与此同时，学院把1960年毕业的哈军工炮兵工程系的106名学生全部留下来补充到教师队伍中，并到各著名高校寻求支援，调进或借用一批教师，选调优秀毕业生。孔从洲还给时任教育部部长的杨秀峰打电话，请求给予支持。孔从洲与杨秀峰在战争年代即相识并结下深厚友谊。杨秀峰立即要求教育部所属36所重点高校把优秀毕业生支援给炮工。就这样，仅仅一年时间，炮工就拥有了一支596人的师资队伍，虽然离规划的目标还有一段距离，但已经可以保证教学工作正常开展了。
队伍虽然是新组建的，但学院要求，教学质量不能比在哈军工时降低。对于教师，严格实行“一备三试讲”制度。学院领导对试讲的要求非常严格，很多教师都经过了几次试讲才通过，还有教师几次试讲没通过，就一直没有走上讲台。
孔从洲院长对教师业务上严格要求，在生活上则十分关心，政治上特别保护。
1960年，正是三年困难时期中最困难的一年，大家都吃不饱。学校千方百计地生产粮食与蔬菜，喂养家畜家禽，组织打鱼队、打猎队，甚至采集了一万多斤的树叶制作成所谓的“叶蛋白干粉”与面粉和在一起做馒头。孔从洲院长自己还四处求援，到武汉军区弄来了一批黄豆。
在那个激情燃烧的年代，生活上的困难，再难也能克服，政治上的危机，要处理起来就不那么容易了。炮工是军事院校，招收的学生要经过严格的政治审查，调入教师更是注重出身。1959年，林彪主持军队工作后，更是突出政治，运动不断，政治审查更为严格，炮兵也要求院校“纯洁队伍”。在此形势下，炮工政治部门查出了一名教师的“政治”问题，要安排他转业。
这名教师叫王，是复旦大学数学系的高材生。王学业优秀，毕业后被留校任教，1954年调到哈军工，跟随著名数学家卢庆骏和孙本旺上辅导课，据说“从不表扬人”的卢庆骏，听过王的辅导课后曾说：我从来没听到过这么好的辅导课。1956年，王开始担任主讲，很快即受到学生的欢迎，并在校内有了声名。1960年，王随炮兵工程系到了炮兵工程学院，几乎承担了学院所有的数学课。
可是政治部门认为王出身剥削阶级，是被清理的对象，要安排他转业。孔从洲知道了这事，立即指示政治部门：王转业的事别提了，如果上级问起来，我负责好了。没想到，事情并没有结束，不久，军委炮兵的一位领导同志来到学院责问孔从洲，“为什么不同意处理王？”一向温厚的孔从洲硬生生地顶了起来，说：“学校的教师好比是打仗第一线的指挥员，不问青红皂白就把指挥员撤下来，这个仗还打不打？别说学院的教师这么缺，就是比较多，也不能轻易处理，更何况像他这样有水平的教师。把他处理走了，我，或是你们首长去给学生上课，行吗？这样好的教师都不要，学校还怎么办？”
在以服从为天职的军中，孔从洲院长硬是顶回上级，留下了王。王留在炮工，一直到退休都在教书。南京理工大学多年来在国家、省级的各项大学生数学竞赛中都成绩突出，王功不可没。
