两次搬迁，三地教学，四处为家，孔从洲这个大学校长不辱使命
为加速我国尖端技术和常规武器科技事业的发展，加强培养国防现代化所需的各类工程技术人才，国防部副部长、哈军工院长陈赓大将1959年11月19日向中央军委提出一项具有战略意义的建议，将军事工程学院的炮兵工程系、装甲兵工程系、工程兵工程系、防化兵专业和空军、海军系移交给有关军兵种，单独成立工程学院。于是，中央军委1959年12月31日决定，将武昌高级军械学校与哈军工的炮兵工程系合并，在武昌高级军械学校校址组建炮兵工程学院。军队向来雷厉风行，要求1960年上半年即完成组建任务，当年招生，9月即开学。1960年3月初，炮兵政委李聚奎、司令员邱创成亲自挂帅成立了炮兵工程学院筹备委员会，并点将孔从洲出任院长。
孔从洲立即投入到繁重的组建工作中。他面临的困难是超乎想象的：一千多师生与几千吨的物资千里搬迁，两校人员合并后重组机构，按照大学的要求配备师资与干部，两校的正常教学秩序要维持，在组建的同时就要招收新生……所有这些工作都十分繁杂而又必须同时进行，偏偏又发生了一个新的重大问题，就是要选择并立即开始建设新的校园。因为，武昌高级军械学校是一所培养军队军械业务领导干部的军校，1960年时有学员1040人，教员和工作人员635人，规模不算大，校园面积也不大。而哈军工炮兵工程系当时仅师生就有1200来人，全部搬迁过来，校园根本容纳不下。尤其是，炮兵工程学院这时也定下了组建目标：在校生6500人，总编制要达到10050人的规模，武昌的校园更是无法满足要求了。于是，筹备委员会决定，哈军工炮兵工程系的高年级学生先搬迁到武昌，同时，另外选址建新校园。
孔从洲陪同邱创成司令员到保定、成都、西安等地勘察选址，历时一个多月，最后确定在西安市以南约25公里的秦岭脚下的花园村建设校园。随后就快马加鞭地展开了营建工作。
1960年8月3日，炮兵司令员邱创成与政委陈仁麒颁布正式命令：炮兵工程学院7月1日正式建院，9月份按时开学。10月8日，学院举行了第六期新生的开学典礼暨第一期学生的毕业典礼。这一天，被定为学校的校庆日。
1961年，学校扩大招生规模，招收了1014名新生，比前一年多出一倍以上。在哈军工完成基础课学习的炮兵工程系低年级学生也来到武昌，武昌校址无法容纳了。孔从洲与学院领导商定，1-3年级的学生暂时迁往沈阳，借用沈阳炮兵政治干部学校进行基础课程的学习。而六一级新生中399名基础较差的学生转到南京炮兵文化预校，进行预科学习。武昌本部只留有四、五年级的学生。这样，炮兵工程学院出现了“三地教学”的局面。因西安仍在建设，炮兵工程学院这时是“四处为家”。
就在奔赴各地的师生翘首盼望西安基建早日完成之时，1961年6月，时任解放军副总参谋长的张爱萍上将在视察西安校址时，认为学院院址和建筑规划不符合军委“山、散、洞”的要求，学校停止修建。就在大家愁眉难展之际，时任总参谋长的罗瑞卿大将到学院视察来了，他在听取了孔从洲的汇报后，说：南京高射炮学校的校舍很多，用不了，我看你们学院和高射炮学校对调一下校址，既不影响他们办学，又可解决你们的问题。这件事，回北京后我同炮兵领导同志商量。
