在远程火力的掩护下，侯君集命唐军骑兵则用皮囊、草袋装土填平了护城壕沟，随后步兵分成两部分。一部分通过攻城塔和云梯凳城墙，另一部分则架冲车直攻城门。这些先进武器是此前几代高昌人都没有听说过的，尤其是对唐军的重型远程火炮更是闻所未闻。攻城塔在牛和人力的牵拉下，推进到城墙边，随后放下吊桥门。唐军士兵不带头盔，甚至不穿甲胄，挥舞钢刀吼叫着冲上城墙。在猛烈攻击下，守军土崩瓦解，外城迅速被攻破。而此时，西突厥在可汗浮图城的数千驻军和后来的2000多所谓援军早已向唐军截击军团投降。在走投无路下，当天中午，在抵抗了仅仅一个上午后，高昌末代国君麹智盛向侯君集递交降书乞降。在降书中，他向唐朝大皇帝陛下虔诚谢罪，同时将所有责任都推给他那已经被吓死的老爸麴文泰。随后率满朝文物和全部王室成员，正式向大唐帝国投降，高昌王国灭亡。随后，侯君集派兵迅速四处出击，陆续平定高昌全境3郡5县22城。至此，西域东部领土正式回归中华故国，大唐取得平定高昌之战的全胜，大唐帝国正式打通进军西域、中亚的道路。

高昌大捷的消息传回长安后，一片欢腾。但接下来，该如何处置高昌这片土地，则在朝廷内部引起争议。当初的主和派力主放弃高昌。在他们看来，既然人家也投降了，咱气也就出了，面子也有了。高昌地处蛮荒之地，民众皆“化外蛮夷”。如果将其纳入版图，势必会耗费大量人力和财力，很不划算。这遭到主战派的强烈反对，他们坚持认为。首先，大唐绝对不能放弃自己的将士用鲜血和生命换回的每一寸土地。其次，高昌居民都是中原移民后裔，当地无论文化还是风俗几乎与内地中华无异，根本不是所谓“化外蛮夷”。而最重要，他们列举高昌重要的战略地位，表示绝不能放弃这一关乎大唐在西域主权生死安危的战略咽喉。唐太宗李世民完全站在主战派一边，他朝堂上严厉质问主和派:“汉可治西域，为何大唐不可？！”在他的亲自主持下，唐朝正式将高昌纳入版图，在当地设西州，在可汗浮图城(注:即今中国新疆吉木萨尔北)设庭州。后来，在此基础上，唐朝在在著名的交河城恢复了已经中断400之久的安西都护府，正式恢复了中国中央政府对西域地区的主权管辖，并在此后继续西进，创造了空前辉煌的伟业:公元646年，唐灭薛延陀并相继降服铁勒、拔野古等部；公元657年，经过先后两代人的前赴后继，大唐帝国灭亡西亚最强大的西突厥汗国。至此，西域全境回归中华祖国，而且唐朝将中亚全部纳入版图。大唐帝西北疆域最北端跨越蒙古高原，进入西伯利亚叶尼塞河上游，北海（注:今贝加尔湖）成为帝国内湖；东北到达今黑龙江口地区，并跨过日本海，拥有库叶岛；最西端濒临西海（注:今里海）东岸，咸海成为帝国的内湖；西南越过阿富汗进入今巴基斯坦境内，濒临波斯高原，最南端进入越南境内成为中国历史上在西部疆域最辽阔的朝代。

发生在公元640年的大唐平定高昌之战具有极其重要的历史意义。平定高昌之战是唐朝开国初期在西部距离最远、难度最大的一次大规模战略远征。平定高昌之战的胜利对唐朝具有极其重要的战略意义，高昌的平定使唐朝终于打开了通往西域纵深腹地的大门，这就为后来大唐一系列伟大的西方拓边战争奠定了坚实的基础。平定高昌也由此成为大唐进入、收复西域故土的关键性战役。灵云认为，大唐平定高昌之战的胜利绝非偶然。首先，唐军主帅侯君集的指挥才华无疑发挥了重要作用。面对茫茫大漠，侯君集力排众议，放弃条件较好的路线，选择环境极为严酷的沙漠行军。在行军过程中，正是由于他的一系列努力，才最终保证了唐军士气和军心的团结。也正是由于侯君集正确的战略方针，保证了唐军作到了出奇制胜。将高昌和其背后的西突厥打的措手不及，毫无还手之力。而大唐远征军全体将士在炼狱般的漫长行军后，依然保持并发挥出惊人的战斗力，充分表明了唐朝军队尤其是起西北军队强悍的战斗力。事实上，西北军一直是唐朝最强悍的军队。其战斗力之强悍，甚至在安、史之乱后，国力严重衰败的情况下。居然还发生了张议潮领导的伟大的“甘、凉十二州归唐”大起义（注:关于张议潮详见灵云ら苍月《大漠风萧，敦煌归宗！记大唐河西名将张议潮》）。足见唐朝西北军之强悍。平定高昌之战中，唐太宗李世民正确的战略决策无疑是最关键的。正是他力排众议，以钢铁般的意志和伟大的战略眼光，毅然发动了高昌之战，并在其后果敢的将高昌纳入版图。如果李世民听任主和派的意见，先是不开战，战胜后又放弃高昌，那产生的一系列恶果将是不可想像的。唐太宗李世民无愧为中华民族历史上一代天骄，一座不朽的、永恒的丰碑！大唐是中国历史上最伟大、辉煌的时代，将中华文明推上前无古人、后无来者的巅峰！今天，当后人驻足中国新疆的高昌古城遗址，遥望远处大漠长河，天山雪峰。遥想700年前，发生在着片亘古莽原上大唐帝国那一幕幕拓土开疆，纵马西海天山的壮丽史诗，无不壮怀激烈，思绪万千！茫茫大漠，碧海雪峰，天威所至，尽我大唐江山!