但袁氏未予采纳。约法会议通过了袁记新约法，大大加强了总统权力，在某些重要方面采纳了古氏的意见，譬如实行总统制，总统在内政外交决策方面均不必经立法院同意；立法机构采一院制，参政院名为总统的咨询机构实则有权行使立法机构的权力，这就使立法权为总统御用机构所操纵，与古德诺关于国会只当起咨询作用的意见不谋而合。古氏对此颇觉自负，在致卡耐基基金会的报告中说:“我在宪草中引荐的观点，大部分均被采纳。虽然他们赋予总统不受立法机构约束的自由大大超过我所拟议的，但无论如何，就总体而言我赞同他们的做法。”古德诺也因此而获得袁政府颁发的二等嘉禾章。参政院成立不久，他又以国会、国务院均已不复存在为由建议修改《大总统选举法》。8月，约法会议采纳了这个建议，通过了大总统选举法修正案，使袁世凯实际上成了终身总统。

古氏为袁世凯强权政治辩护的言论当时遭到海外一些华人舆论的批判，侨居日本的中国思想界进步人士章士钊、李大钊等，在东京《甲寅》杂志上发表文章，斥责古德诺“丧独立之良德、隳学者之声名”。并从理论上剖析了古德诺借以立论的所谓中国国情等问题，驳斥其强权政治主张。

不过，古德诺关于中国政治问题的看法，也有一些值得肯定的内容。比如1914年6月，他曾向政治会议建议，中国应当设立行政学校，培养行政人才。这个建议后来以《中国官吏教育论》为题见诸报端。他认为中国新型行政人才的培养应当彻底改变旧式教育过于脱离民生实际的文人传统，在内容上要以学习与现实民生问题切实相关的行政知识为主，且应注重行政能力的培养，课堂学习之外应辅以实习和实验。他建议行政学校可实行三年期的学制，按培养目标可分为外交科、财政科、普通行政科，学生毕业后可入行政官署任下级职位。他认为在中国国内开设行政学校，聘请外人教习，培养行政人才，其效果优于派学童留洋。因为留洋学生久受西洋教化，对中国文化之优美处无所知之，且往往不顾中西国情的差异，企图照搬外国的经验和制度。

在古氏第一次来华的一年多时间里，袁世凯利用他关于加强总统权力方面的意见为自己的独裁统治张目，但却未让他参与重大决策。据芮恩施回忆称，“袁世凯政府不论什么时候提出一个加强自己政权的新方案时，总利用美国专家的这种态度，说古德诺博士和别的外国顾问都已经表示赞成。但是这些权威人士实际上并没有真正被咨询过，他们并没有被邀参加重要的会议，也没有机会参加制订重要计划。当然，在形式上他们已被‘咨询’过了，不过这通常在会议已作出决定以后，袁世凯政府把已经谈妥的事情通知这些顾问，然后宣布已经获得他们的赞同”。对此，古德诺一位友人不无讥讽地说:“一个不自由的反动政府不能没有宪法顾问，正如纽约那些从事不法经营的大公司同样需要网罗一流的律师一样。

1914年1月，美国约翰·霍普金斯大学因校长一职空缺，致电在北京任职的古德诺，问其愿否就任。古氏其时因深感自己在北京无所作为，已有去意，便欣然表示愿意，但因已与中国政府签约在先，尚未到期，遂致函与卡耐基基金会磋商。卡耐基基金会让古德诺与北京政府商量去留事宜，北京方面未作挽留。基金会便同意了古氏的请求。古氏与民国政府协商的结果，双方同意废止1913年的那份合同，并于7月另订新的聘用合同，北京政府代表是国务卿徐世昌。民国政府聘古德诺为兼职法律顾问，他可以留在美国，其顾问之职可通过信函或电报向中国政府提供意见的方式履行，任期从1914年8月3日起至1916年5月2日止。相应地，薪金亦减半为每月美金五百元，于每月终由中国驻美全权公使给付。合同还规定:“如政府需该顾问来京而于该顾问无窒碍时，该顾问应于一千九百十五年六月到京居住两月以备顾问。”8月初，古氏夫妇乘船离华，经日本返美，10月1日抵约翰·霍普金斯大学任职。

古德诺返美后，在纽约法政学会、美国政治科学协会芝加哥年会等场合作题为《中国新约法论》、《中国的变革》的演说，继续发表其对中国政治问题的看法，称:在中国人尚未培养出纪律性、个人权利观念、社会协作能力之前，某种具有专制色彩的政府是可以存在的。目前中国政治制度的变革“应当强调的是权威而非自由，是培养人民对权威的服从而非对个人权利的关注，是行政效能而非民众参与代议制”。目的是建立强大巩固的政府，以大力发展工业，改革教育，普及科学等。他批评临时约法、天坛宪草不合中国国情，国会权大，政府受限，而袁记约法则“与中国之历史国情更为相合”。他继续为袁世凯强权政治作辩解，吹捧袁“能使中国不致分裂，……使国家重见秩序之恢复”，甚至说袁“正竭力引中国入于宪政之轨道”。此外他还多次声称中国的变革须仰赖西方的帮助，甚至说“如果不让外国人享有治外法权以及对中国拥有一定的控制权，则中国不能指望获得发展”。

1915年7月，适逢约翰·霍普金斯大学放假，古德诺便照其与袁政府的约定来华，以备顾问。这次来华在京共住了六周有余。