担当大学校长，对他是一个新的挑战。孔令华和李敏的婚礼后，毛泽东约他到书房叙谈
杨虎城的西北军在“西安事变”后虽经蒋介石不断分化瓦解而削弱，但在孔从洲等人的艰苦努力下，仍保存着基本骨干力量。他们一直与共产党暗中保持着联系，并数次希望获得中共中央的同意，举行起义。但中共中央从国共合作大局等形势考虑，一直未予批准。直到1946年5月15日，时任国民党军队中将副军长的孔从洲在蒋介石彻底分化队伍的阴谋即将施行的危急时刻，率部在河南巩县起义，回到了共产党、解放军的怀抱。这一年的夏天，中共中央决定，重建38军，孔从洲任军长，自此，他正式成为人民解放军的将领，并由毛泽东亲自批准加入了中国共产党。38军隶属晋冀鲁豫野战军，由刘伯承、邓小平直接领导。随后，在刘邓的领导下，孔从洲率部突破黄河天险，挺进豫西，解放郑州，参加渡江战役，进军大西南，直到全国解放，孔从洲被任命为西南军区炮兵司令员。
1951年3月10日，在原南京二野军政大学炮兵队等基础上，中央军委正式命令建立“中国人民解放军第二炮兵学校”，孔从洲兼任校长。
这段工作经历，至少从两个方面为他今后的工作方向埋下了伏笔：其一，1953年他带领一批官兵到朝鲜战场参观，看到我军的炮兵团还是“骡马炮兵”，感到太落后了，就想今后去学校工作，加速国防炮兵的现代化建设。其二，认识到办学与管理军队的不同，在炮校中进行了一次体制上的改变，依照学校的机构设置，把原来的部队编制形式，改变成训练部、政治部、校务部、干部处的管理形式，加强了教学机构。
1955年，组织上征求孔从洲对调动工作的意见。去向有两处：一是成都军区，一是沈阳高级炮兵学校校长。比较起来，到成都军区工作困难要少些，顺手得多；去办学则要面临很多新的挑战。但孔从洲还是选择了去沈阳。因为他认识到，为部队培养更多优秀干部，对炮兵的现代化建设具有重要意义。
1955年7月，孔从洲到沈阳高级炮兵学校履新，成了专职的大学校长。沈阳高级炮兵学校当时是军队最高学府之一，毛泽东、朱德都曾为其题词，还聘请了苏联顾问帮助。孔从洲在这里工作了五年。在这五年里，深入教学第一线是他的工作方法，而在课堂上，在与教师的交流中，他也获益良多。他说，干了几十年炮兵，却不曾系统学习过炮兵射击理论，这几年，学到了不少知识。
1959年8月29日，孔从洲的儿子孔令华与李敏结婚，而李敏正是毛泽东与贺子珍的女儿，这样，孔从洲成了毛泽东的亲家翁。在那天的婚礼上，孔从洲将军第一次与毛泽东单独会面。婚宴结束后，毛泽东留下孔从洲到他的书房里叙谈，谈到高级炮校的工作时，孔从洲说，苏联顾问很老练，讨论战术、讲射击，每次听课都和我一块去。听课以后还对教员打个评语。毛泽东听后说，这很好嘛！这就是学习的好机会。先当学生，后当先生，不管有什么困难，只要努力学习都可以办好。
五年间，沈阳高级炮兵学校共训练了三期正规班、几期短训班和外训班，共培训了近四千名学员。不过，沈阳高级炮校是培训军队干部的军队指挥院校，学校性质与学制同普通高校还有很大差别，难以称得上真正意义上的大学。真正使孔从洲成为名副其实大学校长的，是1960年担任炮兵工程学院院长。
