1945年，主持召开中共第七次全国代表大会，作《论联合政府》的报告。大会制定了“放手发动群众，壮大人民力量，在我党的领导下，打败日本侵略者，解放全国人民，建立一个新民主主义的中国”的战略。毛泽东思想在这次大会上被确定为中共的指导思想。他从七届一中全会起至1976年逝世为止，一直担任中共中央主席。

抗日战争胜利后，针对蒋介石企图消灭共产党及其武装力量的现实，他提出“针锋相对”的斗争方针。1945年8月赴重庆同蒋介石谈判，表明中国共产党争取国内和平的愿望。

1946年夏蒋介石发动全面内战后，毛泽东同朱德、周恩来领导中国人民解放军进行积极防御，集中优势兵力，各个歼灭敌人。1947年3月至1948年3月，同周恩来、任弼时转战陕北，指挥西北战场和全国的解放战争。1947年夏，中国人民解放军从战略防御转入战略进攻，在以他为首的党中央领导下，经过辽沈、淮海、平津三大战役和1949年4月渡长江以后的作战，推翻了国民党政府。1949年3月，主持召开中共七届二中全会，并作重要报告，决定把党的工作重心从农村转到城市，规定了党在全国胜利以后的各项基本政策，号召全党务必保持谦虚、谨慎、不骄、不躁的作风，务必继续保持艰苦奋斗的作风。7月1日，发表《论人民民主专政》，规定了人民共和国的政权的性质及其对内对外的基本政策。