大学院在它存在的不到两年的时间里，作了一些有益于社会并对社会有较大影响的工作。

1.改革旧制。首先是废止了春秋祀孔典礼。尽管五四提出“打倒孔家店”的口号，但各地春秋祀孔典礼依然在进行。因此1928年2月2日，大学院通令全国将春秋祀孔典礼一律废除。此举废除了自汉代以来的祀孔制度，在改革社会积习方面起到了积极的作用。其次是提倡语体文。1928年7月26日，大学院通令小学一律用语体文教学，不准采用文言教科书。各级教育行政机关也应向社会宣传提倡语体文。

2.延揽优秀人才。“专家办教育”是大学院实行的一个重要教育思想。大学院在人事任用上，十分注意优秀人才的选拔。大学院所任副院长、各处处长、各大学区的大学校长等，均为国内著名学者和社会上德高望重之人。

大学院及其所属机构的确是网罗了学界、科技界的知名人士，可谓是名家荟萃，体现了“学者主政”的思想。

3.设立研究机构。大学院设中央研究院作为全国最高科学研究机关；大学区也设研究院，作为地方研究机构。1927年11月20日，中央研究院召集筹备会议，通过了中央研究院组织条例。中央研究院最初设立了理化实业研究所、社会科学研究所、地质研究所、观象台四个研究机关，后逐渐扩充为气象台研究所、天文研究所、物理研究所、化学研究所、工程研究所、历史语言研究所等。研究院以蔡元培为院长，杨杏佛为秘书长。各研究所还聘请了当时著名的研究人才。大学区中，只有北平大学区筹设了研究院，1929年9月9日正式成立，名为“国立北平研究院”。在大学院与大学区后来相继结束后，作为大学院与大学区的产物，中央研究院与北平研究院仍然保存了下来。这两个研究院一直以科学研究为基础，将研究成果用于社会实业的发展，为国家的学术及科学事业的发展做出了突出贡献。吴相湘曾评价这两个机构说:“北伐成功以后至对日抗战以前十年间，成民国以来学术研究的黄金时代，且为尽三十年之学术奠定基础。”这不能不说是实施大学院、大学区制的一项重大收获。

4.召集全国教育会议，厉行义务教育。1928年5月15日，大学院在南京召集全国教育会议。此次会议规模宏大，与会代表及所聘专家达“一百数十人”。大会共收到会员议案82件，非会员提案164件。这些议案涉及教育的各个方面，包括教育行政、教育宗旨、高等教育、普通教育、社会教育、教育经费等等。大会将议案整理后，分为11个组讨论审查。大会认为，普及义务教育，保障学龄儿童适时入学，对于提高国民文化整体素质，促进教育事业的发展有着重要的意义。这次会议有关普及教育的一项议案“建议在中央各省区、各市县均设义务教育委员会，襄助教育行政机关，计划及促进义务教育。并规定各地方失学儿童数应减少百分之二十，至迟到十八年五月底止，各省区、各特别市应将推行义务教育计划呈报于大学院”。会议结束后，大学院即根据此案，通令付诸实行。1928年8月28日，厉行义务教育筹设委员会计划进行；9月29日，大学院又发布中央义务教育委员会组织大纲。由于大学院存在的时间较短，义务教育的推行在此期间并未取得实绩。但大学院已经设置了推行义务教育的机关单位，这为国民政府以后的实施奠定了基础，也反映出大学院在普及教育方面所做的诸多努力。

有关大学区的提议是在中央政治会议第102次会议上提出的。蔡元培在当时提请变更教育行政时，首先提出的就是采取大学区制，并在附呈中拟定了九条组织条例。1927年7月8日，国府令江苏省教育厅裁撤。7月9日江苏省大学区正式开始办公。省内的东南大学、河海工科大学、上海商科大学、江苏法政大学等九所学校合并，改称为“国立第四中山大学”，张乃燕为校长。浙江大学区在1927年8月1日成立。它是将浙江公立工业专门学校、农业专门学校等改组为“国立第三中山大学”。到1928年底，又在北平试行大学区制，所以前后共有浙江、江苏、北平三个大学区。

大学区的组织法历经三次修改，其主要内容有:(1)全国依各地之教育经济及交通状况，定为若干大学区。每大学区设大学一所，大学设校长一人，总理大学区内一切学术与教育行政事项。(2)设评议会为本区立法机关。(3)设秘书处，辅助校长办理本区行政上一切事务。(4)设研究院，为本大学研究的最高机关。大学区还设高等教育部、普通教育部、扩充教育部，分别管理区内的大学、中小学及社会教育事业。因此，大学区与一般的行政区域不同。大学校长兼管全区的教育行政，加强了大中小学的联系，便于整合统一教育计划；大学区内设研究院，使教育行政与研究可以联合进行；设地方评议机关，保证了政策相对的独立性。所以，蔡元培认为大学区制比教育厅与市教育局的制度更为优越。

三、变更及取消

大学院与大学区作为一新制度，虽然创制宏远，设想完美，但实行不久，即遭到一些党政要员，甚至教育界人士的责问与反对。

最先对大学院提出质疑的是国民党四中全会上的提案。1928年2月，在国民党四中全会上，经亨颐、朱霁青、白云梯等人提出“设立教育部”案，反对大学院制。但是这个议案并没有在大会上通过。1928年8月，在国民党二届五中全会上，经亨颐等人旧案重提，仍坚持设立教育部。郭春涛、刘受中等也提出了“撤销大学院改设教育部”案。他们反对大学院的理由主要有官制不统一、将学术与教育混为一谈、小学迁就大学等等。