然而，日军却不采取正面强攻的战略，而是迂回出击，派一部佯攻瓦城，一部袭击东枝。占领东枝后，得悉罗部集兵瓦城，便以机械化部队急攻腊戌。当史、罗获悉腊戌危急时，已赴援不及。28日，腊戌失陷。瓦城处于被包围之中，史、罗这才如梦方醒。30日，急令各部向伊洛瓦底江后撤，急援莫八、密支那，试图先固后方，再图进取。可是一切已为时太晚，日军占腊戌后，继续沿东线急进，5月3日，占领中缅边境重镇畹町，飞兵莫八，全速抢占密支那。5月8日，密支那失守。9日，腾冲亦沦敌手。至此，十万入缅军的归路被切断。5月1日，史、罗下令放弃瓦城，开始了悲惨的大撤退。全军被迫丢掉车辆辎重，突破日军封锁线，进入人迹罕至的崇山峻岭，穿越原始森林，一部分于8月初回到滇西。罗卓英的长官司令部及新三十八师则经巴曼克、曼坎、荷马林、泰南进入印度。入缅军十万人损失五万余，其中三分之二死于撤退途中。第二○○师师长戴安澜因重伤得不到治疗，而壮烈牺牲。

罗卓英进入印度后，于6月11日率参谋长杨业孔及官兵四十余人到新德里，14日参加联合国庆祝大会，23日返重庆述职。10月，与史迪威、魏菲尔等会谈，决定将中国入印的第二十二、新三十八师在加尔各答西北设训练基地，取消中国远征军第一路长官司令部，成立中国驻印度总指挥部，由史迪威和罗卓英分任正、副指挥。为了保持中国军队的独立性，另设副总指挥部，由罗节制。由于史迪威要求营以上的军官由美国人担任，因而与罗产生了矛盾。蒋介石不同意史迪威的要求，为了解决纠纷，便以撤销副总指挥部，调回罗卓英为条件与史迪威妥协。是年冬，罗卓英离印返渝。

1943年5月，罗出任军令部次长，不久即调军事委员会桂林干训团教育长，“与驻华美军合作，首用轮带式教育法，训练反攻部队”。

1945年5月，罗卓英被选为国民党第六届中央执行委员、国民大会代表；8月底被任命为广东省政府主席。罗卓英任广东省政府主席之初，曾鼓吹为乡梓建设尽力，提出建设广东的五大方针。1947年初又提出广东建设的五年计划。

同年8月底，陈诚接替熊式辉为东北行辕主任。陈妄想创造奇迹，以挽救国民党在东北的败局，因而把罗卓英请到沈阳，任行辕副主任之职。罗卓英到东北后，协助陈诚整顿军队，裁并机关，控制金融等。1948年2月，陈诚在一片责骂声中离职，罗也随之南下，任东南军政副长官，协助陈诚经营台湾，改编整训的国民党军队。不久，长官公署撤销，罗卓英改任总统府战略顾问、国防研究院副主任等职。旋即自请退为预备役养闲。1961年11月6日，罗卓英因糖尿病在台北去世，蒋介石授予他忠贞为国，殊堪旌扬的旌忠状。

罗卓英是颇有文学修养的儒将。从军期间，在炮火弭漫，战况紧张之际，也从不辍笔。有诗集《呼江吸海楼》。