武帝夜夜消魂，直弄得筋骨衰颓。杨艳死后两年，晋武帝想起杨艳的遗言，就在咸宁二年将杨芷册封为皇后。杨芷字季兰，小字男胤，十八岁的她长得纤秾合度，并且德性婉顺。册后典仪上，左棻又写了一篇颂，真可谓淡出了鸟，足为天下无趣文人之鉴。

杨芷生了一个儿子，不到两岁就夭折了，此后她再也没有生育。杨芷倒是个美人胚子，而且贤良温婉，不过不分好坏人，心眼儿比杨艳还糊涂。但她与晋武帝的感情一直很好，差不多与杨艳相似。杨芷的父亲杨骏曾为镇军将军，不久因为女儿的关系进任车骑将军，封临晋侯。

太子司马衷妃贾南风生性奇妒，曾亲手杀死东宫怀孕的宫女。晋武帝知道后十分震怒，修了金墉城打算将贾南风禁锢在里面。杨芷劝武帝说：“贾充有功于社稷，应当数世宽宥他。贾南风是他的亲生女儿，何况她还小，嫉妒是女人的正常心理，长大就慢慢好了，不要因为一点过失而看不见她的好处。”晋武帝勉强听了杨芷的话。因为贾充这个人精于揣摩上意，当初司马昭活着的时候，认为自己政权的基业本来应该是兄长司马师的，因此想传位给司马师的幼子司马攸。贾充则替司马炎说话，称司马炎性情宽仁、有人君的度量。司马昭病危时曾对司马炎说过这样一句话：“最了解你的人是贾公闾。”可以说没有贾充，司马炎也做不了皇帝。所以此时晋武帝不忍伤了贾充，便将贾南风的事搁置不提。

后来杨芷私下里训诫贾南风，不料贾南风不知道杨芷帮她说话，以为杨芷在晋武帝面前说她的坏话，反而暗生恨意。