毛泽东起初是支持邓子恢主张的，但随着阶级斗争成为党的主要纲领，毛泽东开始批判邓子恢：“包产到户搞了几千年了，还要搞吗？!如果搞包产到户，不用几年就有人雇工、讨小老婆。”他责备邓子恢：“你怎么又动摇了，波兰搞自由化还不敢解散合作社哩!”邓子恢向毛泽东解释：搞包产到户，不是解散合作社。

但是毛泽东不仅不听，还在随后的北戴河会议上作了阶级、形势、矛盾问题讲话，大批邓子恢和包产到户，把包产到户说成单干，并提出是无产阶级专政还是资产阶级专政、是走社会主义道路还是走资本主义道路的斗争，是站在地主、富农、资产阶级立场上反对社会主义，还是站在贫下中农的立场上搞社会主义……

邓子恢没有屈服，他甚至提出告老还乡，未获批准却被贬官。但他依然调研坚持为农民请命，因而一再遭受打击。经历文革几年的被批判，1972年12月10日，邓子恢带着愤懑与抗争与世长辞。他弥留之际还在说“包产……到户……没有错……”

当时文革尚未结束，对于这位“右倾”人物本来应该是非常低调地处理，但是毛泽东对邓子恢虽然批评狠、处理严，却说了一句公道话：邓子恢“敢说实话”，他“犟脾气”、“搞阳谋，不搞阴谋”。毛泽东送了个大花圈，这让四人帮也不敢把规格讲得太低，《人民日报》都用一整版刊登了邓子恢的照片和生平。