9月7日的《申报》上载《日人所谓国体变更之里面》一文，谈及日本舆论界对古氏的评价，也认为“实则彼外国顾问与杨严诸公是否同为傀儡，明眼人当能见之。吾人固无显为揭破之必要”。但此文同时也批评古氏“动以墨西哥共和国之前途为戒，令人谈虎色变，不敢不惟帝制是从。……世界之共和国可取法者甚多，何以妄自菲薄，在以墨西哥自况？国家之强盛在改善国民之素质。仅注意于国体，以徒启国内之纷争，宁非失计之甚？”

由于《共和与君主论》客观上确实为帝制运动起了舆论宣传作用，所以当时就有各种传闻和谣言，称古德诺是接受了袁氏重金贿赂而捉刀炮制此文。其实此类传闻并无任何实据。再者此文在基本观点上与作者的一贯主张是一致的，决非纯粹出于个人私利的违心之言。必须指出的是，古德诺与袁世凯等的立场并不完全一致，最关键之处在于前者所主张的君主制是立宪君主制，而后者所主张的则是专制君主制，这两者间是有根本区别的。不过古氏的许多言论更强调的是君主制与共和制的区别而非立宪君主制与专制君主制的区别，所以当然很容易让帝制派来个偷梁换柱，在君主制的名义下以专制君主制替换立宪君主制。对此，梁启超在8月20日的《大中华》上撰文《异哉所谓国体问题者》说的很清楚，他认为没必要在国体是否应为君主或共和这个问题上做无谓的论争和反复，只有政体保持立宪才是最重要的。

是年8月底，因约翰·霍普金斯大学开学在即，古德诺匆匆返美。此后民国政坛发生了袁世凯复辟帝制的闹剧，而古氏在中国舆论界中亦复归于沉寂。尽管依照合同他仍充任民国政府的兼职宪法顾问，直至1916年5月正式到期去职，但他已远离中国的政治中心，这段时间他都在美国任校长。直到袁政权垮台后的1917年才又来华一次，参与由芮恩施等人发起并成立于北京的“中国社会政治学会”。1929年古德诺退休，在平静的生活中度过了最后的10年，于1939年11月15日逝世，享年80岁。

古德诺在华虽只有一年多，但这段不寻常的经历在其学术生涯中留下难以抹去的印记，他晚年的封笔之作即是1926年出版的《解析中国》一书。该书较为全面而笼统地概括、评论了中国的自然条件、历史文化传统、哲学思想、社会经济及政治生活等各方面情况，并对中国近代以来的发展变革及前景作了分析评论。书中对中国问题的认识，同作者在华期间基本一致。他依然坚持其关于中国国情特殊性的见解，并根据当时流行的那种片面而浅薄的物质主义现代化观点，把中西发展差距归结为中国科技落后，批评近代中国人学习西方时“更多注重于西方的哲学而非科学，结果是太相信哲学思想上的变革对于中国复兴的重要性”。他认为中国人应首先致力于学西方的科技以发展经济，不必抛弃传统的儒家思想而接受西方的哲学观念。书中将近代中国政治变革的失败与挫折归罪于戊戌变法及辛亥革命的“激进”，而对晚清“立宪”因辛亥革命而中断则深觉惋惜，称若非革命，中国到1917年就可能建成具有一定的有限君主制性质的代议政体。对于民国政治前景，古德诺表现出矛盾的态度，一方面认为须有强人出面建立“天子”式的权威方可收拾战乱不已的局面，但同时对于强人统治下是建立起现代宪政制度还是建立旧式专制制度，他也颇觉担忧。最后他寄希望于中国社会各方面的整体性进步，包括经济发展、科学普及、家族观念的淡化等，由此将可逐步走向宪政，逐步实现真正的共和制度。