1955年8月，国务院发布关于农村粮食统购统销和市镇粮食供应两个暂行办法，户口与粮食直接联系起来了。3个月后，国务院又颁布了《关于城乡划分标准的规定》，将“农业人口”与“非农业人口”作为人口统计指标。按“农业户口”与“非农业户口”进行划分与管理的二元户籍管理体制开始形成。1956年，农业合作化运动进入高潮。在农业合作化急躁冒进造成农村恐慌的同时，统购统销又购了过头粮，加上部分地区发生严重灾情，导致农民大批外流，对城市形成巨大冲击，在全国范围内出现了严重的“盲流”问题。1957年，全国职工人数达到2450.6万人，城市人口增至9949万人，占总人口比重增至15.93％。在政府的财政压力急剧加大的情况下，中共中央、国务院连续发布指示，劝止农民盲目外流，禁止工矿企业私自招用农村劳动力，紧缩城市人口。要求公安机关严格户口管理，严禁粮食部门供应非城镇户口人员的粮食，遣返自行流入城市和工矿企业的农民。在城市人口压力剧增，劝止“盲流”难以奏效的情况下，促使国家出台相应的法规，将限制人口自由迁徙的功能纳入了户籍管理制度。

1958年1月，《中华人民共和国户口登记条例》颁布。《条例》以法律形式规范了全国的户口登记制度，是新中国城乡统一户籍制度正式成立的标志。《条例》明确规定了迁移审批制度和凭证落户制度，对户口迁移作了约束性规定。原则上，农民向城市、小城市向大城市的人口迁移都受到严格限制。由此，新中国的户籍制度最终引入了严格限制农村人口向城市流动的功能，形成了城市和农村的二元户籍管理方式。

这一制度安排的要求，就是“既不能让城市劳动力盲目增加，也不能让农村劳动力盲目外流”。从根本上讲，它是衍生于国家重工业优先发展战略的强积累模式。中国工业化的资本原始积累方式，是通过“统购统销”政策，利用工农业产品之间的“剪刀差”来实现的。国家为保证工业化战略的实施，在城市，以社会高福利制度，保持城市居民低工资的充分就业；在农村，则以将农民束缚在土地上的方式，来保证农业生产的相对稳定。与计划经济模式相适应的城乡分隔的户口迁徙政策和一户一簿的户口管理方式就应运而生了。但是，在把农民束缚在土地上的同时，也使工业化和城市化分割开来了。

为了突破人多地少，农村生产力落后，城市容纳力不足的发展瓶颈，中共中央提出了“两条腿走路”的方针。毛泽东发动“大跃进”和人民公社化运动，就包含着促进城乡共同发展，就地转化农民的意愿。1958年11月，毛泽东提出15年建设的任务:“经过人民公社这种社会组织形式，高速度地发展社会生产力，促进全国工业化、公社工业化、农业工厂化。”

“大跃进”的发动，使城乡劳动力顿感紧缺。国家劳动权限下放，各建设单位纷纷争夺劳动力，大量农村青壮劳力转为“吃商品粮”的工人，城市人口再度膨胀起来。1958年1年间，全国职工人数增长了85％。全民所有制单位职工猛增到4532万人，比1957年增加了2000多万。这就大大超过农业的承担能力，并严重冲击了农业生产。同时，人民公社化运动的开展，使政府可以通过公社体制，直接介入农业生产和农民生活的全过程，限定农村基本生产资料即土地和劳动力的使用方式。从此，户籍管理制度开始与人民公社体制相互融合，成为维持城乡二元社会结构的两个最主要的基本制度。

“大跃进”期间，国家虽三令五申，制止农村劳动力外流，但在“五风”严重泛滥的情况下，农村人口外流仍是屡禁不止。“大跃进”造成了城乡粮食严重匮乏的严峻局面，国家不得不采取紧急调整措施，大量精简职工，紧缩城镇人口，城镇居民的粮油及大多数日常生活消费品都以户口为依据凭票供应。

从1961年开始，在两年半的时间，全国共精简职工1940万人，减少城镇人口2600万人。在精简过程中，公安部门严格执行户口迁移审批制度，强化了户籍制度中限制人口自由流动的功能。1963年后，国家以是否吃国家“商品粮”作为划分户口性质的标准，“非农业户口”和“农业户口”户口分立，实行“农”与“非农”二元户籍管理方式。1964年8月，国务院批转了《公安部关于处理户口迁移的规定（草案）》，该文件比较集中地体现了处理户口迁移的基本精神，明确规定:“从农村迁往城市、集镇，从镇迁往城市的，要严加限制，从小城市迁往大城市，从其他城市迁往北京、上海两市的，要适当限制。”此规定堵住了农村人口迁往城镇的大门，标志着新中国户口迁移制度的最后确立。

在国民经济调整时期，国家还先后制定了一系列与户籍制度相配套的、在利益指向上向城市倾斜的成文与非成文的辅助性制度，户籍因素向社会生活的各个领域全面渗透。生活消费品和生产资料的供给，教育、就业、住房、劳保和其他社会福利的提供，都以户口性质为依据。户口的登记注册功能向利益分配功能异化，成为阻挡农村人口进入城市的又一藩篱。同时，为了保证全国人民有饭吃，中央还提出了人民公社的社队一般不办企业的限制性政策规定。农民被限制在农村里，单纯从事粮食种植业。城乡分割的二元结构的户籍管理制度由此得到固化。

这样，以户籍制度为中心，附着了住宅制度、粮食供给制度、副食品和燃料供给制度、生产资料供给制度、就业制度、医疗制度、养老保险制度、劳动保护制度、婚姻生育制度等十几项制度，构成了维护中国特有的城乡二元结构的制度壁垒。城市居民可以享受较高的生活福利和行政性硬性划给的就业机会，农民则被束缚在土地上，实际上没有得到与城市居民同等的国民待遇，从而演化为两种不同的身分制度，形成不平等的两个社会集团。它和农村人民公社体制与城市单位体制互为表里，行政性管理功能日益强化，成为强有力的社会控制手段，不仅限制了农村人口向城市的流动，也限制了城市间的流动。