龙入药的部分包括龙骨、龙齿、龙角、龙脑、龙胎、龙涎。其中龙胎号称产自巴蜀，不知是什么东西。今天中药用到的“龙脑”又名冰片，是用龙脑树的树干蒸馏制成的产品，来源明确，似乎不该被误会为龙的脑。龙涎现在知道其实是抹香鲸肠胃的分泌物，被误传成了“群龙所吐涎沫”。至于龙骨、龙齿、龙角，都是同一种东西，现在也还是中药的一种，其实是古代哺乳动物的化石。

李时珍记载了古人对“龙骨”由来的争论，以及他自己的看法。争论的内容是，龙骨究竟是死龙的尸骨，还是活龙的蜕骨？这又涉及到一个问题，龙究竟会不会自然死亡？李时珍认为龙是神物，似乎不会自然死亡，但是根据《左传》、《述异记》、《博物志》等古籍的记载，又可以知道的确有自然死亡的龙，所以“龙骨”应该是死龙之骨。虽然有争论，也只是细节问题，对于化石是“龙骨”，古代中国人并无人怀疑过。

比李时珍早两千年，古希腊哲学家色诺芬尼就已经对化石做了描述，正确地推测出化石是生物——而不是神物——的遗迹。他在意大利西西里岛的采石场发现了鱼的化石，又在马耳他岛发现了海洋软体动物的化石，据此得出了一个在当时相当超前的结论：山脉必定曾经位于海中，地球在历史上多次交替出现世界性大洪水和干涸。

但是基督教在西方占据统治地位后，化石的由来反而又变得不明不白了。既然《圣经》记载了世界只有短短几千年的历史，那么显然不能认为化石是生物体经历了长期的历史过程而遗留下的遗迹。当时流行的观点认为它们是和生物体没有任何关系的自然形成的石头图像。离奇一点的观点则认为它们是动物交配时精液溅到岩石上长出来的类似生命的东西。与这些观点相比，中国古人说化石是“龙骨”反而显得更先进了。