自1884年“甲申易枢”，奕訢、翁同龢、李鸿藻等一并罢黜，而易以礼亲王世铎、孙毓汶等，皆慈禧的阿附者。首席军机大臣世铎身居高位，尸位素餐，“性耽安逸，每日入直最晚，散直最早”，遇事“一味模棱，毫无措置”，“从不自出一谋，但观望徘徊”(29)，而“终身无疾言厉色，对内侍尤恭谨”，故宫内左右争誉其贤。世铎名为首辅，然懦弱无能，孙毓汶善权术，“遂专魁柄。夙值南斋，多识群奄，恒于后前称其能。”(30)1886年，光绪将届亲政之年，慈禧宣布要归政皇帝，孙毓汶揣测其意，并非出自本心，遂游说诸王公大臣，亲拟折稿，请求慈禧“训政”。翁同龢记其事曰:“懿旨归政，孙莱山(毓汶)来，以王公大学士六部九卿公折请训政稿见示。……遂定议连衔上，亦以示醇邸(奕譞)，邸意亦谓然。”(31)折既上，慈禧也就顺水推舟，发下懿旨称:“念自皇帝冲龄嗣统，抚育训诲深衷，十余年如一日。即亲政后，亦必随时调护，此责不容卸，此念亦不容释，即著照所请行。”(32)这样，名虽“归政”，实则大权仍操在慈禧手中。孙毓汶以此大获慈禧赞赏，宠幸日固，加以“素与(李)鸿章相结纳”(33)，遂成为帝党的中坚。但从光绪命翁同龢、李鸿藻参加枢府会议后，清一色后党的局面被打破。光绪特别倚重翁氏，有一次因他卧病数日而不能到班，军机大臣皆到也不令会议，必俟其到会再议。(34)而慈禧成竹在胸，也于7月28日命徐用仪在军机大臣上行走(35)，以抗衡之。徐氏从此追随孙毓汶之后，亦步亦趋，与翁同龢常“论事不合，至动色相争”(36)，成为孙氏的重要帮手。徐氏之入值军机，可视为甲午战争期间帝后党争之肇始。

从此，在枢府内部，帝后两党争执不断。当时，战争已经打起来，但后党位居枢臣者却不积极筹划御敌，反抱着幸灾乐祸的态度。8月11日，日舰扰袭威海卫港的消息传来，孙毓汶等人却若无其事。翁同龢十分气愤，在日记中写道:“威海告警，而同僚无忧色。”(37)又于当晚致书其书门生张謇，告以日舰扑威海事，并感叹曰:“泄泄梦梦，又将如何也！”(38)13日，便有福建道监察御史安维峻参奏军机诸臣，谓:“方今军机大臣，或庸懦无能，泄沓成习；或日寻盘乐，流连忘反。……疆臣之贻误如彼，枢臣之尸素如此。敌氛日近而备御未闻，战垒日多而袖手仍昔。未审将来何以待之？”(39)其语气与翁氏何其相似！16日，礼部右侍郎志锐更指名参奏孙毓汶兼及徐用仪:“方日人肇衅之时，天下皆知李鸿章措置之失，独孙毓汶悍然不顾，力派众议，迎合北洋。及皇上命诏下颁，赫然致讨，天下皆闻风思奋，独孙毓汶泱泱不乐，退有后言，若以皇帝为少年喜事者。查该大臣于中外情形，华洋交涉，素不留心，而专愎成性，任意指挥，不顾后患。……皇上之所是，则腹非之；皇上之所急，则故缓之。一切技量，皆潜寄于拟旨时词气轻重之间，小或授意同俦，大则愤然当笔，阴开阳阖，操纵自由，暗藏机关，互相因应。秉政十年，专权自恣，在廷卿贰，无不受其牢笼，各省督抚得其一书，至有相传为‘小圣旨’之说者。窃弄威福，劫持上下。……其专愎罔上之心，人人知之，而无敢言者。徐用仪起自章京，性情柔滑，事事仰承其意。……我皇上事事虚己纳言，而该大臣诪张舞弊。时事若此，安望转机？”折中最后提出:“应将孙毓汶罢斥，退出军机，朝政必有起色，军事必有转机。”(40)此折犹如平地雷声，给后党以极大的震撼。当天，孙、徐便消极对抗，办奏折不肯动笔。于是，军机处将志锐折呈于慈禧，请其裁夺。慈禧又召见庆亲王奕匡力面商办法，决定交由光绪亲裁。帝党本想罢孙，结果反给光绪出了一道难题。试想:孙为慈禧所宠信，徐又是慈禧新任命的军机，光绪怎敢将其罢黜？只得以志锐原折示孙、徐二人，并“温语慰劳，照旧办事，仍戒饬改过”。(41)帝党罢孙一事也就不了了之。