价取得在中央政府领导下的各省统一。”[23]由于当时民心厌战，独立各省在军事上缺乏统一指挥，加上袁世凯的兵力大大超过国民党，战局急剧变化。不久，李烈钧从湖口败退；黄兴从南京出走；其余各省取消独立。从7月12日湖口举兵到9月1日南京失守，前后只有18天，讨袁军相继土崩瓦解，长江流域各省尽入袁世凯囊中。“袁既消灭国民党在各省之武力，以冯国璋驻南京，段祺瑞驻湖北，龙济光驻广东，监视各省，长江流域诸省，尽为北洋军人所有，势成统于一尊。”[24]孙中山、黄兴被通缉，他们再次逃亡日本，“二次革命”烟消云散。

袁世凯用武力统一了地方政权，几个月前还喧闹不休的自由主义体制和地方自治已被扫荡干净，“省里任命官吏的权力又回到了北京手中。前清不在本省当官的规矩——1912年实际上已被颠倒——又复活了，并逐渐得到施行”。[25]在这样的条件下，袁世凯开始刻意经营他的高度集权政体了。

事实上，自袁世凯政府建立以来，对地方制度就已经屡经讨论，多次起草条例，其中就包括省制的存废问题。民国元年，各党派争持最激烈的问题之一便是省长简任或民选问题，这一问题曾经提交参议院讨论。这个问题和国民党对袁世凯的政治斗争交织在一起，因此参议院各党派争论不休，僵持不下。