以袁崇焕的表现，首先修了魏忠贤生祠，其次谄媚称颂、赞道，而且接收过魏忠贤赞助的军需、军械，并声称与魏忠贤“声气相应”，这些表现至少能算上第五等或第六等。所以，就袁崇焕的表现而言，应该在查办之列是非常清楚的。

而在崇祯整治阉党时，袁崇焕也确实在查办之列，但因为有人提出要启用他，所以在群臣间发生了一场争论，因此没有直接查办他。兵部署部事左侍郎呂纯如的上疏中说得非常清楚:

兵部署部事左侍郎吕纯如言:“旧辽抚袁崇焕吊孝、建祠二案，即爱崇焕者岂能为之讳，而臣持议必欲朝廷用崇焕者只认定‘不怕死、不爱钱与曾经打过’十个字耳。”[19]

吕纯如谈到，虽然有人提出要以“不怕死，不爱钱与曾经打过”十个字为依据，从而启用袁崇焕，但也避讳不了，袁崇焕身上有“吊孝、建祠二案”。

这“吊孝、建祠二案”所指的是袁崇焕涉及阉党的两个案子。其中“建祠案”刚才已经介绍过了，就是袁崇焕伙同阎鸣泰请修魏忠贤生祠的事情。不过，“吊孝案”还未曾提过，而在这个案件里，袁崇焕的阉党身份更为明显。

所谓“吊孝”即是指努尔哈赤死后，袁崇焕以吊丧为名，去探察后金虚实的行动，这个行动的效果并不好，既失国格又有私下议和之嫌，更因为是魏忠贤指使的，所以成为了阉党一案，这些情况在抚宁侯朱国弼的参奏里有所介绍:

抚宁侯朱国弼疏云:“奴贼与我深仇，而及其死也，魏忠贤乃遣人吊孝，白送却无数金珠，反取嫚书一纸，边臣不奉忠贤之命，敢径为之乎。此则败坏边事之实。又不惟是也，喜则升九天，柳河之败得以钻刺而乔迁，羡干父一认之有灵，其颠倒错乱遂至于此。”[20]

在奏章里朱国弼称“魏忠贤乃遣人吊孝”，虽然没有直接点名，说出魏忠贤具体所遣之人，但是文中所指的“边臣”必定是袁崇焕无疑。因为，当时执行“吊孝”行动的，就是辽东巡抚袁崇焕，为此袁崇焕自己还有上疏，并亲口提到他是受“厂臣”的指使才行事的，所以那个“边臣”肯定是他。

整个“吊孝”行动是袁崇焕亲自操办的，而幕后指使正是魏忠贤，这一点在袁崇焕的奏章中叙述得非常明确:

初辽抚袁崇焕以奴死虏信未的奏:“遣喇嘛僧李锁南以烧纸为名往侦之。至是还，言……既而又奏:自宁远败后旋报死亡，只据回乡之口未敢遽信，幸而厂臣主持于内，镇守内臣、经、督、镇、道诸臣具有方略，且谋算周详，而喇嘛僧慧足，当机定能制变故，能往能返，奴死的耗与奴子情形我已备得，尚复何求不谓，其慑服□皇上天威。遣使谢吊我既先往以为间，其来也正可因，而间之此则臣从同事诸臣之后定，不遗余力者谨以一往一还，情形上闻得旨:据奏喇嘛僧往还奴中情形甚悉，皆厂臣斟酌机权主持于内，镇督经臣协谋于外，故能使奉使得人夷情坐得，朕甚嘉焉。”[21]

在以上奏章中袁崇焕介绍了“吊孝”的来龙去脉，其中“幸而厂臣主持于内”说的非常明确，这是有意在表达，“吊孝”的行动，是经得了“厂臣”首肯后才行事的。

而天启的批复中也提到:“据奏，喇嘛僧往还，奴中情形甚悉，皆厂臣斟酌机权，主持于内”，也明显的指出是“厂臣”主持于内。

此外，在朱国弼的奏章里，有一句非常值得一提，那就是“边臣不奉忠贤之命，敢径为之乎”，这一句是有深意的。朱国弼这句话，其实是提出了，吊孝究竟是“奉谁之命”的问题。试想，如果派人去“吊孝”是天启的意思，那是奉的皇命，朱国弼怎么敢质疑行动的合法性——“敢径为之乎”？所以，只有是魏忠贤授意行事，而事先未有获得天启的首肯，那“吊孝”行动的合法性才会被如此的质疑。后来，虽然天启是肯定了“吊孝”的行动，曰:“朕甚喜焉”，但是袁崇焕先“吊孝”而后呈奏天启却是事实，所以朱国弼才质问，若没有“厂臣”的首肯，“边臣”怎么敢私自操办此事？

在明确了谁人指使袁崇焕吊孝以后，抚宁侯朱国弼疏云中所提到的“钻刺而乔迁”和“干父一认”两件事情就更意味深长了，原文摘录如下:

抚宁侯朱国弼疏云:“……柳河之败得以钻刺而乔迁，羡干父一认之有灵，其颠倒错乱遂至于此。”

这里的“柳河之败”是指天启五年八月，孙承宗、马世龙谋袭耀州失利，这个失利导致了当时辽东地区军政长官的大规模撤换，其中督师枢辅孙承宗（督）、辽东总兵马世龙（镇）、辽东巡抚喻安性（抚）都在撤换之列，最终结果是孙承宗病休回籍，马世龙卸任回卫，喻安性谢事侯用:

“大学士孙承宗屡疏乞归，上许之。”[22]

“裁革辽抚命喻安性即谢事以候改用。”[23]

“上传兵部，马世龙向来戴罪杜门，准他回卫。其中部总兵员缺，速推堪任的来用。”[24]